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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_032820
当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 29814560-29815798 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1239 bp · LXL04_032820|LXL04_032820|OH1004|cDNA

ATGGGCGATCTCGAAAGCGATGTCGAAGTTCCTCGGTTTTTCTTGTGCCCAATTTCACTTGAGATCATGAAAGACCCTGTAATCCTCTCCACCGGAATCACATATGATCGTGATAGCATCGAGAAATGGTTGTTTTCTCAGAAGAATGACGTTTGTCCGGTAACCAAACAAGTCGTCGTCGATATTGATCTCACCCCTAATCACACTCTTCGCCGTTTAATCCAATCTTGGTGCACCATTAACGCGTCATCCGGCATCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1239 bp · LXL04_032820|LXL04_032820|OH1004|CDS

ATGGGCGATCTCGAAAGCGATGTCGAAGTTCCTCGGTTTTTCTTGTGCCCAATTTCACTTGAGATCATGAAAGACCCTGTAATCCTCTCCACCGGAATCACATATGATCGTGATAGCATCGAGAAATGGTTGTTTTCTCAGAAGAATGACGTTTGTCCGGTAACCAAACAAGTCGTCGTCGATATTGATCTCACCCCTAATCACACTCTTCGCCGTTTAATCCAATCTTGGTGCACCATTAACGCGTCATCCGGCATCGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

412 aa · LXL04_032820|LXL04_032820|OH1004|PROTEIN

MGDLESDVEVPRFFLCPISLEIMKDPVILSTGITYDRDSIEKWLFSQKNDVCPVTKQVVVDIDLTPNHTLRRLIQSWCTINASSGIERFPTPRLPISKPEIVRLLKDTKSPQLQLKSLKRLKTIVMENEKNKRLVESVSAADYLAGILSTGAGEISGVDGFVSTGVDEAICILYHLKLSGNGLKSLFGITENFVETLTRVMQRSASYESRAYAVMLLKSMFEVAEPIQVTSLSTEFFKELVHILVDQISQKATKAALKLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_032820
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_032820
位置Chr07:29814560-29815798 (+)
描述Similar to PUB23: E3 ubiquitin-protein ligase PUB23
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g35930 E3 泛素蛋白连接酶可负向调节水分胁迫反应。
Arabidopsis PUB22 and PUB23 are homologous U-Box E3 ubiquitin ligases that play combinatory roles in response to drought stress.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.060699
Negative regulation of PAMP-triggered immunity by an E3 ubiquitin ligase triplet in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1016/j.cub.2008.07.085
At3g52450 E3 泛素蛋白连接酶可负向调节水分胁迫反应。
Arabidopsis PUB22 and PUB23 are homologous U-Box E3 ubiquitin ligases that play combinatory roles in response to drought stress.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.060699
Negative regulation of PAMP-triggered immunity by an E3 ubiquitin ligase triplet in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1016/j.cub.2008.07.085
The ubiquitin ligase PUB22 targets a subunit of the exocyst complex required for PAMP-triggered responses in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.104463
At3g11840 E3 泛素蛋白连接酶，与 PUB22 和 PUB23 相关，充当由病原体相关分子模式 触发的免疫的负调节剂。
Negative regulation of PAMP-triggered immunity by an E3 ubiquitin ligase triplet in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1016/j.cub.2008.07.085
At3g19380 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At1g49780 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032820 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002679 respiratory burst involved in defense response 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:0098542 defense response to other organism 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G49780
ath:AT2G35930
ath:AT3G11840
ath:AT3G19380
ath:AT3G52450
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.624
排名 1 · LXL04_032820 · OH-1004
细胞质0.383
排名 2 · LXL04_032820 · OH-1004
细胞膜0.081
排名 3 · LXL04_032820 · OH-1004
内质网0.041
排名 4 · LXL04_032820 · OH-1004
溶酶体／液泡0.024
排名 5 · LXL04_032820 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04564.22U-box10-79 aa
PF25598.2ARM_PUB100-410 aa
PF24768.2ARM_ARMC5210-366 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_032820PF04564.22U-box10797.7e-2174.7
LXL04_032820PF25598.2ARM_PUB1004109.4e-80269.0
LXL04_032820PF24768.2ARM_ARMC52103662.3e-0834.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q84TG3拟南芥E3 ubiquitin-protein ligase PUB2356.731%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SVC6拟南芥E3 ubiquitin-protein ligase PUB2254.587%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SF15拟南芥E3 ubiquitin-protein ligase PUB2435.857%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LT79拟南芥U-box domain-containing protein 2532.992%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9FXA4拟南芥U-box domain-containing protein 2630.751%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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