LXL04_033194 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033194

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 37956092-37961112 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3300 bp · LXL04_033194|LXL04_033194|OH1004|cDNA

ATGGCATTTATAATACAACGTAGACtgtcaaaaaataaaaaacctaATGTACCTATAGAGGAAGATGCTTTAATACGTAAACTTGAACGAGAGAAACTGTTACATCGCCTTTTACATGGTGGTAAATGTCGCGAACTTATCCGTGTTAGTGAGCAAGCTTTTAAGAAACTGTGTACTATCTTACAACGTGATGGTGGCCTTCGTCCTACTCAACGAATGTCCGTTGAAGAACATGTTGCAAGATTTTTGCACATTGTTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

3300 bp · LXL04_033194|LXL04_033194|OH1004|CDS

ATGGCATTTATAATACAACGTAGACTGTCAAAAAATAAAAAACCTAATGTACCTATAGAGGAAGATGCTTTAATACGTAAACTTGAACGAGAGAAACTGTTACATCGCCTTTTACATGGTGGTAAATGTCGCGAACTTATCCGTGTTAGTGAGCAAGCTTTTAAGAAACTGTGTACTATCTTACAACGTGATGGTGGCCTTCGTCCTACTCAACGAATGTCCGTTGAAGAACATGTTGCAAGATTTTTGCACATTGTTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1099 aa · LXL04_033194|LXL04_033194|OH1004|PROTEIN

MAFIIQRRLSKNKKPNVPIEEDALIRKLEREKLLHRLLHGGKCRELIRVSEQAFKKLCTILQRDGGLRPTQRMSVEEHVARFLHIVGNDMRNTLISWTYRRSKSTTSRCFHRVLRAVIALESRYIQQPQGNVVAKEIQEKNRFYPYFKNCVGAIDGTHVRVKVHSKDAPRYRGRKGYPTINVLAACSFDLKFTYVLTGWEGTASDSRILKSALNREDKLVIPPGRYCLVDAGLPHTTQLMTPYRGVRYHLKEYSARPPKN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033194`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033194

位置 Chr07:37956092-37961112 (-)

描述 Similar to IPMSA: 2-isopropylmalate synthase A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g74040`	催化乙酰辅酶A的乙酰基与3-甲基-2-氧代丁酸酯缩合形成3-羧基-3-羟基-4-甲基戊酸酯。	Glucosinolate and amino acid biosynthesis in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.039347 Two Arabidopsis genes (IPMS1 and IPMS2) encode isopropylmalate synthase, the branchpoint step in the biosynthesis of leucine.2007 · DOI: 10.1104/pp.106.085555
`At1g18500`	催化乙酰辅酶A的乙酰基与3-甲基-2-氧代丁酸酯缩合形成3-羧基-3-羟基-4-甲基戊酸酯。	Glucosinolate and amino acid biosynthesis in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.039347 Two Arabidopsis genes (IPMS1 and IPMS2) encode isopropylmalate synthase, the branchpoint step in the biosynthesis of leucine.2007 · DOI: 10.1104/pp.106.085555

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033194 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009098 L-leucine biosynthetic process 生物过程

GO:0009877 nodulation 生物过程

GO:0019761 glucosinolate biosynthetic process 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0003852 2-isopropylmalate synthase activity 分子功能

GO:0010177 methylthioalkylmalate synthase activity 分子功能

GO:0016829 lyase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18500

ath:AT1G74040

gmx:547778

spen:107023302

spen:107028537

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.293

排名 1 · LXL04_033194 · OH-1004

细胞核0.281

排名 2 · LXL04_033194 · OH-1004

细胞质0.271

排名 3 · LXL04_033194 · OH-1004

线粒体0.091

排名 4 · LXL04_033194 · OH-1004

过氧化物酶体0.061

排名 5 · LXL04_033194 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26138.1DUF804027-118 aa

PF04827.21Plant_tran123-324 aa

PF01609.28DDE_Tnp_1148-287 aa

PF13359.13DDE_Tnp_4154-315 aa

PF12776.14Myb_DNA-bind_3361-457 aa

PF00682.26HMGL-like570-847 aa

PF22617.2HCS_D2861-945 aa

PF08502.16LeuA_dimer947-1091 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033194	`PF26138.1`	DUF8040	27	118	3.7e-20	72.3
LXL04_033194	`PF04827.21`	Plant_tran	123	324	2.7e-15	57.3
LXL04_033194	`PF01609.28`	DDE_Tnp_1	148	287	2.2e-08	34.8
LXL04_033194	`PF13359.13`	DDE_Tnp_4	154	315	9.1e-26	91.1
LXL04_033194	`PF12776.14`	Myb_DNA-bind_3	361	457	1.2e-19	71.7
LXL04_033194	`PF00682.26`	HMGL-like	570	847	4.9e-89	298.9
LXL04_033194	`PF22617.2`	HCS_D2	861	945	1.5e-27	96.5
LXL04_033194	`PF08502.16`	LeuA_dimer	947	1091	8.3e-31	107.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C550`	拟南芥	2-isopropylmalate synthase 2, chloroplastic	77.106%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LPR4`	拟南芥	2-isopropylmalate synthase 1, chloroplastic	68.109%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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