LXL04_033448 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033448

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 44074689-44076585 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1452 bp · LXL04_033448|LXL04_033448|OH1004|cDNA

ATGCTTCACTTGATCGACATTTTGCTGCAGTCCATCAATTTATCTACAATTTGGTGTTTGGTATTTGTTTCCGAGTTCACATTAACATATCATCCTTTTTTCTTCTTTGTAGCCATGGAATCCAAACAAGGAACAAAACACACAATCTTAATGGTATCCGACTTCTTCTACCCAAATTTCGGAGGTGTAGAGAACCACATATACCTCCTCTCCCAATGCCTAATCAAACTCGGCCACAAGGTCATAGTCATGACCCACGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1452 bp · LXL04_033448|LXL04_033448|OH1004|CDS

ATGCTTCACTTGATCGACATTTTGCTGCAGTCCATCAATTTATCTACAATTTGGTGTTTGGTATTTGTTTCCGAGTTCACATTAACATATCATCCTTTTTTCTTCTTTGTAGCCATGGAATCCAAACAAGGAACAAAACACACAATCTTAATGGTATCCGACTTCTTCTACCCAAATTTCGGAGGTGTAGAGAACCACATATACCTCCTCTCCCAATGCCTAATCAAACTCGGCCACAAGGTCATAGTCATGACCCACGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

483 aa · LXL04_033448|LXL04_033448|OH1004|PROTEIN

MLHLIDILLQSINLSTIWCLVFVSEFTLTYHPFFFFVAMESKQGTKHTILMVSDFFYPNFGGVENHIYLLSQCLIKLGHKVIVMTHAYSNRTGVRYMTNGLKVYYVPWKPFLMQNTLPTFFPTLPIIRTILIREKITLIHGHQAFSTLCHEALMHARTMNYKVVFTDHSLYGFADIGSIHMNKILQFTLADVTQAICVSHTSKENTVLRSGLPPEKVFVIPNAVDTTMFKPASERVVMDVIVIVVISRLVYRKGADLLVE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033448`
TK1151 ID	TkA08G257340
OH-1004 ID	LXL04_033448
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.881 / OH-1004 92.133 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033448

位置 Chr07:44074689-44076585 (-)

描述 Similar to PIGA: Phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase subunit A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g45100`	对N-乙酰葡萄糖胺基-磷脂酰肌醇合成必需，是GPI锚定生物合成中非常早期的中间产物（可能）。	SETH1 and SETH2, two components of the glycosylphosphatidylinositol anchor biosynthetic pathway, are required for pollen germination and tube growth in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1105/tpc.014407

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033448 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006506 GPI anchor biosynthetic process 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:1990830 cellular response to leukemia inhibitory factor 生物过程

GO:0000506 glycosylphosphatidylinositol-N-acetylglucosaminyltransferase (GPI-GnT) complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0030867 rough endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0008194 UDP-glycosyltransferase activity 分子功能

GO:0017176 phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G45100

hsa:5277

mmu:18700

spo:2540986

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.572

排名 1 · LXL04_033448 · OH-1004

线粒体0.164

排名 2 · LXL04_033448 · OH-1004

细胞质0.146

排名 3 · LXL04_033448 · OH-1004

细胞核0.121

排名 4 · LXL04_033448 · OH-1004

高尔基体0.083

排名 5 · LXL04_033448 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13439.13Glyco_transf_460-227 aa

PF13579.13Glyco_trans_4_461-222 aa

PF08288.19PIGA86-175 aa

PF00534.27Glycos_transf_1236-379 aa

PF13692.13Glyco_trans_1_4242-378 aa

PF13524.13Glyco_trans_1_2268-376 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033448	`PF13439.13`	Glyco_transf_4	60	227	6.6e-29	101.8
LXL04_033448	`PF13579.13`	Glyco_trans_4_4	61	222	2.9e-11	44.7
LXL04_033448	`PF08288.19`	PIGA	86	175	5.9e-42	142.9
LXL04_033448	`PF00534.27`	Glycos_transf_1	236	379	1.5e-29	103.4
LXL04_033448	`PF13692.13`	Glyco_trans_1_4	242	378	1.6e-25	90.8
LXL04_033448	`PF13524.13`	Glyco_trans_1_2	268	376	4.9e-07	30.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94BX4`	拟南芥	Phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase subunit A	82.033%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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