LXL04_032894 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032894

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 31318576-31320082 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1152 bp · LXL04_032894|LXL04_032894|OH1004|cDNA

ATGAAAACCAACCCCAGCATAACCAGAAGATTGTGGAGTCACCGTCTTACACAGCGTTGTGCGCACGGGAATACGCAAACCAGTGGACGAACGAAAATGGCGACGGAGAATCGGAATCCAGAAATCAGGAAAGACTCAGTCAACAACAGGCTGGTGATTCTATCACCGGCTCGATCTCGCCGGCCGTCGGACTTCAAATCCAAATCCCAAGCCAAATCCGACTCAAGCCCGAGCTCCAACGCCCAACCACAGTGTCCGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1152 bp · LXL04_032894|LXL04_032894|OH1004|CDS

ATGAAAACCAACCCCAGCATAACCAGAAGATTGTGGAGTCACCGTCTTACACAGCGTTGTGCGCACGGGAATACGCAAACCAGTGGACGAACGAAAATGGCGACGGAGAATCGGAATCCAGAAATCAGGAAAGACTCAGTCAACAACAGGCTGGTGATTCTATCACCGGCTCGATCTCGCCGGCCGTCGGACTTCAAATCCAAATCCCAAGCCAAATCCGACTCAAGCCCGAGCTCCAACGCCCAACCACAGTGTCCGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

383 aa · LXL04_032894|LXL04_032894|OH1004|PROTEIN

MKTNPSITRRLWSHRLTQRCAHGNTQTSGRTKMATENRNPEIRKDSVNNRLVILSPARSRRPSDFKSKSQAKSDSSPSSNAQPQCPFCAGNEHQCAPEIFRFPEDSTSDWKVRVIENLYPALSRELQVKSNHEEYCQATGTAVEVSLGGFGFHDVIIESPIHSVHLPDLSPAGVAVVLLAYKKRIEQLCAVDSISYIQVFKNHGATAGASMSHSHSQILALPVIPTTASNRLNTMKEHHNQTGKCSLCNINTHKLLINES...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032894`
TK1151 ID	TkA08G212110
OH-1004 ID	LXL04_032894
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.525 / OH-1004 51.436 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032894

位置 Chr07:31318576-31320082 (-)

描述 Similar to At5g18200: ADP-glucose phosphorylase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g18200`	催化 ADP-葡萄糖和无机磷酸盐转化为葡萄糖-1-磷酸和 ADP。	Structure and mechanism of an ADP-glucose phosphorylase from Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1021/bi052232m

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032894 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0006006 glucose metabolic process 生物过程

GO:0006012 galactose metabolic process 生物过程

GO:0033499 galactose catabolic process via UDP-galactose, Leloir pathway 生物过程

GO:0052574 UDP-galactose biosynthetic process 生物过程

GO:0080040 positive regulation of cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0004335 galactokinase activity 分子功能

GO:0008108 UDP-glucose:hexose-1-phosphate uridylyltransferase activity 分子功能

GO:0008198 ferrous iron binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G18200

ecj:JW0741

eco:b0758

ecoc:C3026_03845

hin:HI_0820

spo:2541407

tma:TM1191

tmi:THEMA_08375

tmm:Tmari_1198

tmw:THMA_1217

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.659

排名 1 · LXL04_032894 · OH-1004

细胞质0.219

排名 2 · LXL04_032894 · OH-1004

细胞核0.176

排名 3 · LXL04_032894 · OH-1004

质体0.037

排名 4 · LXL04_032894 · OH-1004

过氧化物酶体0.035

排名 5 · LXL04_032894 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01087.28GalP_UDP_transf38-225 aa

PF16268.11DUF4921193-370 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032894	`PF01087.28`	GalP_UDP_transf	38	225	4.5e-16	60.5
LXL04_032894	`PF16268.11`	DUF4921	193	370	7.7e-15	55.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FK51`	拟南芥	ADP-glucose phosphorylase	59.375%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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