LXL04_032877 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032877

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 30929272-30934069 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2634 bp · LXL04_032877|LXL04_032877|OH1004|cDNA

ATGGCTTCGACGCAAGGTAGATTACAACCGAGGAAATCGACTTCGAAATATGCGAATTCGCCCTCGTCTTCAACTACTTCATCTTCGAAACATTTTCCTGAAGCTTCTGTGGATAATCTGAGCTCTCCGGCTTCGTCTGCTAGAAGCAAGCCGCATTATTTTTACTCCGAGAGTTTGCCATTGGGTTCCGAGAGATCGAAGGAGAATGTCACTGTTACTGTACGGTTCCGGCCTCTCAGTCCGAGGGAAATTCGACGAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2634 bp · LXL04_032877|LXL04_032877|OH1004|CDS

ATGGCTTCGACGCAAGGTAGATTACAACCGAGGAAATCGACTTCGAAATATGCGAATTCGCCCTCGTCTTCAACTACTTCATCTTCGAAACATTTTCCTGAAGCTTCTGTGGATAATCTGAGCTCTCCGGCTTCGTCTGCTAGAAGCAAGCCGCATTATTTTTACTCCGAGAGTTTGCCATTGGGTTCCGAGAGATCGAAGGAGAATGTCACTGTTACTGTACGGTTCCGGCCTCTCAGTCCGAGGGAAATTCGACGAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

877 aa · LXL04_032877|LXL04_032877|OH1004|PROTEIN

MASTQGRLQPRKSTSKYANSPSSSTTSSSKHFPEASVDNLSSPASSARSKPHYFYSESLPLGSERSKENVTVTVRFRPLSPREIRRGEEIAWYADGETILRNEETPSIAYAYDRVFGPTTTTRQVYDIAAQHVVSGAMEGVNGTIFAYGVTSSGKTHTMHGDQRSPGIIPLAIKDAFSIIQETPDHEFLLRVSYLEIYNEVVNDLLNPAGQNLRIREDSQGAFVEGIKEEVVLSPAHALSLIAAGEEHRHVGSTNFNLLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032877`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032877

位置 Chr07:30929272-30934069 (+)

描述 Similar to KIN7K: Kinesin-like protein KIN-7K, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g12020`	类驱动蛋白KIN-7K，叶绿体型。	暂无已核实直接文献
`At5g06670`	类动力蛋白KIN-7L，叶绿体型。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0775400`	可能的向负端驱动电机蛋白，具有微管增强的 ATP 酶活性。	暂无已核实直接文献
`Os06g0206700`	类驱动蛋白 KIN-7G。	暂无已核实直接文献
`Os04g0434600`	类驱动蛋白 KIN-7E，叶绿体定位。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032877 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007018 microtubule-based movement 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005871 kinesin complex 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能

GO:0003777 microtubule motor activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0008017 microtubule binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

GO:0043531 ADP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G12020

ath:AT5G06670

osa:9271714

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.642

排名 1 · LXL04_032877 · OH-1004

细胞核0.275

排名 2 · LXL04_032877 · OH-1004

细胞膜0.153

排名 3 · LXL04_032877 · OH-1004

高尔基体0.059

排名 4 · LXL04_032877 · OH-1004

溶酶体／液泡0.049

排名 5 · LXL04_032877 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16796.12Microtub_bd69-206 aa

PF00225.30Kinesin75-388 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032877	`PF16796.12`	Microtub_bd	69	206	1.1e-19	71.6
LXL04_032877	`PF00225.30`	Kinesin	75	388	3e-106	355.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4J8L3`	拟南芥	Kinesin-like protein KIN-7K, chloroplastic	59.627%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4K3X8`	拟南芥	Kinesin-like protein KIN-7L, chloroplastic	55.496%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6YZ52`	水稻	Kinesin-like protein KIN-7D, chloroplastic	53.198%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B9FS33`	水稻	Kinesin-like protein KIN-7G	50.849%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B9FFA3`	水稻	Kinesin-like protein KIN-7E, chloroplastic	65.905%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情