LXL04_032819 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032819

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 29783133-29784860 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1665 bp · LXL04_032819|LXL04_032819|OH1004|cDNA

ATGCAGATTCTGTGCTTAATTGCTAAAACACACTTTTCACACTCTTTGAGCTTCTCACTCCTCTTTGAAAAGTCTAACATTTTACGTGTATTgactttctttccaaaaatttttggaaccggcggagtTAAGTTAGTGCTGGGAGGGTCAGTTAAGACCGCGATGGTGCCCCCAGCCGTCACCACCACTTTGGTCACTCCGAAGAGCAACCCACCGATCCTTAGgaacccccggacaactggggtaaacCCGGATGCATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1665 bp · LXL04_032819|LXL04_032819|OH1004|CDS

ATGCAGATTCTGTGCTTAATTGCTAAAACACACTTTTCACACTCTTTGAGCTTCTCACTCCTCTTTGAAAAGTCTAACATTTTACGTGTATTGACTTTCTTTCCAAAAATTTTTGGAACCGGCGGAGTTAAGTTAGTGCTGGGAGGGTCAGTTAAGACCGCGATGGTGCCCCCAGCCGTCACCACCACTTTGGTCACTCCGAAGAGCAACCCACCGATCCTTAGGAACCCCCGGACAACTGGGGTAAACCCGGATGCATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

554 aa · LXL04_032819|LXL04_032819|OH1004|PROTEIN

MQILCLIAKTHFSHSLSFSLLFEKSNILRVLTFFPKIFGTGGVKLVLGGSVKTAMVPPAVTTTLVTPKSNPPILRNPRTTGVNPDASPQDSNLRPPLGKPRTIAKRPGDHLRLSFQNYTSPKKPLFSDHQVLDSLMADLEPDVQVPPFFICPISLEMMKDPVTLSTGITYDRDSIEKWLFSQKNGVCPVTKQVVDVDIELTPNHTLRRLIQSWCTLNPSSGIERLPTPRLPISKIEIVKLLKDLKSPHLQMNCLKRLKTI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032819`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032819

位置 Chr07:29783133-29784860 (-)

描述 Similar to PUB23: E3 ubiquitin-protein ligase PUB23

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g35930`	E3 泛素蛋白连接酶可负向调节水分胁迫反应。	Arabidopsis PUB22 and PUB23 are homologous U-Box E3 ubiquitin ligases that play combinatory roles in response to drought stress.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.060699 Negative regulation of PAMP-triggered immunity by an E3 ubiquitin ligase triplet in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1016/j.cub.2008.07.085
`At3g52450`	E3 泛素蛋白连接酶可负向调节水分胁迫反应。	Arabidopsis PUB22 and PUB23 are homologous U-Box E3 ubiquitin ligases that play combinatory roles in response to drought stress.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.060699 Negative regulation of PAMP-triggered immunity by an E3 ubiquitin ligase triplet in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1016/j.cub.2008.07.085 The ubiquitin ligase PUB22 targets a subunit of the exocyst complex required for PAMP-triggered responses in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.104463
`At3g11840`	E3 泛素蛋白连接酶，与 PUB22 和 PUB23 相关，充当由病原体相关分子模式触发的免疫的负调节剂。	Negative regulation of PAMP-triggered immunity by an E3 ubiquitin ligase triplet in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1016/j.cub.2008.07.085
`At3g19380`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At1g49780`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032819 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002679 respiratory burst involved in defense response 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G49780

ath:AT2G35930

ath:AT3G11840

ath:AT3G19380

ath:AT3G52450

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.566

排名 1 · LXL04_032819 · OH-1004

细胞质0.397

排名 2 · LXL04_032819 · OH-1004

细胞膜0.096

排名 3 · LXL04_032819 · OH-1004

内质网0.051

排名 4 · LXL04_032819 · OH-1004

高尔基体0.027

排名 5 · LXL04_032819 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04564.22U-box145-215 aa

PF25598.2ARM_PUB236-552 aa

PF24768.2ARM_ARMC5359-508 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032819	`PF04564.22`	U-box	145	215	1.6e-18	67.3
LXL04_032819	`PF25598.2`	ARM_PUB	236	552	2.1e-74	251.4
LXL04_032819	`PF24768.2`	ARM_ARMC5	359	508	5.4e-07	30.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84TG3`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase PUB23	54.394%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SVC6`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase PUB22	53.196%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SF15`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase PUB24	36.184%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LT79`	拟南芥	U-box domain-containing protein 25	33.413%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FXA4`	拟南芥	U-box domain-containing protein 26	32.057%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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