LXL04_032834 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032834

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 30141926-30143330 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

867 bp · LXL04_032834|LXL04_032834|OH1004|cDNA

ATGTCGAGCAAGGGCTGTTCATCATCATCGCCACCGATTGTGATACGATCTGTGTGGGCTTATAACCTAGAACCGGAGTTTCGCTTAATTCAATCCATCATCGACGATTTCCCCTACGTTTCAATGGACACGGAGTTTCCAGGTGTCGTTGTTCGCCCAAACGCCGACTACAACTACTTCCGTCAACAGACCCCTTCCGAGCACTACCTGCTTCTCAAATCTAATGTTGATGTCTTGAAACTTATCCAGGTCGGTCTCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

867 bp · LXL04_032834|LXL04_032834|OH1004|CDS

ATGTCGAGCAAGGGCTGTTCATCATCATCGCCACCGATTGTGATACGATCTGTGTGGGCTTATAACCTAGAACCGGAGTTTCGCTTAATTCAATCCATCATCGACGATTTCCCCTACGTTTCAATGGACACGGAGTTTCCAGGTGTCGTTGTTCGCCCAAACGCCGACTACAACTACTTCCGTCAACAGACCCCTTCCGAGCACTACCTGCTTCTCAAATCTAATGTTGATGTCTTGAAACTTATCCAGGTCGGTCTCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

288 aa · LXL04_032834|LXL04_032834|OH1004|PROTEIN

MSSKGCSSSSPPIVIRSVWAYNLEPEFRLIQSIIDDFPYVSMDTEFPGVVVRPNADYNYFRQQTPSEHYLLLKSNVDVLKLIQVGLTLTDANGNLPDLGETNSGTRYIWEFNFKDFDPSHDQYASDSIELLKRQGVDFQKNHEIGIDSVKFSQLMMSSGLVCNELVSWVTFHSAYDFGYLIKILIGRGLPDEMNEFMELLKTFFGDKVYDVKHLMRYCEGLYGGLDRVAKTLEVERAVGKSHQAGSDSLLTWHTFQKIKD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032834`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032834

位置 Chr07:30141926-30143330 (-)

描述 Similar to CAF1-11: Probable CCR4-associated factor 1 homolog 11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g22250`	泛在存在的转录因子，对多种过程是必需的。	暂无已核实直接文献
`At3g44260`	泛在存在的转录因子，对多种过程是必需的。	暂无已核实直接文献
`At2g32070`	泛在存在的转录因子，对多种过程是必需的。	暂无已核实直接文献
`At5g10960`	泛在存在的转录因子，对多种过程是必需的。	暂无已核实直接文献
`At1g80780`	泛在存在的转录因子，对多种过程是必需的。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032834 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000288 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay 生物过程

GO:0000289 nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程

GO:0002213 defense response to insect 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0000932 P-body 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0030015 CCR4-NOT core complex 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0004535 poly(A)-specific ribonuclease activity 分子功能

GO:0008408 3'-5' exonuclease activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G80780

ath:AT2G32070

ath:AT3G44260

ath:AT5G10960

ath:AT5G22250

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.603

排名 1 · LXL04_032834 · OH-1004

细胞核0.515

排名 2 · LXL04_032834 · OH-1004

细胞膜0.061

排名 3 · LXL04_032834 · OH-1004

内质网0.046

排名 4 · LXL04_032834 · OH-1004

溶酶体／液泡0.034

排名 5 · LXL04_032834 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04857.27CAF118-146 aa

PF04857.27CAF1171-251 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032834	`PF04857.27`	CAF1	18	146	8.6e-21	75.2
LXL04_032834	`PF04857.27`	CAF1	171	251	8.6e-21	75.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FMS6`	拟南芥	Probable CCR4-associated factor 1 homolog 11	64.479%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LXM2`	拟南芥	Probable CCR4-associated factor 1 homolog 9	62.800%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SKZ2`	拟南芥	Probable CCR4-associated factor 1 homolog 7	54.217%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LEU4`	拟南芥	Probable CCR4-associated factor 1 homolog 10	55.242%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SAI2`	拟南芥	Probable CCR4-associated factor 1 homolog 6	53.937%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情