LXL04_035420 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035420

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 22207560-22212328 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1560 bp · LXL04_035420|LXL04_035420|OH1004|cDNA

ATGGTATCATATGACGGGGGACTGTTTTCAGTCGGAGACGATGTGTATGTGAAGAGGAGAGAGGACGCAAGCTCAGACGATGACGACCCTGAAGTCGAGGAGTGCAGAGTGTGTTTCAAGGCTGGCAGGCTAATAATGATCGAGTGTGATGATTGTTTGGGGCATTTTCATTTAAAATGCTTAAAACCGCCATTGAGATCAGTTCCCGACGGGGATTGGATCTGCACGTATTGTGAGGCGAAGAAATCGAGGAAGAAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1560 bp · LXL04_035420|LXL04_035420|OH1004|CDS

ATGGTATCATATGACGGGGGACTGTTTTCAGTCGGAGACGATGTGTATGTGAAGAGGAGAGAGGACGCAAGCTCAGACGATGACGACCCTGAAGTCGAGGAGTGCAGAGTGTGTTTCAAGGCTGGCAGGCTAATAATGATCGAGTGTGATGATTGTTTGGGGCATTTTCATTTAAAATGCTTAAAACCGCCATTGAGATCAGTTCCCGACGGGGATTGGATCTGCACGTATTGTGAGGCGAAGAAATCGAGGAAGAAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

519 aa · LXL04_035420|LXL04_035420|OH1004|PROTEIN

MVSYDGGLFSVGDDVYVKRREDASSDDDDPEVEECRVCFKAGRLIMIECDDCLGHFHLKCLKPPLRSVPDGDWICTYCEAKKSRKKLELPSLLKGKRRRRTAKEMLLSSDLWAVRIQSLWKDVDGSFWFRGQWYIIPEETSAGRQPHNLKRELYRTNDFADNEMETVLRHCYVMPPNEYAKASNEGDDVFLCEYEYDVKWHSFKRILETDNNEEDEEEAEHDDDWSGDEDSDSETNDDMEYKKEDTYKSTSTHKMAAVRR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035420`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035420

位置 Chr08:22207560-22212328 (-)

描述 Similar to ORC1: Origin of replication complex subunit 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g12620`	受精所需的关键蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g14700`	必需蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0187000`	必需蛋白（根据相似性）。	Molecular cloning and characterization of a plant homologue of the origin recognition complex 1 (ORC1).2000 · DOI: 10.1016/s0168-9452(00)00297-1

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035420 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006270 DNA replication initiation 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009567 double fertilization forming a zygote and endosperm 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0033314 mitotic DNA replication checkpoint signaling 生物过程

GO:0000808 origin recognition complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005664 nuclear origin of replication recognition complex 细胞组分

GO:0003682 chromatin binding 分子功能

GO:0003688 DNA replication origin binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G12620

ath:AT4G14700

dosa:Os06g0187000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.869

排名 1 · LXL04_035420 · OH-1004

细胞质0.198

排名 2 · LXL04_035420 · OH-1004

线粒体0.037

排名 3 · LXL04_035420 · OH-1004

细胞膜0.028

排名 4 · LXL04_035420 · OH-1004

内质网0.015

排名 5 · LXL04_035420 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00628.36PHD35-78 aa

PF23011.3PHD-1st_NSD35-79 aa

PF01426.25BAH114-205 aa

PF21312.5WHD_ORC1374-470 aa

PF09079.18WHD_Cdc6376-467 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035420	`PF00628.36`	PHD	35	78	7.3e-08	33.0
LXL04_035420	`PF23011.3`	PHD-1st_NSD	35	79	1.1e-06	29.4
LXL04_035420	`PF01426.25`	BAH	114	205	2.8e-15	57.0
LXL04_035420	`PF21312.5`	WHD_ORC1	374	470	8.7e-07	30.0
LXL04_035420	`PF09079.18`	WHD_Cdc6	376	467	9.9e-09	35.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SU24`	拟南芥	Origin of replication complex subunit 1B	59.146%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q710E8`	拟南芥	Origin of replication complex subunit 1A	58.537%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5SMU7`	水稻	Origin of replication complex subunit 1	60.923%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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