LXL04_032907 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032907

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 31516599-31517648 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1050 bp · LXL04_032907|LXL04_032907|OH1004|cDNA

ATGAAATCACATCAGAATTTCACTGAACTGATCCCAGGTTTACCTGAAGAAATTGCCCTTGAGTGCTTGACTCGTTTGCATTATGGAGCTCACGCCATCGCCTCCCATGTCTGTCAACGCTGGCGTAACCTTCTACAGAGCCGGGAACTCTATTACCACCGGAAAAGAAGTGGGTTCACCCGGAAAGCTGCTTGTTTTGTCCAATCGCTTCCGATTCACTCTGAATCGTGTTCCTCAAATGTTAAACCCGAAAAACAGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1050 bp · LXL04_032907|LXL04_032907|OH1004|CDS

ATGAAATCACATCAGAATTTCACTGAACTGATCCCAGGTTTACCTGAAGAAATTGCCCTTGAGTGCTTGACTCGTTTGCATTATGGAGCTCACGCCATCGCCTCCCATGTCTGTCAACGCTGGCGTAACCTTCTACAGAGCCGGGAACTCTATTACCACCGGAAAAGAAGTGGGTTCACCCGGAAAGCTGCTTGTTTTGTCCAATCGCTTCCGATTCACTCTGAATCGTGTTCCTCAAATGTTAAACCCGAAAAACAGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

349 aa · LXL04_032907|LXL04_032907|OH1004|PROTEIN

MKSHQNFTELIPGLPEEIALECLTRLHYGAHAIASHVCQRWRNLLQSRELYYHRKRSGFTRKAACFVQSLPIHSESCSSNVKPEKQPKYGLSIFHPITGIWDQIDPVPKYPEGLPLFCQVASSEGKLVVMGGWNPVSWEPLRDVFVYEFTTRKWTQRVNMPSTRSFFATGASDGKVYVAGGHDENKNALRSAWVYDIAVDEWTELTPMSEERDECEGVFVGSQFWVVSGYETDSQGRFKNSAEVLDTTTGTWRRVEEAWG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032907`
TK1151 ID	TkA08G212950
OH-1004 ID	LXL04_032907
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032907

位置 Chr07:31516599-31517648 (-)

描述 Similar to At2g44130: F-box/kelch-repeat protein At2g44130

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g44130`	F-盒/凯尔奇重复蛋白 At2g44130。	暂无已核实直接文献
`At1g15670`	F-盒/Kelch重复蛋白At1g15670。	暂无已核实直接文献
`At1g80440`	F-box/kelch重复蛋白At1g80440。	暂无已核实直接文献
`At3g59940`	SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At1g16250`	F-盒/肽重复蛋白 At1g16250。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032907 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0080037 negative regulation of cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

GO:2000762 regulation of phenylpropanoid metabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0019005 SCF ubiquitin ligase complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G15670

ath:AT1G16250

ath:AT1G80440

ath:AT2G44130

ath:AT3G59940

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.619

排名 1 · LXL04_032907 · OH-1004

细胞质0.418

排名 2 · LXL04_032907 · OH-1004

线粒体0.051

排名 3 · LXL04_032907 · OH-1004

细胞膜0.046

排名 4 · LXL04_032907 · OH-1004

内质网0.042

排名 5 · LXL04_032907 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646.39F-box12-51 aa

PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC791-269 aa

PF13415.13Beta-prop_FBX42100-252 aa

PF25210.2Kelch_FKB95107-202 aa

PF01344.32Kelch_1118-161 aa

PF13964.13Beta-prop_Calicin128-255 aa

PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR1129-257 aa

PF01344.32Kelch_1164-209 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032907	`PF00646.39`	F-box	12	51	3.4e-06	27.5
LXL04_032907	`PF24681.2`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	91	269	4e-17	63.0
LXL04_032907	`PF13415.13`	Beta-prop_FBX42	100	252	1.8e-11	44.8
LXL04_032907	`PF25210.2`	Kelch_FKB95	107	202	5.2e-17	63.1
LXL04_032907	`PF01344.32`	Kelch_1	118	161	1.9e-27	95.1
LXL04_032907	`PF13964.13`	Beta-prop_Calicin	128	255	2.9e-11	43.6
LXL04_032907	`PF24981.2`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	129	257	2.8e-09	37.4
LXL04_032907	`PF01344.32`	Kelch_1	164	209	1.9e-27	95.1
LXL04_032907	`PF07646.22`	Kelch_2	169	208	1.7e-11	44.1
LXL04_032907	`PF25210.2`	Kelch_FKB95	186	271	5.2e-17	63.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80582`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At2g44130	41.275%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LMR5`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At1g15670	35.813%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M8L2`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At1g80440	37.778%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M1Y1`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein SKIP20	36.644%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0WW40`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At1g16250	28.205%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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