LXL04_033531 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033531

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 46351758-46367884 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5997 bp · LXL04_033531|LXL04_033531|OH1004|cDNA

atgatgatgagaaagagtcataagaacaatagtacaaagaacatgatcattgagctaggtttggtcttccaaaacctcaaactagctaatgagatgaatgaaacaagtaagggggagctaaaagaaggaggattAGCAAGTGTACAAGCTatccaaagacttctacaagctaaggtaaaggcgATAGGCATAGGACTTGGTGTACAAATGACGGGAAGATTTGCATTTAGATTCATGAAAGGATCATTGACACAAAAGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

5997 bp · LXL04_033531|LXL04_033531|OH1004|CDS

ATGATGATGAGAAAGAGTCATAAGAACAATAGTACAAAGAACATGATCATTGAGCTAGGTTTGGTCTTCCAAAACCTCAAACTAGCTAATGAGATGAATGAAACAAGTAAGGGGGAGCTAAAAGAAGGAGGATTAGCAAGTGTACAAGCTATCCAAAGACTTCTACAAGCTAAGGTAAAGGCGATAGGCATAGGACTTGGTGTACAAATGACGGGAAGATTTGCATTTAGATTCATGAAAGGATCATTGACACAAAAGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1998 aa · LXL04_033531|LXL04_033531|OH1004|PROTEIN

MMMRKSHKNNSTKNMIIELGLVFQNLKLANEMNETSKGELKEGGLASVQAIQRLLQAKVKAIGIGLGVQMTGRFAFRFMKGSLTQKLKSMAFPVANHRRYSSSSSSATAAAKPNISQSSRRDRLLAGTTVGLVGGAYASTLDEATFCGWLFTATKVLNPIFALLDPEVAHRLAISAAARAWVPRERRPDQQILGLEVWGRRFSNPIGLAAGFDKNAEAVEGLLGLGFGFVEVGSVTPLPQEGNPKPRMFRLRDQGAIINR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033531`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033531

位置 Chr07:46351758-46367884 (+)

描述 Similar to PYRD: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g23300`	催化二氢乳清酸向乳清酸的转化，以醌作为电子受体。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0676300`	催化二氢乳清酸向乳清酸的转化，以醌作为电子受体。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033531 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006207 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process 生物过程

GO:0006225 UDP biosynthetic process 生物过程

GO:0009220 pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process 生物过程

GO:0009410 response to xenobiotic stimulus 生物过程

GO:0031000 response to caffeine 生物过程

GO:0042594 response to starvation 生物过程

GO:0044205 'de novo' UMP biosynthetic process 生物过程

GO:0090140 regulation of mitochondrial fission 生物过程

GO:1903576 response to L-arginine 生物过程

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G23300

azc:AZC_4640

dosa:Os04g0676300

mmu:56749

rno:65156

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.378

排名 1 · LXL04_033531 · OH-1004

细胞核0.168

排名 2 · LXL04_033531 · OH-1004

线粒体0.149

排名 3 · LXL04_033531 · OH-1004

细胞膜0.134

排名 4 · LXL04_033531 · OH-1004

细胞质0.130

排名 5 · LXL04_033531 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01180.28DHO_dh194-501 aa

PF01582.26TIR680-855 aa

PF13676.12TIR_2683-779 aa

PF00931.29NB-ARC876-1050 aa

PF23282.2WHD_ROQ11119-1190 aa

PF13855.13LRR_81463-1517 aa

PF12799.14LRR_41487-1528 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033531	`PF01180.28`	DHO_dh	194	501	3e-86	289.9
LXL04_033531	`PF01582.26`	TIR	680	855	9.9e-44	150.0
LXL04_033531	`PF13676.12`	TIR_2	683	779	2.1e-17	64.5
LXL04_033531	`PF00931.29`	NB-ARC	876	1050	4.2e-14	53.2
LXL04_033531	`PF23282.2`	WHD_ROQ1	1119	1190	6.9e-17	62.1
LXL04_033531	`PF13855.13`	LRR_8	1463	1517	2e-07	31.4
LXL04_033531	`PF12799.14`	LRR_4	1487	1528	1.4e-08	35.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P32746`	拟南芥	Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial	73.576%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7XKC8`	水稻	Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial	75.369%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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