LXL04_034825 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_034825

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 3571604-3574374 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1407 bp · LXL04_034825|LXL04_034825|OH1004|cDNA

ATGGCTTCCAATGATGCGTCTTTGGCAATGCTGCAAGAGCCAAGCATCGACACCGATAAGCTCAGCTACGAGATTTTCTCGATTCTCGAGAGCAAGTTCTTATTCGGGTACGATGATCCTAAGCTTTGGAAACCTATACAGGTTTCTCCGGAAGTTTCTGTTACGCCCACGACGGTGGCTGTGGGAGATGATAATGGCGTTCAAGCGATAAAGAATCAGAGAGGCAAAATCTGTGTGCTCTCCATCGACGGTGGGGGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1407 bp · LXL04_034825|LXL04_034825|OH1004|CDS

ATGGCTTCCAATGATGCGTCTTTGGCAATGCTGCAAGAGCCAAGCATCGACACCGATAAGCTCAGCTACGAGATTTTCTCGATTCTCGAGAGCAAGTTCTTATTCGGGTACGATGATCCTAAGCTTTGGAAACCTATACAGGTTTCTCCGGAAGTTTCTGTTACGCCCACGACGGTGGCTGTGGGAGATGATAATGGCGTTCAAGCGATAAAGAATCAGAGAGGCAAAATCTGTGTGCTCTCCATCGACGGTGGGGGAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

468 aa · LXL04_034825|LXL04_034825|OH1004|PROTEIN

MASNDASLAMLQEPSIDTDKLSYEIFSILESKFLFGYDDPKLWKPIQVSPEVSVTPTTVAVGDDNGVQAIKNQRGKICVLSIDGGGMRSILAGKALAYLENALKVKSSNQNARIADYFDVAAGTGVGGVFTAMLFGSKNHNRPIFKAEDTWRFLAEQGKRLYKQESSSSGGGKHGGFFKRILRGGNSRKGVTHATAGFENAMKEAFTINGQSLTLKNTLKPVLIPCYDLSSSAPFLFSRADALETDSFDFRLWEVCRATT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_034825`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_034825

位置 Chr08:3571604-3574374 (+)

描述 Similar to PLP7: Patatin-like protein 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g54950`	具有非特异性脂肪分解酰基水解酶 (LAH) 活性。	暂无已核实直接文献
`At2g39220`	具有非特异性脂肪分解酰基水解酶 (LAH) 活性。	暂无已核实直接文献
`At4g29800`	具有非特异性脂肪分解酰基水解酶 (LAH) 活性。	暂无已核实直接文献
`At3g63200`	可能的不活跃类巴塔丁蛋白 9。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0144500`	具有非特异性脂肪分解酰基水解酶 (LAH) 活性。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034825 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006644 phospholipid metabolic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程

GO:0019374 galactolipid metabolic process 生物过程

GO:0051707 response to other organism 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004620 glycerophospholipase activity 分子功能

GO:0016298 lipase activity 分子功能

GO:0016787 hydrolase activity 分子功能

GO:0047617 fatty acyl-CoA hydrolase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39220

ath:AT3G54950

ath:AT3G63200

ath:AT4G29800

dosa:Os07g0144500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.344

排名 1 · LXL04_034825 · OH-1004

细胞质0.298

排名 2 · LXL04_034825 · OH-1004

细胞核0.199

排名 3 · LXL04_034825 · OH-1004

内质网0.092

排名 4 · LXL04_034825 · OH-1004

溶酶体／液泡0.084

排名 5 · LXL04_034825 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01734.28Patatin80-297 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_034825	`PF01734.28`	Patatin	80	297	3.4e-17	64.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SV43`	拟南芥	Patatin-like protein 7	67.462%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O80959`	拟南芥	Patatin-like protein 6	67.467%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8H133`	拟南芥	Patatin-like protein 8	63.191%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q93ZQ3`	拟南芥	Probable inactive patatin-like protein 9	43.158%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8H5D4`	水稻	Patatin-like protein 3	41.256%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情