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基因概览

LXL04_032979

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 32644457-32647084 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1668 bp · LXL04_032979|LXL04_032979|OH1004|cDNA

AGAATCAATCCCTCCTTGATTTCTGGCCCCATTTCATCTCTTTCTATCTTTCATAAACACCCAATTTATACAACTAGACAACTTGGTCAGGTCGCTGTTGCATTTTTGTTGTTCGGTAAAAATACTGAATACAGAAAGCAAGAGGGAGAGGAGAGAGAAGGAATGCGGGCACATTCTCTTGCCGGAAATCCGGTGACCTTGACCATAACCGGCGTACTGTTGCAGGCGGCGTTTGTTCTTTCTGGGTTTCCGACGACTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1653 bp · LXL04_032979|LXL04_032979|OH1004|CDS

TTGATTTCTGGCCCCATTTCATCTCTTTCTATCTTTCATAAACACCCAATTTATACAACTAGACAACTTGGTCAGGTCGCTGTTGCATTTTTGTTGTTCGGTAAAAATACTGAATACAGAAAGCAAGAGGGAGAGGAGAGAGAAGGAATGCGGGCACATTCTCTTGCCGGAAATCCGGTGACCTTGACCATAACCGGCGTACTGTTGCAGGCGGCGTTTGTTCTTTCTGGGTTTCCGACGACTCTTACGTTGGAGAGAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

550 aa · LXL04_032979|LXL04_032979|OH1004|PROTEIN

MISGPISSLSIFHKHPIYTTRQLGQVAVAFLLFGKNTEYRKQEGEEREGMRAHSLAGNPVTLTITGVLLQAAFVLSGFPTTLTLERAFPTNHLVELNELRYRDSFRHPRILQQQQSSVASVVNFPVQGTYDPYRVGLYYTKLHLGSPPKQYYVQIDTGSDVLWVSCSSCKGCPRSSGLQIPIQFYDPSSSSTASLISCSDQQCLLGTQSSDSSCSGSNNQCSYTFQYGDGSGTSGYYVSDLIHLDTIVGNSIPANASAEI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032979`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032979

位置 Chr07:32644457-32647084 (-)

描述 Similar to At1g65240: Aspartic proteinase-like protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g36260`	显示天冬氨酸蛋白水解活性。	暂无已核实直接文献
`At1g65240`	显示天冬氨酸蛋白水解活性。	暂无已核实直接文献
`At1g49050`	参与 BAG6 的蛋白水解加工和植物基础免疫。	Aspartyl Protease-Mediated Cleavage of BAG6 Is Necessary for Autophagy and Fungal Resistance in Plants.2016 · DOI: 10.1105/tpc.15.00626
`At2g17760`	天冬氨酰蛋白酶。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0184800`	天冬氨酸蛋白酶Asp1。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032979 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0030163 protein catabolic process 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G49050

ath:AT1G65240

ath:AT2G17760

ath:AT5G36260

dosa:Os11g0184800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.474

排名 1 · LXL04_032979 · OH-1004

细胞外0.151

排名 2 · LXL04_032979 · OH-1004

内质网0.128

排名 3 · LXL04_032979 · OH-1004

溶酶体／液泡0.124

排名 4 · LXL04_032979 · OH-1004

细胞质0.107

排名 5 · LXL04_032979 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14543.12TAXi_N138-324 aa

PF00026.29Asp138-495 aa

PF14541.12TAXi_C341-494 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032979	`PF14543.12`	TAXi_N	138	324	5.1e-42	144.7
LXL04_032979	`PF00026.29`	Asp	138	495	4.9e-33	115.6
LXL04_032979	`PF14541.12`	TAXi_C	341	494	8e-27	94.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q4V3D2`	拟南芥	Aspartic proteinase 36	39.262%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9S9K4`	拟南芥	Aspartic proteinase 39	35.590%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M9A8`	拟南芥	Aspartyl protease APCB1	27.654%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8VYV9`	拟南芥	Aspartyl protease family protein 1	28.989%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0IU52`	水稻	Aspartic proteinase Asp1	26.718%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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