LXL04_033245 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033245

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 39183615-39188605 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3282 bp · LXL04_033245|LXL04_033245|OH1004|cDNA

ATGCATCACCACTTACTTCAACTCCTCCGGCTCTGTGCCAATCGCCGCCTCACATCTCACGGCAAGTCTCTCCATGCCCGCATCCTCAATCTCGGTCTCGACAGCTATGGAGCCCTTCCCAACACACTCATTTCTATGTACGGCAAGTGCGGCCTCATCAACGACGCCGTccaactgttcgacgaaatgcctcaacGAGACCTAGTTTCATGGGCTTCTATTCTCACTGCTTACAATCAATCCAACCTCCCTAACCGTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

3282 bp · LXL04_033245|LXL04_033245|OH1004|CDS

ATGCATCACCACTTACTTCAACTCCTCCGGCTCTGTGCCAATCGCCGCCTCACATCTCACGGCAAGTCTCTCCATGCCCGCATCCTCAATCTCGGTCTCGACAGCTATGGAGCCCTTCCCAACACACTCATTTCTATGTACGGCAAGTGCGGCCTCATCAACGACGCCGTCCAACTGTTCGACGAAATGCCTCAACGAGACCTAGTTTCATGGGCTTCTATTCTCACTGCTTACAATCAATCCAACCTCCCTAACCGTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1093 aa · LXL04_033245|LXL04_033245|OH1004|PROTEIN

MHHHLLQLLRLCANRRLTSHGKSLHARILNLGLDSYGALPNTLISMYGKCGLINDAVQLFDEMPQRDLVSWASILTAYNQSNLPNRALSLFPLMSTRDCLQPDHFVFATLVNSCAAMNALQIGNQLHAQIILSPFSSDDVVKSSLVDMYAKCGSVDAARAVFETISSKNPISWTAMISGYARSGRKSDAIDLLRDMKESNLFSWTALISGLIQSGHIVSAFHLFIEMRKEGIKITDPFILSTIIVASANLSALELGKQVH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033245`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033245

位置 Chr07:39183615-39188605 (+)

描述 Similar to PCMP-H13: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g14050, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g14050`	参与线粒体 RNA 的 C 到 U 编辑。	The DYW Subgroup PPR Protein MEF35 Targets RNA Editing Sites in the Mitochondrial rpl16, nad4 and cob mRNAs in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1371/journal.pone.0140680
`At2g22070`	含五肽重复序列的蛋白 At2g22070。	暂无已核实直接文献
`At1g25360`	含有五肽重复的蛋白 At1g25360。	暂无已核实直接文献
`At4g02750`	含五肽重复序列的蛋白 At4g02750。	暂无已核实直接文献
`At1g68930`	推测含有五肽重复序列的蛋白 At1g68930。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033245 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G25360

ath:AT2G22070

ath:AT4G14050

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.745

排名 1 · LXL04_033245 · OH-1004

质体0.106

排名 2 · LXL04_033245 · OH-1004

细胞质0.105

排名 3 · LXL04_033245 · OH-1004

线粒体0.070

排名 4 · LXL04_033245 · OH-1004

细胞膜0.018

排名 5 · LXL04_033245 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01535.27PPR41-67 aa

PF13041.13PPR_241-67 aa

PF12854.14PPR_141-63 aa

PF13041.13PPR_2169-201 aa

PF01535.27PPR171-200 aa

PF13041.13PPR_2200-235 aa

PF01535.27PPR202-232 aa

PF13041.13PPR_2301-349 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033245	`PF01535.27`	PPR	41	67	5.5e-55	180.6
LXL04_033245	`PF13041.13`	PPR_2	41	67	6.3e-52	174.2
LXL04_033245	`PF12854.14`	PPR_1	41	63	6.1e-37	125.8
LXL04_033245	`PF13041.13`	PPR_2	169	201	6.3e-52	174.2
LXL04_033245	`PF01535.27`	PPR	171	200	5.5e-55	180.6
LXL04_033245	`PF13041.13`	PPR_2	200	235	6.3e-52	174.2
LXL04_033245	`PF01535.27`	PPR	202	232	5.5e-55	180.6
LXL04_033245	`PF13041.13`	PPR_2	301	349	6.3e-52	174.2
LXL04_033245	`PF01535.27`	PPR	304	333	5.5e-55	180.6
LXL04_033245	`PF29070.1`	MSC6_N	312	398	9e-08	32.3
LXL04_033245	`PF17177.11`	PPR_long	318	432	1.9e-10	41.2
LXL04_033245	`PF12854.14`	PPR_1	370	400	6.1e-37	125.8
LXL04_033245	`PF20431.5`	E_motif	421	480	3.6e-15	56.7
LXL04_033245	`PF14432.13`	DYW_deaminase	517	608	2.2e-38	130.7
LXL04_033245	`PF00447.24`	HSF_DNA-bind	689	778	1.2e-28	100.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23266`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g14050, mitochondrial	58.484%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SHZ8`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22070	37.461%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FRI5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g25360	37.981%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SY02`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750	38.556%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9CAA8`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g68930	37.165%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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