LXL04_032885 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032885

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 31138108-31148773 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6540 bp · LXL04_032885|LXL04_032885|OH1004|cDNA

ATGGCTCCAAACATTAATCACTTCAAGTTCTTACAAACCATCTCCCTTCTATATGTATCGGTGACAGTGATATACACAGGATCATCACTAAGACATGATGAAGAATGCTCAGCCTTGTTTCAGTTTAAGCAAACGATCATTCATCAAGGTGATGCAACTTGTGCTGCTCATGGGTCTCAAGTGCTTTACTCTTGGAACACTAGTTTTGATTATTGTTCTTGGGAGGGGGTGATATGCAGCAACCACCGCGATCAGTACAG...

CDS

下载 CDS FASTA

6540 bp · LXL04_032885|LXL04_032885|OH1004|CDS

ATGGCTCCAAACATTAATCACTTCAAGTTCTTACAAACCATCTCCCTTCTATATGTATCGGTGACAGTGATATACACAGGATCATCACTAAGACATGATGAAGAATGCTCAGCCTTGTTTCAGTTTAAGCAAACGATCATTCATCAAGGTGATGCAACTTGTGCTGCTCATGGGTCTCAAGTGCTTTACTCTTGGAACACTAGTTTTGATTATTGTTCTTGGGAGGGGGTGATATGCAGCAACCACCGCGATCAGTACAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2179 aa · LXL04_032885|LXL04_032885|OH1004|PROTEIN

MAPNINHFKFLQTISLLYVSVTVIYTGSSLRHDEECSALFQFKQTIIHQGDATCAAHGSQVLYSWNTSFDYCSWEGVICSNHRDQYSHLIGLDLSERSLCGHINNNSTLFSLVHLQRLNLSGNEFGESQIPSEIARLKQLRSLDLSNSGFGGQIPNEISQLVQLSTLDLSRNALKLHSPSLKDLVQNLTGLEELHLSGVDISSYVPHFLANFSSLRSIKLTGCSLVDEFPATIVEHPKLEVLNLAKNFDLDGFLPEFRNN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032885`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032885

位置 Chr07:31138108-31148773 (+)

描述 Similar to RLP7: Receptor-like protein 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g47890`	受体样蛋白 7。	暂无已核实直接文献
`At1g45616`	受体样蛋白 6。	暂无已核实直接文献
`At3g11010`	类受体蛋白 34。	暂无已核实直接文献
`At2g15080`	受体样蛋白 19。	暂无已核实直接文献
`At3g11080`	类受体蛋白 35。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032885 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0051707 response to other organism 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G45616

ath:AT1G47890

ath:AT3G11010

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.853

排名 1 · LXL04_032885 · OH-1004

内质网0.099

排名 2 · LXL04_032885 · OH-1004

细胞质0.063

排名 3 · LXL04_032885 · OH-1004

细胞核0.049

排名 4 · LXL04_032885 · OH-1004

溶酶体／液泡0.026

排名 5 · LXL04_032885 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_233-80 aa

PF23598.2LRR_1485-221 aa

PF29594.1LRR_SKP2110-202 aa

PF24758.2LRR_At5g56370112-247 aa

PF23598.2LRR_14215-464 aa

PF13855.13LRR_8263-321 aa

PF13855.13LRR_8406-466 aa

PF13855.13LRR_8647-682 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032885	`PF08263.18`	LRRNT_2	33	80	6.3e-15	55.9
LXL04_032885	`PF23598.2`	LRR_14	85	221	2.4e-61	208.1
LXL04_032885	`PF29594.1`	LRR_SKP2	110	202	1.7e-14	54.5
LXL04_032885	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	112	247	8.2e-14	52.5
LXL04_032885	`PF23598.2`	LRR_14	215	464	2.4e-61	208.1
LXL04_032885	`PF13855.13`	LRR_8	263	321	1.4e-79	262.5
LXL04_032885	`PF13855.13`	LRR_8	406	466	1.4e-79	262.5
LXL04_032885	`PF13855.13`	LRR_8	647	682	1.4e-79	262.5
LXL04_032885	`PF08263.18`	LRRNT_2	1003	1051	6.3e-15	55.9
LXL04_032885	`PF23598.2`	LRR_14	1063	1223	2.4e-61	208.1
LXL04_032885	`PF29594.1`	LRR_SKP2	1081	1175	1.7e-14	54.5
LXL04_032885	`PF25019.1`	LRR_R13L1-DRL21	1130	1215	5.2e-16	59.4
LXL04_032885	`PF13855.13`	LRR_8	1246	1292	1.4e-79	262.5
LXL04_032885	`PF23598.2`	LRR_14	1250	1458	2.4e-61	208.1
LXL04_032885	`PF13855.13`	LRR_8	1596	1654	1.4e-79	262.5
LXL04_032885	`PF13855.13`	LRR_8	1621	1679	1.4e-79	262.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C699`	拟南芥	Receptor-like protein 7	38.753%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C637`	拟南芥	Receptor-like protein 6	38.048%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SRL2`	拟南芥	Receptor-like protein 34	34.916%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZUK3`	拟南芥	Receptor-like protein 19	33.988%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SRL7`	拟南芥	Receptor-like protein 35	34.416%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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