LXL04_033302 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033302

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 40451448-40454371 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1137 bp · LXL04_033302|LXL04_033302|OH1004|cDNA

ATGAAGGGAGGGAAACGAGAGAAAAATGAAGAAGCTGTTGATGTTGCCAGTGTTGCATATCATGTGCTGCATAAGCTTCCTTCTGGTGATAGTCCGTACGTCAGAGCCAAACATCTGCAGTTAGTGGAAAAGGATCCAAATGGAGCAATAGTCCAATTTTGGAAAGCTATAAATGTGGGTGATAGAGTTGATAGTGCCCTAAAAGACATGGCAgttgttatgaaacaacaagATAGAGCTGAAGAAGCTATCGAAGTTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1137 bp · LXL04_033302|LXL04_033302|OH1004|CDS

ATGAAGGGAGGGAAACGAGAGAAAAATGAAGAAGCTGTTGATGTTGCCAGTGTTGCATATCATGTGCTGCATAAGCTTCCTTCTGGTGATAGTCCGTACGTCAGAGCCAAACATCTGCAGTTAGTGGAAAAGGATCCAAATGGAGCAATAGTCCAATTTTGGAAAGCTATAAATGTGGGTGATAGAGTTGATAGTGCCCTAAAAGACATGGCAGTTGTTATGAAACAACAAGATAGAGCTGAAGAAGCTATCGAAGTTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

378 aa · LXL04_033302|LXL04_033302|OH1004|PROTEIN

MKGGKREKNEEAVDVASVAYHVLHKLPSGDSPYVRAKHLQLVEKDPNGAIVQFWKAINVGDRVDSALKDMAVVMKQQDRAEEAIEVITSFRDRCSKQAQESLDNVLIDLYKKCGKLEEQIELLKQKLRMIYQGEAFNGKPTKTARSHGRKFQVTVKQETSRILGNLGWAYLQLKNFPAAEAVYRKAQEIDPDANKACNLCLCLVKQGRYTEANSVLSQVMEGRLAGSNDPKLLNRTKELVQELEPWRLARVHPDPGPSRH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033302`
TK1151 ID	TkA08G249350
OH-1004 ID	LXL04_033302
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	97.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.395 / OH-1004 76.984 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033302

位置 Chr07:40451448-40454371 (-)

描述 Similar to At1g04770: Protein SULFUR DEFICIENCY-INDUCED 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g04770`	参与在硫缺乏条件下利用储存的硫酸盐。	暂无已核实直接文献
`At5g48850`	参与缺硫条件下储存硫酸盐的利用。	A sulphur deficiency-induced gene, sdi1, involved in the utilization of stored sulphate pools under sulphur-limiting conditions has potential as a diagnostic indicator of sulphur nutritional status.2009 · DOI: 10.1111/j.1467-7652.2008.00391.x
`At3g51280`	可能参与细胞分裂的调控。	暂无已核实直接文献
`At4g20900`	对男性生育力至关重要，尤其是对于微孢子和花粉颗粒的产生。	Meiotic progression in Arabidopsis is governed by complex regulatory interactions between SMG7, TDM1, and the meiosis I-specific cyclin TAM.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.078378
`At5g44330`	可能参与细胞分裂的调控。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033302 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006792 regulation of sulfur utilization 生物过程

GO:0007140 male meiotic nuclear division 生物过程

GO:0009556 microsporogenesis 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0010438 cellular response to sulfur starvation 生物过程

GO:0010439 regulation of glucosinolate biosynthetic process 生物过程

GO:0017148 negative regulation of translation 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0000932 P-body 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0017053 transcription repressor complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04770

ath:AT3G51280

ath:AT4G20900

ath:AT5G44330

ath:AT5G48850

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.466

排名 1 · LXL04_033302 · OH-1004

细胞核0.343

排名 2 · LXL04_033302 · OH-1004

质体0.098

排名 3 · LXL04_033302 · OH-1004

细胞膜0.093

排名 4 · LXL04_033302 · OH-1004

内质网0.072

排名 5 · LXL04_033302 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13424.13TPR_12158-190 aa

PF13432.13TPR_16159-193 aa

PF00515.35TPR_1161-192 aa

PF13181.13TPR_8161-192 aa

PF07719.24TPR_2162-192 aa

PF14559.13TPR_19171-220 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033302	`PF13424.13`	TPR_12	158	190	1.3e-09	38.8
LXL04_033302	`PF13432.13`	TPR_16	159	193	4.9e-06	27.6
LXL04_033302	`PF00515.35`	TPR_1	161	192	1e-09	38.5
LXL04_033302	`PF13181.13`	TPR_8	161	192	1.1e-08	35.3
LXL04_033302	`PF07719.24`	TPR_2	162	192	4.7e-10	39.5
LXL04_033302	`PF14559.13`	TPR_19	171	220	1.2e-06	29.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L730`	拟南芥	Protein SULFUR DEFICIENCY-INDUCED 2	63.605%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GXU5`	拟南芥	Protein SULFUR DEFICIENCY-INDUCED 1	63.004%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SD20`	拟南芥	Protein POLLENLESS 3-LIKE 2	67.488%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SUC3`	拟南芥	Protein POLLENLESS 3	51.092%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FKV5`	拟南芥	Protein POLLENLESS 3-LIKE 1	52.821%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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