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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_034899
当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 6433094-6454995 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4911 bp · LXL04_034899|LXL04_034899|OH1004|cDNA

ATGCTAATTGAGGAGGATGAAGAAAGTCAAATCATGCTACTTGATGACACTCACAATGTGCTCGTGAATACTAAGGTTGAAGAGCAACAGCAGTCGGATAGCATGGAACAAATGAGGAATGTTTATTCAGATGTTAATGCCACAAATGAAACCGTAATGCAAATAGAACAAAGAAGATTCCAGTCAAGAGTCTGCCCGGAATCACCAGCAGGGATATCTGGTCGAAATTCCCATTCATGGTTGGACATGGTGGAGAATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

4911 bp · LXL04_034899|LXL04_034899|OH1004|CDS

ATGCTAATTGAGGAGGATGAAGAAAGTCAAATCATGCTACTTGATGACACTCACAATGTGCTCGTGAATACTAAGGTTGAAGAGCAACAGCAGTCGGATAGCATGGAACAAATGAGGAATGTTTATTCAGATGTTAATGCCACAAATGAAACCGTAATGCAAATAGAACAAAGAAGATTCCAGTCAAGAGTCTGCCCGGAATCACCAGCAGGGATATCTGGTCGAAATTCCCATTCATGGTTGGACATGGTGGAGAATCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1636 aa · LXL04_034899|LXL04_034899|OH1004|PROTEIN

MLIEEDEESQIMLLDDTHNVLVNTKVEEQQQSDSMEQMRNVYSDVNATNETVMQIEQRRFQSRVCPESPAGISGRNSHSWLDMVENQSTNALAAATSARDSPPMTLTYRLQCVRRSSHLPPRLVICRLVLGGESNRIHVCKLLYSDGGSSFSFHMDSGQAIIISLTYSAFQLKGVTELYKHLILMRRLSILEVKPLQLTRLVHGRLVTKHLRHGLIHFLCDDTILSSKADGTGKRTGPSRAPIQIRETAGGGISLAGVTE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_034899
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_034899
位置Chr08:6433094-6454995 (-)
描述Similar to BIG: Auxin transport protein BIG
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g02260 生长素外排和极性生长素转运（PAT）所必需，影响细胞伸长、顶端优势、侧根形成、花序结构及整体生长发育等生长素介导的发育应答。
BIG: a calossin-like protein required for polar auxin transport in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1101/gad.905201
Mutations in the huge Arabidopsis gene BIG affect a range of hormone and light responses.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01779.x
The auxin transport inhibitor response 3 (tir3) allele of BIG and auxin transport inhibitors affect the gibberellin status of Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02287.x
CRM1/BIG-mediated auxin action regulates Arabidopsis inflorescence development.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm094
Arabidopsis mutants define downstream branches in the phototransduction pathway.1994 · DOI: 10.1101/gad.8.3.339
Reduced naphthylphthalamic acid binding in the tir3 mutant of Arabidopsis is associated with a reduction in polar auxin transport and diverse morphological defects.1997 · DOI: 10.1105/tpc.9.5.745
At1g70060 作为转录阻遏蛋白。 暂无已核实直接文献
At1g24190 作为转录阻遏蛋白。
Role of an Arabidopsis AP2/EREBP-type transcriptional repressor in abscisic acid and drought stress responses.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.033043
At3g01320 作为转录阻遏蛋白。
PAH-domain-specific interactions of the Arabidopsis transcription coregulator SIN3-LIKE1 (SNL1) with telomere-binding protein 1 and ALWAYS EARLY2 Myb-DNA binding factors.2010 · DOI: 10.1016/j.jmb.2009.11.065

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os09g0247700 对生长素外排和极性生长素运输（PAT）必需，影响生长素介导的发育反应（如细胞伸长、顶端优势、侧根产生、花序结构、总体生长和发育）（基于相似性）。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034899 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009620 response to fungus 生物过程
GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程
GO:0009926 auxin polar transport 生物过程
GO:0010311 lateral root formation 生物过程
GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0048281 inflorescence morphogenesis 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G24190
ath:AT1G70060
ath:AT3G02260
dosa:Os09g0247700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.428
排名 1 · LXL04_034899 · OH-1004
细胞质0.387
排名 2 · LXL04_034899 · OH-1004
细胞外0.152
排名 3 · LXL04_034899 · OH-1004
细胞膜0.089
排名 4 · LXL04_034899 · OH-1004
内质网0.050
排名 5 · LXL04_034899 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SRU2拟南芥Auxin transport protein BIG89.474%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
O04539拟南芥Paired amphipathic helix protein Sin3-like 473.333%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
O48686拟南芥Paired amphipathic helix protein Sin3-like 373.333%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9SRH9拟南芥Paired amphipathic helix protein Sin3-like 173.913%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
B9G2A8水稻Auxin transport protein BIG89.189%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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