RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_034722
当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 114781330-114782337 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1008 bp · LXL04_034722|LXL04_034722|OH1004|cDNA

ATGGATAGTTCAACCCTAGAATCTCAGGTCAGATCCGACAACTTCGTCACGTACGAATCCCCTTGCACACTCTACTCCATGGCCATCTCCTCCGCCGCAGCCTCACGCCGCAGAATCGCCCTCGGCAGCTTCATCGAAGAATACGCCAATCGAGTCGACATAGTCACATTCGATGAAGAAACTCTTTCCATCAAACCAATCCCTAAGCTCTCATTCGACCACCCCTATCCTCCTACTAAACTTATGTTCCACCCTAACCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1008 bp · LXL04_034722|LXL04_034722|OH1004|CDS

ATGGATAGTTCAACCCTAGAATCTCAGGTCAGATCCGACAACTTCGTCACGTACGAATCCCCTTGCACACTCTACTCCATGGCCATCTCCTCCGCCGCAGCCTCACGCCGCAGAATCGCCCTCGGCAGCTTCATCGAAGAATACGCCAATCGAGTCGACATAGTCACATTCGATGAAGAAACTCTTTCCATCAAACCAATCCCTAAGCTCTCATTCGACCACCCCTATCCTCCTACTAAACTTATGTTCCACCCTAACCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

335 aa · LXL04_034722|LXL04_034722|OH1004|PROTEIN

MDSSTLESQVRSDNFVTYESPCTLYSMAISSAAASRRRIALGSFIEEYANRVDIVTFDEETLSIKPIPKLSFDHPYPPTKLMFHPNPKLSGDILASSGDFLRLYGVRDNSIEPISVLNNSKSSEFCAPLTSFDWNEVEPRRIGTSSIDTTCTIWDVERGVVETQLIAHDKEVHDIAWGEAGVFASVSADGSVRVFDLRDKEHSTIIYESPQPDTPLLRLAWNKQDLRYMATILMDSNKIVILDIRSPTMPVAELERHRGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_034722
TK1151 IDTkA08G429520
OH-1004 IDLXL04_034722
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_034722
位置Chr07:114781330-114782337 (-)
描述Similar to TTG1: Protein TRANSPARENT TESTA GLABRA 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g24520 可能调节 MYC 转录因子。
GL3 encodes a bHLH protein that regulates trichome development in arabidopsis through interaction with GL1 and TTG1.2000 · DOI: 10.1093/genetics/156.3.1349
At1g12910 时钟蛋白对于已知参与光周期传感的振荡器和输出基因的正确表达阶段和周期长度至关重要。
Two new clock proteins, LWD1 and LWD2, regulate Arabidopsis photoperiodic flowering.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.124917
LIGHT-REGULATED WD1 and PSEUDO-RESPONSE REGULATOR9 form a positive feedback regulatory loop in the Arabidopsis circadian clock.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.081661
At3g26640 时钟蛋白对于已知参与光周期传感的振荡器和输出基因的正确表达阶段和周期长度至关重要。
Two new clock proteins, LWD1 and LWD2, regulate Arabidopsis photoperiodic flowering.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.124917
LIGHT-REGULATED WD1 and PSEUDO-RESPONSE REGULATOR9 form a positive feedback regulatory loop in the Arabidopsis circadian clock.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.081661

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034722 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009718 anthocyanin-containing compound biosynthetic process 生物过程
GO:0009723 response to ethylene 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0010026 trichome differentiation 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0032880 regulation of protein localization 生物过程
GO:0043153 entrainment of circadian clock by photoperiod 生物过程
GO:0045165 cell fate commitment 生物过程
GO:0048511 rhythmic process 生物过程
GO:0048573 photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0090628 plant epidermal cell fate specification 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G12910
ath:AT3G26640
ath:AT5G24520
hsa:10238
mmu:71833
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.507
排名 1 · LXL04_034722 · OH-1004
细胞质0.495
排名 2 · LXL04_034722 · OH-1004
溶酶体／液泡0.115
排名 3 · LXL04_034722 · OH-1004
高尔基体0.076
排名 4 · LXL04_034722 · OH-1004
细胞膜0.058
排名 5 · LXL04_034722 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23609.2Beta-prop_EIPR137-286 aa
PF29037.1DSE1_N83-200 aa
PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd110-201 aa
PF24817.2WD40_WDHD1_1st125-317 aa
PF24807.2WD40_CDC20-Fz126-317 aa
PF24814.2WD40_Prp19130-206 aa
PF25174.2Beta-prop_THOC3131-268 aa
PF25175.2Beta-prop_WDR5140-202 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_034722PF23609.2Beta-prop_EIPR1372861.3e-0732.1
LXL04_034722PF29037.1DSE1_N832001.2e-1248.3
LXL04_034722PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd1102014.4e-0730.0
LXL04_034722PF24817.2WD40_WDHD1_1st1253177.9e-1039.1
LXL04_034722PF24807.2WD40_CDC20-Fz1263178.3e-1865.4
LXL04_034722PF24814.2WD40_Prp191302066.2e-1452.4
LXL04_034722PF25174.2Beta-prop_THOC31312687.1e-1968.6
LXL04_034722PF25175.2Beta-prop_WDR51402028.1e-1762.1
LXL04_034722PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st1402034.6e-1143.5
LXL04_034722PF25391.2WD40_Gbeta1402004.1e-0833.3
LXL04_034722PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR11412092.3e-1247.3
LXL04_034722PF23414.2Beta-prop_EML_21422913.2e-0627.4
LXL04_034722PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st1461989.9e-1348.8
LXL04_034722PF25174.2Beta-prop_THOC32193157.1e-1968.6
LXL04_034722PF25175.2Beta-prop_WDR52262898.1e-1762.1
LXL04_034722PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st2343269.9e-1348.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9XGN1拟南芥Protein TRANSPARENT TESTA GLABRA 176.608%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LPV9拟南芥WD repeat-containing protein LWD164.072%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q38960拟南芥WD repeat-containing protein LWD262.575%Swiss-Prot强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看