LXL04_032906 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032906

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 31507795-31511001 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

594 bp · LXL04_032906|LXL04_032906|OH1004|cDNA

ATGAGGGGTAGAAGTTACAGTTACAGCCCTTCACCACCAAGGTACCATAGCAGAAGGAATCGAAGCCCTAGTCCACGGGGTCGTTATGGTGGTCATGCTAGAGATCTTCCTACTAGCCTTTTAGTTCGAAATCTTCGCCTTGATTGCAGACCAGAAGATCTCCGTGTGCCATTTGGAGAGTTTGGCCCTCTGAAGGATGTTTACTTGCCACGAGACTATTATACAGGAGAGCCACGTGGATTTGGTTTTGTTCAGTTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

594 bp · LXL04_032906|LXL04_032906|OH1004|CDS

ATGAGGGGTAGAAGTTACAGTTACAGCCCTTCACCACCAAGGTACCATAGCAGAAGGAATCGAAGCCCTAGTCCACGGGGTCGTTATGGTGGTCATGCTAGAGATCTTCCTACTAGCCTTTTAGTTCGAAATCTTCGCCTTGATTGCAGACCAGAAGATCTCCGTGTGCCATTTGGAGAGTTTGGCCCTCTGAAGGATGTTTACTTGCCACGAGACTATTATACAGGAGAGCCACGTGGATTTGGTTTTGTTCAGTTTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

197 aa · LXL04_032906|LXL04_032906|OH1004|PROTEIN

MRGRSYSYSPSPPRYHSRRNRSPSPRGRYGGHARDLPTSLLVRNLRLDCRPEDLRVPFGEFGPLKDVYLPRDYYTGEPRGFGFVQFLDPQDAAEAKYEMDGQILLGRELTVVFAEENRKKPSDMRARERFRGRSYDRRGSSTRYSRSPPRGRSYHRSPRYRTPPRRHRYSRSISPYDRRRSYSRSPDGSRSRSPDAY

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032906`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032906

位置 Chr07:31507795-31511001 (+)

描述 Similar to SCL30A: Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL30A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g13570`	参与内含子识别和剪接体组装。	Identification of an intronic splicing regulatory element involved in auto-regulation of alternative splicing of SCL33 pre-mRNA.2012 · DOI: 10.1111/tpj.12004
`At1g55310`	参与内含子识别和剪接体组装。	暂无已核实直接文献
`At5g18810`	可能参与内含子识别和剪接体组装。	暂无已核实直接文献
`At3g55460`	可能参与内含子识别和剪接体组装。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032906 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions 生物过程

GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006376 mRNA splice site recognition 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0016482 cytosolic transport 生物过程

GO:0048024 regulation of mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0048025 negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G55310

ath:AT3G13570

ath:AT3G55460

ath:AT5G18810

mmu:14105

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.971

排名 1 · LXL04_032906 · OH-1004

细胞质0.184

排名 2 · LXL04_032906 · OH-1004

细胞膜0.015

排名 3 · LXL04_032906 · OH-1004

内质网0.009

排名 4 · LXL04_032906 · OH-1004

线粒体0.008

排名 5 · LXL04_032906 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076.29RRM_140-109 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032906	`PF00076.29`	RRM_1	40	109	2.5e-18	66.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LHP2`	拟南芥	Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL30A	61.033%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SEU4`	拟南芥	Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33	66.829%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q1PDV2`	拟南芥	Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL28	57.143%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8L3X8`	拟南芥	Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL30	58.947%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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