LXL04_033156 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033156

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 37310939-37317086 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3630 bp · LXL04_033156|LXL04_033156|OH1004|cDNA

atggggagattgttagaGTCAGCCCAAAAGACAAATTACTTTCTTGGGCCAAGAACCCATGTCCTTTTTGCTTACGTCATCCCACATTTTCCCTCTGATATTCGATTTTCCTTTTTTTGCCACTCATGTTTCTGCTATATCTGTCTCTTTGCCCTAATAACTCCTCCGCCCCCATTCCAATCATCATTGTCAGTTGAAATCAACACACAAACTGCTTGTGTTCTCGCCTATAAACAACAGGAGACACCTCCGCCGTTCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

3630 bp · LXL04_033156|LXL04_033156|OH1004|CDS

ATGGGGAGATTGTTAGAGTCAGCCCAAAAGACAAATTACTTTCTTGGGCCAAGAACCCATGTCCTTTTTGCTTACGTCATCCCACATTTTCCCTCTGATATTCGATTTTCCTTTTTTTGCCACTCATGTTTCTGCTATATCTGTCTCTTTGCCCTAATAACTCCTCCGCCCCCATTCCAATCATCATTGTCAGTTGAAATCAACACACAAACTGCTTGTGTTCTCGCCTATAAACAACAGGAGACACCTCCGCCGTTCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1209 aa · LXL04_033156|LXL04_033156|OH1004|PROTEIN

MGRLLESAQKTNYFLGPRTHVLFAYVIPHFPSDIRFSFFCHSCFCYICLFALITPPPPFQSSLSVEINTQTACVLAYKQQETPPPFAVGNHQRIRCLSVVLIVQQAQLAAILGADPAPFEALISHLMSSSNEQRSQAELIFNLCKQTDPNTLVLKLAQLLQLSPHMEARAMSAILLRKQLTQDDSVLWNVLSPATQSSLKSILLTCVQREEAKTIMKKLCDTISELGASILPENGWPELLPFMFQCVSSDSPKLQESAFL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033156`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_033156`
位置	Chr07:37310939-37317086 (+)
描述	Similar to IPO5: Importin-5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_033156` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0002753 cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程 GO:0006606 protein import into nucleus 生物过程 GO:0006607 NLS-bearing protein import into nucleus 生物过程 GO:0006610 ribosomal protein import into nucleus 生物过程 GO:0042307 positive regulation of protein import into nucleus 生物过程 GO:0045786 negative regulation of cell cycle 生物过程 GO:0071230 cellular response to amino acid stimulus 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分 GO:0005643 nuclear pore 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:26953 hsa:3843 mmu:240614 mmu:70572 spo:2539387 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.651

排名 1 · LXL04_033156 · OH-1004

细胞质0.538

排名 2 · LXL04_033156 · OH-1004

细胞膜0.057

排名 3 · LXL04_033156 · OH-1004

内质网0.050

排名 4 · LXL04_033156 · OH-1004

线粒体0.047

排名 5 · LXL04_033156 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25780.2TPR_IPO5213-369 aa

PF18808.8Importin_rep_4380-471 aa

PF23271.2HEAT_GCN1479-644 aa

PF13646.13HEAT_2481-579 aa

PF25780.2TPR_IPO5482-600 aa

PF13513.13HEAT_EZ487-540 aa

PF12755.14Vac14_Fab1_bd488-536 aa

PF24714.2TOR1L1_N493-674 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033156	`PF25780.2`	TPR_IPO5	213	369	4.8e-50	170.7
LXL04_033156	`PF18808.8`	Importin_rep_4	380	471	2e-25	89.7
LXL04_033156	`PF23271.2`	HEAT_GCN1	479	644	1.9e-20	74.5
LXL04_033156	`PF13646.13`	HEAT_2	481	579	1.2e-15	58.2
LXL04_033156	`PF25780.2`	TPR_IPO5	482	600	4.8e-50	170.7
LXL04_033156	`PF13513.13`	HEAT_EZ	487	540	1.1e-33	115.7
LXL04_033156	`PF12755.14`	Vac14_Fab1_bd	488	536	2.6e-10	41.5
LXL04_033156	`PF24714.2`	TOR1L1_N	493	674	6.7e-16	59.2
LXL04_033156	`PF12717.14`	Cnd1	509	645	4.3e-08	34.1
LXL04_033156	`PF13513.13`	HEAT_EZ	570	624	1.1e-33	115.7
LXL04_033156	`PF05004.20`	IFRD	583	719	4.2e-10	39.8
LXL04_033156	`PF25574.2`	TPR_IMB1	592	741	6.7e-22	78.4
LXL04_033156	`PF18829.8`	Importin_rep_6	879	981	2.2e-23	83.4
LXL04_033156	`PF25574.2`	TPR_IMB1	882	1031	6.7e-22	78.4
LXL04_033156	`PF02985.29`	HEAT	1019	1047	1.7e-19	68.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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