LXL04_033433 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033433

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 43838904-43844738 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1224 bp · LXL04_033433|LXL04_033433|OH1004|cDNA

ATGGAGAAGAAAAAGAGATTGGAACAGGTCGATGGCCGCTTGCAACAATATTTGGTTCTTCTTCTTGCTATTGTATTAGGGTTTCTGATCATGGATCCTTTCGATATGAGTCCCGTTGGTGGACATAATTTCCGACCTGTGAAAAATGATATTGCCCCGTATGACCAAGTGATGGAGGGTTGGCCCATTGACAATCTTAGCCGGCTAGGGCTTGGGAACTTGGAGCATGTAGATAAAGTGTTCGGACCCGAGTCCCTGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1224 bp · LXL04_033433|LXL04_033433|OH1004|CDS

ATGGAGAAGAAAAAGAGATTGGAACAGGTCGATGGCCGCTTGCAACAATATTTGGTTCTTCTTCTTGCTATTGTATTAGGGTTTCTGATCATGGATCCTTTCGATATGAGTCCCGTTGGTGGACATAATTTCCGACCTGTGAAAAATGATATTGCCCCGTATGACCAAGTGATGGAGGGTTGGCCCATTGACAATCTTAGCCGGCTAGGGCTTGGGAACTTGGAGCATGTAGATAAAGTGTTCGGACCCGAGTCCCTGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

407 aa · LXL04_033433|LXL04_033433|OH1004|PROTEIN

MEKKKRLEQVDGRLQQYLVLLLAIVLGFLIMDPFDMSPVGGHNFRPVKNDIAPYDQVMEGWPIDNLSRLGLGNLEHVDKVFGPESLEFDPLGNGPYTGMADGRIVKWSGDGRGWQTFALVSRDWSERLCMRGKDSTTYKQWKMEAICGRPLGLRFDKGSGNLYIADAYYGLMVVGPEGGLATPLATHIDGEPIIFANDLDIHSNGSIFFTDTSQKYNRVNHFFIMLEGEATGRLLRYDPPTKSTHVVLNGLAFPNGVQLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033433`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033433

位置 Chr07:43838904-43844738 (-)

描述 Similar to SSL13: Protein STRICTOSIDINE SYNTHASE-LIKE 13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g59530`	在花粉发育过程中外壁形成所必需。	暂无已核实直接文献
`At1g08470`	蛋白STRICTOSIDINE SYNTHASE-LIKE 3。	暂无已核实直接文献
`At3g57030`	蛋白 STRICTOSIDINE SYNTHASE-LIKE 10。	暂无已核实直接文献
`At3g57020`	蛋白 STRICTOSIDINE 合酶样 9。	暂无已核实直接文献
`At3g57010`	蛋白 STRICTOSIDINE 合酶样 8。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033433 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0010584 pollen exine formation 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016787 hydrolase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08470

ath:AT3G57010

ath:AT3G57020

ath:AT3G57030

ath:AT3G59530

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.659

排名 1 · LXL04_033433 · OH-1004

高尔基体0.130

排名 2 · LXL04_033433 · OH-1004

细胞质0.117

排名 3 · LXL04_033433 · OH-1004

细胞核0.079

排名 4 · LXL04_033433 · OH-1004

细胞膜0.073

排名 5 · LXL04_033433 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08450.19SGL132-314 aa

PF03088.23Str_synth197-284 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033433	`PF08450.19`	SGL	132	314	6.4e-18	66.0
LXL04_033433	`PF03088.23`	Str_synth	197	284	1.9e-30	105.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M1B4`	拟南芥	Protein STRICTOSIDINE SYNTHASE-LIKE 13	68.215%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8VWF6`	拟南芥	Protein STRICTOSIDINE SYNTHASE-LIKE 3	44.192%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q4V3D9`	拟南芥	Protein STRICTOSIDINE SYNTHASE-LIKE 10	47.484%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M1J6`	拟南芥	Protein STRICTOSIDINE SYNTHASE-LIKE 9	41.250%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M1J7`	拟南芥	Protein STRICTOSIDINE SYNTHASE-LIKE 8	41.121%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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