LXL04_033324 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033324

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 40837449-40847566 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5040 bp · LXL04_033324|LXL04_033324|OH1004|cDNA

ATGCAGGCTACTGCAGCCAATATCATAGTAGGATCTCAAGTATGGGTGGAGGATCATGAGGTAGCTTGGATAGATGGTGATGTTCTGGAAATTAATGACAAAGAAATAAAAGTACAGTGTTCAAATGGACAAGAAGTTGTTACAAATGTGGCCCGTGTGTATCCAAAAGATCCAGAGGAACCCGAAGGTGGAGTGGATGATATGACAAAATTGGCTTATCTTCATGAACCCGGTGTTCTACAAAATTTAAAACATCGATT...

CDS

下载 CDS FASTA

5040 bp · LXL04_033324|LXL04_033324|OH1004|CDS

ATGCAGGCTACTGCAGCCAATATCATAGTAGGATCTCAAGTATGGGTGGAGGATCATGAGGTAGCTTGGATAGATGGTGATGTTCTGGAAATTAATGACAAAGAAATAAAAGTACAGTGTTCAAATGGACAAGAAGTTGTTACAAATGTGGCCCGTGTGTATCCAAAAGATCCAGAGGAACCCGAAGGTGGAGTGGATGATATGACAAAATTGGCTTATCTTCATGAACCCGGTGTTCTACAAAATTTAAAACATCGATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1679 aa · LXL04_033324|LXL04_033324|OH1004|PROTEIN

MQATAANIIVGSQVWVEDHEVAWIDGDVLEINDKEIKVQCSNGQEVVTNVARVYPKDPEEPEGGVDDMTKLAYLHEPGVLQNLKHRFDMNEIYTYTGNILIAVNPFQRLPHLYEKDVMSKYKGMVNEGISQSILVSGESGAGKTEASKNLMQYLAFMGGRPGTNERSVEQQVLESNPVLEAFGNAKTVRNNNSSRFGKFVEIQFNEQGKISGAAIRTYLLERSRVCQVSDPERSYHCFYMLCAAPPEVAEKYKLGNPRTF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033324`
TK1151 ID	TkA08G250690
OH-1004 ID	LXL04_033324
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 76.411 / OH-1004 43.419 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033324

位置 Chr07:40837449-40847566 (-)

描述 Similar to XI-A: Myosin-7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g04600`	肌球蛋白重链，参与细胞周期调控的各种细胞器和蛋白质的运输，以实现它们的分隔。	暂无已核实直接文献
`At2g33240`	肌球蛋白重链，参与细胞周期调控的各种细胞器和蛋白质的运输，以实现它们的分隔。	暂无已核实直接文献
`At5g43900`	肌球蛋白重链，是细胞周期调节的各种细胞器和蛋白质分离所需的重链。	Peroxisomal localization of a myosin XI isoform in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1093/pcp/pci085 Two class XI myosins function in organelle trafficking and root hair development in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1104/pp.107.113654 A comparative study of the involvement of 17 Arabidopsis myosin family members on the motility of Golgi and other organelles.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.136853 Myosin XIK is a major player in cytoplasm dynamics and is regulated by two amino acids in its tail.2012 · DOI: 10.1093/jxb/err265
`At1g04160`	肌球蛋白重链，参与细胞周期调控的各种细胞器和蛋白质的运输，以实现它们的分隔。	暂无已核实直接文献
`At4g28710`	肌球蛋白重链，参与细胞周期调控的各种细胞器和蛋白质的运输，以实现它们的分隔。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033324 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007015 actin filament organization 生物过程

GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程

GO:0030048 actin filament-based movement 生物过程

GO:0048467 gynoecium development 生物过程

GO:0048767 root hair elongation 生物过程

GO:0051645 Golgi localization 生物过程

GO:0051646 mitochondrion localization 生物过程

GO:0060151 peroxisome localization 生物过程

GO:0090436 leaf pavement cell development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04600

ath:AT2G33240

ath:AT5G43900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.664

排名 1 · LXL04_033324 · OH-1004

细胞膜0.207

排名 2 · LXL04_033324 · OH-1004

细胞核0.161

排名 3 · LXL04_033324 · OH-1004

高尔基体0.130

排名 4 · LXL04_033324 · OH-1004

溶酶体／液泡0.068

排名 5 · LXL04_033324 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02736.27Myosin_N2-56 aa

PF00063.28Myosin_head65-483 aa

PF00063.28Myosin_head484-671 aa

PF01843.26DIL1505-1603 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033324	`PF02736.27`	Myosin_N	2	56	2.3e-07	31.1
LXL04_033324	`PF00063.28`	Myosin_head	65	483	1.6e-208	695.0
LXL04_033324	`PF00063.28`	Myosin_head	484	671	1.6e-208	695.0
LXL04_033324	`PF01843.26`	DIL	1505	1603	1.1e-23	84.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I5Q6`	拟南芥	Myosin-7	53.299%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4IVR7`	拟南芥	Myosin-10	51.799%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LKB9`	拟南芥	Myosin-6	59.273%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4I460`	拟南芥	Myosin-8	59.189%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4JM19`	拟南芥	Myosin-14	65.116%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情