LXL04_035156 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035156

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 15888498-15894151 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3438 bp · LXL04_035156|LXL04_035156|OH1004|cDNA

ATGAACAGAGAAAGTTTCGGTTTAGGAGAACTATCAGATGAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGAAATTTCAGAGCTGCGAAGGCTCTTCTTGATCGCAAGCGCCCTCGAGACGCCTCCAGCCCCTCCAATTACTCTCCTCGAAAAATCGGGATTGTGAAGGAGGCTATAACTCCATCGGATGCTGGCAGTGTGAATAGAGTGCCTCTTTCAAACATTTCAGTGAATACTCCCACTCCTGTTAGGAATCTTAAGTTGAATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

3438 bp · LXL04_035156|LXL04_035156|OH1004|CDS

ATGAACAGAGAAAGTTTCGGTTTAGGAGAACTATCAGATGAGCAAAGGGCTCGAATTTCCAGAAATTTCAGAGCTGCGAAGGCTCTTCTTGATCGCAAGCGCCCTCGAGACGCCTCCAGCCCCTCCAATTACTCTCCTCGAAAAATCGGGATTGTGAAGGAGGCTATAACTCCATCGGATGCTGGCAGTGTGAATAGAGTGCCTCTTTCAAACATTTCAGTGAATACTCCCACTCCTGTTAGGAATCTTAAGTTGAATCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1145 aa · LXL04_035156|LXL04_035156|OH1004|PROTEIN

MNRESFGLGELSDEQRARISRNFRAAKALLDRKRPRDASSPSNYSPRKIGIVKEAITPSDAGSVNRVPLSNISVNTPTPVRNLKLNQNGCLSSSNFKVPCVSKTEMRVLADEKEKEKFHSSFHTPIRQINNSETSFQTPISYNGGSHTPKENNPSLDSFKTPIRPVNSNVTPVSQKPCSTFNDSSTIMPSIFYEDFDDFFLAEVDELCESRTKSKIVTADSTPDIQSKKTHTENSNHELKLNLSPVGIDKFQNDNIFEGM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035156`
TK1151 ID	TkA04G162320
OH-1004 ID	LXL04_035156
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035156

位置 Chr08:15888498-15894151 (+)

描述 Similar to SRS2: ATP-dependent DNA helicase SRS2-like protein At4g25120

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g25120`	ATP 依赖性 3'- 至 5'-DNA 解旋酶，可破坏重组 DNA 中间体并促进单链退火。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035156 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000725 recombinational repair 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0009314 response to radiation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0033202 DNA helicase complex 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003678 DNA helicase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0043138 3'-5' DNA helicase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G25120

sau:SA1721

sav:SAV1905

sep:SE_1590

ser:SERP1443

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.792

排名 1 · LXL04_035156 · OH-1004

细胞质0.213

排名 2 · LXL04_035156 · OH-1004

线粒体0.090

排名 3 · LXL04_035156 · OH-1004

细胞膜0.019

排名 4 · LXL04_035156 · OH-1004

质体0.010

排名 5 · LXL04_035156 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00580.28UvrD-helicase271-538 aa

PF13245.13AAA_19286-522 aa

PF13361.13UvrD_C543-919 aa

PF01443.25Viral_helicase1837-917 aa

PF13538.13UvrD_C_2853-878 aa

PF13538.13UvrD_C_2893-916 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035156	`PF00580.28`	UvrD-helicase	271	538	3e-66	224.6
LXL04_035156	`PF13245.13`	AAA_19	286	522	3.2e-23	83.1
LXL04_035156	`PF13361.13`	UvrD_C	543	919	5.8e-45	155.0
LXL04_035156	`PF01443.25`	Viral_helicase1	837	917	3.9e-07	30.8
LXL04_035156	`PF13538.13`	UvrD_C_2	853	878	7.1e-14	52.1
LXL04_035156	`PF13538.13`	UvrD_C_2	893	916	7.1e-14	52.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`D1KF50`	拟南芥	ATP-dependent DNA helicase SRS2-like protein At4g25120	57.895%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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