LXL04_034512 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_034512

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 103483208-103489286 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1802 bp · LXL04_034512|LXL04_034512|OH1004|cDNA

GTGACCAACaaggaaaaaaaaaagtaattCGGCCCCAACAAGGATTCACACAAACAGACCTTCGCAAGATCTCGCACACACCAAACAAAATTTCACTACCATCTCAATCTCGACTGATGCCCACAAGTACCTCCGCCTCCGCTGCGGCGGCTAGTATATCCCCAGCTGCCTCCGACTCTGATGAATACGAGTACGAGGAAATAGAAGTAGAAGAAGAGGTAGAAGTAGAAGAAGAAGTCTCCGACGAAGAAGTCaatgag...

CDS

下载 CDS FASTA

1689 bp · LXL04_034512|LXL04_034512|OH1004|CDS

CTGATGCCCACAAGTACCTCCGCCTCCGCTGCGGCGGCTAGTATATCCCCAGCTGCCTCCGACTCTGATGAATACGAGTACGAGGAAATAGAAGTAGAAGAAGAGGTAGAAGTAGAAGAAGAAGTCTCCGACGAAGAAGTCAATGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGGAGAAGAAGAAGAAGAAGGCGAAGACGAAGAAGAAGAAGAACATATATCGCCACCAATTGACGAGAAAGATCACGAGAAAGGAAAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

562 aa · LXL04_034512|LXL04_034512|OH1004|PROTEIN

MMPTSTSASAAAASISPAASDSDEYEYEEIEVEEEVEVEEEVSDEEVNEEEEEEEEEGEEEEEGEDEEEEEHISPPIDEKDHEKGKITTVDDGDKSSQPDDDGGVTTSNPVGVSDKGVKVSGESVIEGGLNEHNHPPLPSPSPIEKETKGTNEDNCPPSEKESKGTNEDNLLPSEKLTNETKDQDNKHQKQDGVSVRLDRRPRSLSPGKKGNIKKRQVLVCQFFAKGWCIKGNSCKFLHIKEPKDKNKQQDSRSNSTPVS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_034512`
TK1151 ID	TkA08G406210
OH-1004 ID	LXL04_034512
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	93.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 80.782 / OH-1004 87.544 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_034512

位置 Chr07:103483208-103489286 (+)

描述 Similar to FES1: Protein FRIGIDA-ESSENTIAL 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g33835`	转录激活因子，参与 FRIGIDA 介导的春化途径，但不参与自主开花途径。	FRIGIDA-ESSENTIAL 1 interacts genetically with FRIGIDA and FRIGIDA-LIKE 1 to promote the winter-annual habit of Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1242/dev.02170 The FRIGIDA complex activates transcription of FLC, a strong flowering repressor in Arabidopsis, by recruiting chromatin modification factors.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.075911
`At3g18640`	含锌指 CCCH 结构域的蛋白 38。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0135800`	含锌指 CCCH 结构域的蛋白 55。	暂无已核实直接文献
`Os05g0497500`	含锌指CCCH结构域的蛋白质36。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034512 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010220 positive regulation of vernalization response 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G33835

ath:AT3G18640

dosa:Os05g0497500

dosa:Os08g0135800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.921

排名 1 · LXL04_034512 · OH-1004

细胞质0.124

排名 2 · LXL04_034512 · OH-1004

细胞膜0.059

排名 3 · LXL04_034512 · OH-1004

内质网0.039

排名 4 · LXL04_034512 · OH-1004

质体0.015

排名 5 · LXL04_034512 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16131.12Torus184-247 aa

PF18345.8zf_CCCH_4221-239 aa

PF23030.2SCAF11-like_C483-526 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_034512	`PF16131.12`	Torus	184	247	6.1e-07	30.7
LXL04_034512	`PF18345.8`	zf_CCCH_4	221	239	7.7e-06	26.5
LXL04_034512	`PF23030.2`	SCAF11-like_C	483	526	3.2e-06	27.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84VG7`	拟南芥	Protein FRIGIDA-ESSENTIAL 1	32.971%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LIH5`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 38	48.864%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6YYC0`	水稻	Zinc finger CCCH domain-containing protein 55	47.826%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q75K81`	水稻	Zinc finger CCCH domain-containing protein 36	51.316%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情