LXL04_033212 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033212

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 38335946-38338078 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1329 bp · LXL04_033212|LXL04_033212|OH1004|cDNA

ATGCCTCCTCACAACGAAGTTGACCAAATAGACTACATGGCAGAAGAAGGGGACATGTCAGATTTTGCAGATGATGTGGATGCAGATGACAACAATGGTGGAGATAGAAATCTTGATGAATACGATATGCTTACAAAGGTGACGGATACGTCCTCTGCACAAGCAAGGACAGGAAAAGACATTCAGGGAATTCCATGGGAAAGATTGAACATAACAAGAGAAAGTTATAGGCGTACAAGGCTTGAACAATACAGAAACTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1329 bp · LXL04_033212|LXL04_033212|OH1004|CDS

ATGCCTCCTCACAACGAAGTTGACCAAATAGACTACATGGCAGAAGAAGGGGACATGTCAGATTTTGCAGATGATGTGGATGCAGATGACAACAATGGTGGAGATAGAAATCTTGATGAATACGATATGCTTACAAAGGTGACGGATACGTCCTCTGCACAAGCAAGGACAGGAAAAGACATTCAGGGAATTCCATGGGAAAGATTGAACATAACAAGAGAAAGTTATAGGCGTACAAGGCTTGAACAATACAGAAACTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

442 aa · LXL04_033212|LXL04_033212|OH1004|PROTEIN

MPPHNEVDQIDYMAEEGDMSDFADDVDADDNNGGDRNLDEYDMLTKVTDTSSAQARTGKDIQGIPWERLNITRESYRRTRLEQYRNYENIPLSGDAVDKKCKQKSKGGNYYEFFHNTRSVKPTILHFQLRNLVWATSKHDVYLMSNYSIMHWSSLSQNLTEILNFSGHVAPTEKHAGSLLEGFTQTQISTLAVSDEFLVAGGFQGELACKRLDKQGVSFCTRTTYEDNAITNAIEIYDTLSGGMHFMASNNDCGVREYDM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033212`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_033212`
位置	Chr07:38335946-38338078 (-)
描述	Similar to SPBC2A9.03: Uncharacterized WD repeat-containing protein C2A9.03 (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_033212` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0043531 ADP binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ana:alr2800 spo:2540276 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.647

排名 1 · LXL04_033212 · OH-1004

细胞质0.469

排名 2 · LXL04_033212 · OH-1004

溶酶体／液泡0.037

排名 3 · LXL04_033212 · OH-1004

线粒体0.033

排名 4 · LXL04_033212 · OH-1004

细胞膜0.031

排名 5 · LXL04_033212 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24817.2WD40_WDHD1_1st242-388 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3243-414 aa

PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd243-379 aa

PF25391.2WD40_Gbeta245-380 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5247-415 aa

PF24814.2WD40_Prp19251-385 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st275-422 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz279-389 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033212	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	242	388	2.2e-10	40.9
LXL04_033212	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	243	414	2.2e-19	70.2
LXL04_033212	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	243	379	1.1e-09	38.8
LXL04_033212	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	245	380	4.6e-09	36.4
LXL04_033212	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	247	415	5.3e-14	52.9
LXL04_033212	`PF24814.2`	WD40_Prp19	251	385	5.9e-13	49.2
LXL04_033212	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	275	422	1.2e-15	58.4
LXL04_033212	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	279	389	1e-08	35.6
LXL04_033212	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	281	421	9.5e-11	42.4
LXL04_033212	`PF24796.2`	WDR55	285	402	5.3e-06	26.4
LXL04_033212	`PF24805.2`	EIF3I	301	376	2.7e-09	37.4
LXL04_033212	`PF00400.39`	WD40	304	342	6.5e-16	58.8
LXL04_033212	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	321	422	2.4e-11	44.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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