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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_033367
当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 41759686-41760755 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

495 bp · LXL04_033367|LXL04_033367|OH1004|cDNA

ATGAAAGGTCTATTGAAAGGCCTACGTTACATTTCCGAAATTTTTGAAGCGGATAACGATAAAGAACCAGAAATACAAATCGGTGCACCTACGGATGTGAAGCATGTTGCCCATATCGGTTGTGATGGTCCTTCTTCGAATGCGCCTAGTTGGATGAACGACTTTCAAGGTTCTTCAGATGCCGGATCATCCGATTTAAAAGGTGGGACAAAGGGTCATATGTCATTAGGTGCAGAATCGTCGATGGGATCCCCGACTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

495 bp · LXL04_033367|LXL04_033367|OH1004|CDS

ATGAAAGGTCTATTGAAAGGCCTACGTTACATTTCCGAAATTTTTGAAGCGGATAACGATAAAGAACCAGAAATACAAATCGGTGCACCTACGGATGTGAAGCATGTTGCCCATATCGGTTGTGATGGTCCTTCTTCGAATGCGCCTAGTTGGATGAACGACTTTCAAGGTTCTTCAGATGCCGGATCATCCGATTTAAAAGGTGGGACAAAGGGTCATATGTCATTAGGTGCAGAATCGTCGATGGGATCCCCGACTCG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

164 aa · LXL04_033367|LXL04_033367|OH1004|PROTEIN

MKGLLKGLRYISEIFEADNDKEPEIQIGAPTDVKHVAHIGCDGPSSNAPSWMNDFQGSSDAGSSDLKGGTKGHMSLGAESSMGSPTRRGKSKKKGSSNSVNTPDRESKARKNKSSTSDNESSRARRTKNSTSTGSESLAQDPRSKKDRKKKRTSSRDPSATDND

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_033367
TK1151 IDTkA08G254020
OH-1004 IDLXL04_033367
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)86.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_033367
位置Chr07:41759686-41760755 (-)
描述Similar to RIC7: CRIB domain-containing protein RIC7
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g28556 作为“植物 Rho”(ROP) 家族的 Rho 相关 GTP 结合蛋白的下游效应子。 暂无已核实直接文献
At3g23380 作为“植物 Rho”(ROP) 家族的 Rho 相关 GTP 结合蛋白的下游效应子。 暂无已核实直接文献
At2g33460 作为“植物 Rho”(ROP) 家族的 Rho 相关 GTP 结合蛋白的下游效应子。 暂无已核实直接文献
At1g04450 作为“植物 Rho”(ROP) 家族的 Rho 相关 GTP 结合蛋白的下游效应子。
A genome-wide analysis of Arabidopsis Rop-interactive CRIB motif-containing proteins that act as Rop GTPase targets.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010218
A Rho family GTPase controls actin dynamics and tip growth via two counteracting downstream pathways in pollen tubes.2005 · DOI: 10.1083/jcb.200409140
At2g20430 作为“植物 Rho”(ROP) 家族的 Rho 相关 GTP 结合蛋白的下游效应子。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033367 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000902 cell morphogenesis 生物过程
GO:0007204 positive regulation of cytosolic calcium ion concentration 生物过程
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009860 pollen tube growth 生物过程
GO:0010215 cellulose microfibril organization 生物过程
GO:0017157 regulation of exocytosis 生物过程
GO:0030834 regulation of actin filament depolymerization 生物过程
GO:0031122 cytoplasmic microtubule organization 生物过程
GO:0050848 regulation of calcium-mediated signaling 生物过程
GO:0050850 positive regulation of calcium-mediated signaling 生物过程
GO:0051650 establishment of vesicle localization 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G04450
ath:AT2G20430
ath:AT2G33460
ath:AT3G23380
ath:AT4G28556
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.466
排名 1 · LXL04_033367 · OH-1004
细胞膜0.396
排名 2 · LXL04_033367 · OH-1004
细胞核0.338
排名 3 · LXL04_033367 · OH-1004
内质网0.045
排名 4 · LXL04_033367 · OH-1004
线粒体0.034
排名 5 · LXL04_033367 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00786.34PBD26-58 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_033367PF00786.34PBD26582e-0628.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q1G3K8拟南芥CRIB domain-containing protein RIC748.936%Swiss-Prot中等数据库同源证据
F4J424拟南芥CRIB domain-containing protein RIC549.107%Swiss-Prot中等数据库同源证据
F4IVV0拟南芥CRIB domain-containing protein RIC173.214%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
F4I5N6拟南芥CRIB domain-containing protein RIC367.857%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q1PF35拟南芥CRIB domain-containing protein RIC673.684%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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