LXL04_035118 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035118

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 14838682-14842201 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1323 bp · LXL04_035118|LXL04_035118|OH1004|cDNA

ATGTCGCCGGTCAACTCTGATAATGTAGTTCCACTTCTGCCGGAGCATGATTCACCGTCGACATCCACAGAGGAGAAACAACAGTCGGTTTCAGGAGCTGTGTTCAATGTTTCGACGAGCATAATAGGTGCAGGAATTATGTCGATTCCGGCGACTCTAAAGGTCTTAGGCGTAGTTCCGGCGTTTGTGTTGATCGTACTTATAGCGTGGCTGGTGGATATTTCTGTGGAGTTCATGCTCAGGTTTAGTTACGCTGGAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1323 bp · LXL04_035118|LXL04_035118|OH1004|CDS

ATGTCGCCGGTCAACTCTGATAATGTAGTTCCACTTCTGCCGGAGCATGATTCACCGTCGACATCCACAGAGGAGAAACAACAGTCGGTTTCAGGAGCTGTGTTCAATGTTTCGACGAGCATAATAGGTGCAGGAATTATGTCGATTCCGGCGACTCTAAAGGTCTTAGGCGTAGTTCCGGCGTTTGTGTTGATCGTACTTATAGCGTGGCTGGTGGATATTTCTGTGGAGTTCATGCTCAGGTTTAGTTACGCTGGAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

440 aa · LXL04_035118|LXL04_035118|OH1004|PROTEIN

MSPVNSDNVVPLLPEHDSPSTSTEEKQQSVSGAVFNVSTSIIGAGIMSIPATLKVLGVVPAFVLIVLIAWLVDISVEFMLRFSYAGGSTTYAGLMKESFGRIGSVAVQICVMITNLGCLIIYLIIIGDVLSGAQSGEESVHLGVLQQWFGIHWWNTRNFAILFIVIFVMLPLVLFRRVELLSMSSAVAVLLALVFVGICSAMAISATIKGKTRDIRLLPQLDDGAAFFNLFTAIPVIVTAFTFHFNVHAIGVELGKPAAM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035118`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035118

位置 Chr08:14838682-14842201 (+)

描述 Similar to AVT6C: Amino acid transporter AVT6C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g56200`	氨基酸转运蛋白 AVT6C。	暂无已核实直接文献
`At2g40420`	氨基酸转运蛋白 AVT6D。	暂无已核实直接文献
`At3g30390`	氨基酸转运蛋白 AVT6A。	暂无已核实直接文献
`At5g38820`	氨基酸转运蛋白AVT6B。	暂无已核实直接文献
`At1g80510`	氨基酸转运蛋白AVT6E。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035118 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0003333 amino acid transmembrane transport 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0034605 cellular response to heat 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G80510

ath:AT2G40420

ath:AT3G30390

ath:AT3G56200

ath:AT5G38820

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.422

排名 1 · LXL04_035118 · OH-1004

细胞膜0.203

排名 2 · LXL04_035118 · OH-1004

内质网0.181

排名 3 · LXL04_035118 · OH-1004

细胞质0.152

排名 4 · LXL04_035118 · OH-1004

高尔基体0.152

排名 5 · LXL04_035118 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03222.20Trp_Tyr_perm26-431 aa

PF01490.25Aa_trans27-415 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035118	`PF03222.20`	Trp_Tyr_perm	26	431	3.5e-08	33.7
LXL04_035118	`PF01490.25`	Aa_trans	27	415	4.1e-48	164.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LYM2`	拟南芥	Amino acid transporter AVT6C	63.232%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0WQJ3`	拟南芥	Amino acid transporter AVT6D	59.813%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LI61`	拟南芥	Amino acid transporter AVT6A	46.697%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4KBM7`	拟南芥	Amino acid transporter AVT6B	46.330%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M8L9`	拟南芥	Amino acid transporter AVT6E	41.204%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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