LXL04_033243 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033243

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 39109787-39114406 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2196 bp · LXL04_033243|LXL04_033243|OH1004|cDNA

atGATAGTACGTGGAGGTTTGCTGAATCCTTTGTTTCACGCTCCTTCAGTGTCCGATTCGATGTCGATTGCAATTACTTCAACGAACTGTATCGTCTCACCGTCTTACCGTCGGCAACAGTACGTCAACGCCGGCAATGTGCTTTTTCATAGCAAAAAGGTCACGCGAGATCGTGTCAGTTTGAGTCATCGAATTCGAGCTTATTCCGAATCTAAGACAGAAGAAAAGCAAGTAAGAAAGTATTCACCCCTTCTTGAGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2196 bp · LXL04_033243|LXL04_033243|OH1004|CDS

ATGATAGTACGTGGAGGTTTGCTGAATCCTTTGTTTCACGCTCCTTCAGTGTCCGATTCGATGTCGATTGCAATTACTTCAACGAACTGTATCGTCTCACCGTCTTACCGTCGGCAACAGTACGTCAACGCCGGCAATGTGCTTTTTCATAGCAAAAAGGTCACGCGAGATCGTGTCAGTTTGAGTCATCGAATTCGAGCTTATTCCGAATCTAAGACAGAAGAAAAGCAAGTAAGAAAGTATTCACCCCTTCTTGAGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

731 aa · LXL04_033243|LXL04_033243|OH1004|PROTEIN

MIVRGGLLNPLFHAPSVSDSMSIAITSTNCIVSPSYRRQQYVNAGNVLFHSKKVTRDRVSLSHRIRAYSESKTEEKQVRKYSPLLESHEVSENNVSTAEFKAIPDIWRSSAQKFGDRVALVDPHHDPPTNMTYNQVEQDILHFSEGLRVIGMKPCEKLALFADNSCRWLIADQGIMATGAINVVRGSRSSVEELLHIYTHSESVALVVDNPELYHRIATGFNSKASVRFVILLWGDKSSLSSQNMEGIPVYSYKDIIDLG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033243`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033243

位置 Chr07:39109787-39114406 (+)

描述 Similar to AAE15: Long-chain-fatty-acid--[acyl-carrier-protein] ligase AEE15, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g14070`	可能参与质体中脂肪酸延伸之前脂肪酸向酰基载体蛋白的活化。	Identification of a plastid acyl-acyl carrier protein synthetase in Arabidopsis and its role in the activation and elongation of exogenous fatty acids.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02553.x
`At3g23790`	可能参与脂肪酸向酰基载体蛋白的活化。	暂无已核实直接文献
`At2g47240`	激活长链脂肪酸以合成细胞脂质并通过 β-氧化进行降解。	Leaf Epicuticular Waxes of the Eceriferum Mutants in Arabidopsis.1995 · DOI: 10.1104/pp.108.1.369 Arabidopsis CER8 encodes LONG-CHAIN ACYL-COA SYNTHETASE 1 (LACS1) that has overlapping functions with LACS2 in plant wax and cutin synthesis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03892.x Organ fusion and defective cuticle function in a lacs1 lacs2 double mutant of Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1007/s00425-010-1110-4
`At5g27600`	活化长链脂肪酸，用于细胞脂质的合成以及通过β-氧化进行降解（可能）。	Two long-chain acyl-CoA synthetases from Arabidopsis thaliana involved in peroxisomal fatty acid beta-oxidation.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01405.x Peroxisomal Acyl-CoA synthetase activity is essential for seedling development in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1105/tpc.019646 Analysis of the role of COMATOSE and peroxisomal beta-oxidation in the determination of germination potential in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1093/jxb/erl045

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033243 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006631 fatty acid metabolic process 生物过程

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0010025 wax biosynthetic process 生物过程

GO:0010143 cutin biosynthetic process 生物过程

GO:0010193 response to ozone 生物过程

GO:0030497 fatty acid elongation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G47240

ath:AT3G23790

ath:AT4G14070

ath:AT5G27600

mmi:MMAR_3231

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.741

排名 1 · LXL04_033243 · OH-1004

细胞质0.092

排名 2 · LXL04_033243 · OH-1004

质体0.087

排名 3 · LXL04_033243 · OH-1004

过氧化物酶体0.079

排名 4 · LXL04_033243 · OH-1004

内质网0.050

排名 5 · LXL04_033243 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00501.35AMP-binding109-564 aa

PF23562.3AMP-binding_C_3612-731 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033243	`PF00501.35`	AMP-binding	109	564	5e-76	256.7
LXL04_033243	`PF23562.3`	AMP-binding_C_3	612	731	3.2e-14	54.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W471`	拟南芥	Long-chain-fatty-acid--[acyl-carrier-protein] ligase AEE15, chloroplastic	67.308%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LK39`	拟南芥	Probable acyl-activating enzyme 16, chloroplastic	62.775%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O22898`	拟南芥	Long chain acyl-CoA synthetase 1	26.677%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LKS5`	拟南芥	Long chain acyl-CoA synthetase 7, peroxisomal	26.341%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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