LXL04_034820 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_034820

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 3339679-3344212 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3654 bp · LXL04_034820|LXL04_034820|OH1004|cDNA

ATGGAAGACGCAGGACCAAGCTCCAAGGAGAAGCCGTCAAATGGATCTGTACATGTCGACAtagatgaagaagatgatgatgatgatatgATGGACGCACCATCAGTTAGGGATTTCGATGAGTCCTTCTTAAAGAGCTTCTGTAGAAGGGCATCCTCGTCCTTTTTCAAACACTATGGTCTTATAAGTCATCAGATCAACTCATATGACGACTTCATCAAAGTAGGAATCCAGAATGTTTTCGACTCCATTGGTGAGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

3654 bp · LXL04_034820|LXL04_034820|OH1004|CDS

ATGGAAGACGCAGGACCAAGCTCCAAGGAGAAGCCGTCAAATGGATCTGTACATGTCGACATAGATGAAGAAGATGATGATGATGATATGATGGACGCACCATCAGTTAGGGATTTCGATGAGTCCTTCTTAAAGAGCTTCTGTAGAAGGGCATCCTCGTCCTTTTTCAAACACTATGGTCTTATAAGTCATCAGATCAACTCATATGACGACTTCATCAAAGTAGGAATCCAGAATGTTTTCGACTCCATTGGTGAGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1217 aa · LXL04_034820|LXL04_034820|OH1004|PROTEIN

MEDAGPSSKEKPSNGSVHVDIDEEDDDDDMMDAPSVRDFDESFLKSFCRRASSSFFKHYGLISHQINSYDDFIKVGIQNVFDSIGEIIVEPGYDPSKKGENEWRYASIKFGKVTLERPRFYTGDKSESGNKFLDFLPRHARLQNMTYSSRMKVQFTKEVTTIIAFSYIFSPITYHMKFQVYIQELVRSDKFKTGKEKYIDKKILETEEREVYIGRIPVMVNSDTCWMSGPDRKDDCDYDQGGYFIIKGAEKTFIAQEQLG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_034820`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_034820

位置 Chr08:3339679-3344212 (-)

描述 Similar to NRPD2: DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g23780`	DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。	Atypical RNA polymerase subunits required for RNA-directed DNA methylation.2005 · DOI: 10.1038/ng1580 Reinforcement of silencing at transposons and highly repeated sequences requires the concerted action of two distinct RNA polymerases IV in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1101/gad.348405 Transcriptional silencing induced by Arabidopsis T-DNA mutants is associated with 35S promoter siRNAs and requires genes involved in siRNA-mediated chromatin silencing.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04358.x
`At3g18090`	DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。	暂无已核实直接文献
`At4g21710`	DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034820 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006354 DNA-templated transcription elongation 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006367 transcription initiation at RNA polymerase II promoter 生物过程

GO:0030422 siRNA processing 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0031507 heterochromatin formation 生物过程

GO:0035194 regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing 生物过程

GO:0035196 miRNA processing 生物过程

GO:0050776 regulation of immune response 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程

GO:0141007 transposable element silencing by siRNA-mediated heterochromatin formation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G18090

ath:AT3G23780

ath:AT4G21710

ddi:DDB_G0288257

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.953

排名 1 · LXL04_034820 · OH-1004

细胞质0.067

排名 2 · LXL04_034820 · OH-1004

细胞膜0.023

排名 3 · LXL04_034820 · OH-1004

内质网0.013

排名 4 · LXL04_034820 · OH-1004

质体0.011

排名 5 · LXL04_034820 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04563.21RNA_pol_Rpb2_160-478 aa

PF04561.20RNA_pol_Rpb2_2313-444 aa

PF04565.22RNA_pol_Rpb2_3520-581 aa

PF04566.19RNA_pol_Rpb2_4617-678 aa

PF04567.23RNA_pol_Rpb2_5693-736 aa

PF00562.34RNA_pol_Rpb2_6745-1114 aa

PF04560.26RNA_pol_Rpb2_71116-1213 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_034820	`PF04563.21`	RNA_pol_Rpb2_1	60	478	1.2e-32	113.8
LXL04_034820	`PF04561.20`	RNA_pol_Rpb2_2	313	444	3.3e-11	43.9
LXL04_034820	`PF04565.22`	RNA_pol_Rpb2_3	520	581	8e-15	55.5
LXL04_034820	`PF04566.19`	RNA_pol_Rpb2_4	617	678	8.4e-21	74.5
LXL04_034820	`PF04567.23`	RNA_pol_Rpb2_5	693	736	5.2e-07	31.1
LXL04_034820	`PF00562.34`	RNA_pol_Rpb2_6	745	1114	4.2e-108	362.5
LXL04_034820	`PF04560.26`	RNA_pol_Rpb2_7	1116	1213	3.9e-27	95.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LK40`	拟南芥	DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 2	63.015%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LV32`	拟南芥	DNA-directed RNA polymerase D subunit 2b	65.275%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P38420`	拟南芥	DNA-directed RNA polymerase II subunit 2	33.950%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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