LXL04_033089 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033089

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 35721103-35725853 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2457 bp · LXL04_033089|LXL04_033089|OH1004|cDNA

ATGGATTTGGTAGCGAGTTGCAAGGAAAAAATGGCACATTTTCGAATAAGAGAACTGAAGGATATCCTCACTCAACTAGGTCTTTCCAAACAAGGAAAAAAACAGGATCTCACTGACCGTATACTAGCTGTCCTGTCAGATGAAAGAGCAGTTTCAGGAATATGGTCCAAGAAAAATTCTGTCGGGAAGGAAGGTGTTGCTAAATTAGTTGATGACATTTACAGAAAAATGCAGGATTCAGGGGCAACTGACTTGGCATC...

CDS

下载 CDS FASTA

2457 bp · LXL04_033089|LXL04_033089|OH1004|CDS

ATGGATTTGGTAGCGAGTTGCAAGGAAAAAATGGCACATTTTCGAATAAGAGAACTGAAGGATATCCTCACTCAACTAGGTCTTTCCAAACAAGGAAAAAAACAGGATCTCACTGACCGTATACTAGCTGTCCTGTCAGATGAAAGAGCAGTTTCAGGAATATGGTCCAAGAAAAATTCTGTCGGGAAGGAAGGTGTTGCTAAATTAGTTGATGACATTTACAGAAAAATGCAGGATTCAGGGGCAACTGACTTGGCATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

818 aa · LXL04_033089|LXL04_033089|OH1004|PROTEIN

MDLVASCKEKMAHFRIRELKDILTQLGLSKQGKKQDLTDRILAVLSDERAVSGIWSKKNSVGKEGVAKLVDDIYRKMQDSGATDLASKGRGGVLDGTISATKLKEEIEDVHHMEKVRCPCGNSLQADSMIKCEDPRCNVWQHINCVIIPEKPMEGILPAPPPKFYCELCRLGRADPFWLTVAHPLPPVQLIIANPPTDGTNPVQSVEKTFQLTRADRDLLVKPEYDVQAWCMLLNDKVSYRMQWPLYAELQINGVPMRAT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033089`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033089

位置 Chr07:35721103-35725853 (-)

描述 Similar to SIZ1: E3 SUMO-protein ligase SIZ1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g60410`	E3 SUMO 蛋白连接酶参与调节过程。	The Arabidopsis SUMO E3 ligase SIZ1 controls phosphate deficiency responses.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0500778102 SIZ1 small ubiquitin-like modifier E3 ligase facilitates basal thermotolerance in Arabidopsis independent of salicylic acid.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.088831 Salicylic acid-mediated innate immunity in Arabidopsis is regulated by SIZ1 SUMO E3 ligase.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02947.x SIZ1-mediated sumoylation of ICE1 controls CBF3/DREB1A expression and freezing tolerance in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.048397 Genetic analysis of SUMOylation in Arabidopsis: conjugation of SUMO1 and SUMO2 to nuclear proteins is essential.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.102285 The Arabidopsis E3 SUMO ligase SIZ1 regulates plant growth and drought responses.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.049981 The PHD domain of plant PIAS proteins mediates sumoylation of bromodomain GTE proteins.2008 · DOI: 10.1074/jbc.m708176200 Sumoylation of ABI5 by the Arabidopsis SUMO E3 ligase SIZ1 negatively regulates abscisic acid signaling.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0811088106 SUMOylation represses SnRK1 signaling in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1111/tpj.13096

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0125000`	可能的SUMO E3连接酶，可能调节磷饥饿反应。	暂无已核实直接文献
`Os03g0719100`	可能的SUMO E3连接酶，可能调节磷饥饿反应。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033089 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002758 innate immune response-activating signaling pathway 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009787 regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程

GO:0010113 negative regulation of systemic acquired resistance 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0010247 detection of phosphate ion 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G60410

dosa:Os03g0719100

dosa:Os05g0125000

hsa:83637

mmu:52915

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.935

排名 1 · LXL04_033089 · OH-1004

细胞质0.192

排名 2 · LXL04_033089 · OH-1004

细胞膜0.025

排名 3 · LXL04_033089 · OH-1004

线粒体0.023

排名 4 · LXL04_033089 · OH-1004

内质网0.013

排名 5 · LXL04_033089 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02037.34SAP13-42 aa

PF02891.27zf-MIZ363-400 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033089	`PF02037.34`	SAP	13	42	2.4e-06	27.7
LXL04_033089	`PF02891.27`	zf-MIZ	363	400	2.3e-09	37.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q680Q4`	拟南芥	E3 SUMO-protein ligase SIZ1	56.384%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6L4L4`	水稻	E3 SUMO-protein ligase SIZ1	47.263%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6ASW7`	水稻	E3 SUMO-protein ligase SIZ2	50.366%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情