LXL04_034514 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_034514

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 103503038-103506937 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1374 bp · LXL04_034514|LXL04_034514|OH1004|cDNA

AAAAAGAAAGACCACTACGCTATTCCTCTCCCTCTCTGCATCGTACCTTATAATCTCTCTCTCCGCCCGCCGTCCGGTGAGTTTTATCGGCGGCGAGTAGAGTCAATGCCGGCACAAAAGCGTTCGCACGAAGCTCTTTATGAGGACTATGACGATGATGTGGAGCTGCAACTTAATAATCAGAACATTCACGAGGAatctgaagaagaagacgaTGACGAAGACGTAGAACCAGATGAACAAGCAGAAACTGATGATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1269 bp · LXL04_034514|LXL04_034514|OH1004|CDS

ATGCCGGCACAAAAGCGTTCGCACGAAGCTCTTTATGAGGACTATGACGATGATGTGGAGCTGCAACTTAATAATCAGAACATTCACGAGGAATCTGAAGAAGAAGACGATGACGAAGACGTAGAACCAGATGAACAAGCAGAAACTGATGATGATGGAAGCGCTTCCTCTAGTTGCAGTGACAGGGACGAATTTATCCTTGTAAAACTGGCTGAAATTCGCAAGGAGGTGCAATGCCCAATCTGTTTAGGAATAATCCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

422 aa · LXL04_034514|LXL04_034514|OH1004|PROTEIN

MPAQKRSHEALYEDYDDDVELQLNNQNIHEESEEEDDDEDVEPDEQAETDDDGSASSSCSDRDEFILVKLAEIRKEVQCPICLGIIRKTRTVMECLHRFCRECIDKSMRLGNNECPACRAHCKSRRSLRDDPNYDALIAVLYPNIDKYEAEQEFAFHEEEKARNKQIQASIAQTSRRQLEALGKKRTNTKTTAGVFMRRSQNTRNLRGRRNRKSSEPQDSENEEDDDDDDAETMNNNGGGLGKESSSDDECVEPRPKRCS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_034514`
TK1151 ID	TkA08G406180
OH-1004 ID	LXL04_034514
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	90.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 87.173 / OH-1004 84.123 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_034514

位置 Chr07:103503038-103506937 (-)

描述 Similar to RING1A: Putative E3 ubiquitin-protein ligase RING1a

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g44280`	假定的E3泛素蛋白连接酶，介导组蛋白H2A的'Lys-119'单泛素化（H2AK119ub），从而在组蛋白密码和基因调控中起核心作用。	Polycomb silencing of KNOX genes confines shoot stem cell niches in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1016/j.cub.2008.11.019
`At1g03770`	推定的 E3 泛素蛋白连接酶，介导组蛋白 H2A 的“Lys-119”单泛素化，从而在组蛋白编码和基因调控中发挥核心作用。	Polycomb silencing of KNOX genes confines shoot stem cell niches in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1016/j.cub.2008.11.019

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034514 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0001709 cell fate determination 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007281 germ cell development 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0009948 anterior/posterior axis specification 生物过程

GO:0010076 maintenance of floral meristem identity 生物过程

GO:0010077 maintenance of inflorescence meristem identity 生物过程

GO:0010467 gene expression 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03770

ath:AT5G44280

mmu:19821

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.881

排名 1 · LXL04_034514 · OH-1004

细胞质0.240

排名 2 · LXL04_034514 · OH-1004

线粒体0.029

排名 3 · LXL04_034514 · OH-1004

细胞膜0.022

排名 4 · LXL04_034514 · OH-1004

内质网0.011

排名 5 · LXL04_034514 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13923.13zf-C3HC4_278-118 aa

PF13639.13zf-RING_278-119 aa

PF00097.32zf-C3HC479-118 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_034514	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	78	118	8e-12	45.5
LXL04_034514	`PF13639.13`	zf-RING_2	78	119	6.7e-08	33.4
LXL04_034514	`PF00097.32`	zf-C3HC4	79	118	5.2e-10	39.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FKW0`	拟南芥	Putative E3 ubiquitin-protein ligase RING1a	45.244%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0WX00`	拟南芥	Putative E3 ubiquitin-protein ligase RING1b	41.397%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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