LXL04_032762 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032762

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 29050777-29052588 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1224 bp · LXL04_032762|LXL04_032762|OH1004|cDNA

ATGGTTGATTGCCGTAGCTTGTTTGTCAgaccaccgccaccgccacctcAACGACCACCGCCATTTCAGACCCAGCTCACCGGTGGAGGTGGTTATTCACTACATACAAATCCGAGACTTCCACCGGCATTTCTCGATGCATGTAACTATTGTAAGAAAAGGATTGGACCAGGGGAAGATTGGTACATGAATGGTTTCAATCCGAAAAAGTGCAGAGGATTGGAAGCGTACTTTTCTTCTGCATGTCGTGAAAAATTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1224 bp · LXL04_032762|LXL04_032762|OH1004|CDS

ATGGTTGATTGCCGTAGCTTGTTTGTCAGACCACCGCCACCGCCACCTCAACGACCACCGCCATTTCAGACCCAGCTCACCGGTGGAGGTGGTTATTCACTACATACAAATCCGAGACTTCCACCGGCATTTCTCGATGCATGTAACTATTGTAAGAAAAGGATTGGACCAGGGGAAGATTGGTACATGAATGGTTTCAATCCGAAAAAGTGCAGAGGATTGGAAGCGTACTTTTCTTCTGCATGTCGTGAAAAATTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

407 aa · LXL04_032762|LXL04_032762|OH1004|PROTEIN

MVDCRSLFVRPPPPPPQRPPPFQTQLTGGGGYSLHTNPRLPPAFLDACNYCKKRIGPGEDWYMNGFNPKKCRGLEAYFSSACREKFNNMMIAGKRSLETEQSMDHHQWHTKKSLKEILIMIEMIMTLEEGKIDNLLHPPLSPRFNTSSFILDHLPDRCGVLGTTTTGYEPFVVHVAMTLDFEYLRGSIAAVHSILKHSSCPENIYFHFIASESKSPKPDELSRIIKTVFPSLDFKVYSFDDQFVKNLISYSIREALEDPL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032762`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032762

位置 Chr07:29050777-29052588 (-)

描述 Similar to GATL10: Probable galacturonosyltransferase-like 10

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g28340`	可能参与细胞壁中果胶和/或木聚糖的生物合成。	暂无已核实直接文献
`At1g70090`	可能参与细胞壁中果胶和/或木聚糖的生物合成。	暂无已核实直接文献
`At1g24170`	可能参与细胞壁中果胶和/或木聚糖的生物合成。	暂无已核实直接文献
`At3g62660`	可能参与细胞壁中果胶和/或木聚糖的生物合成。	暂无已核实直接文献
`At4g02130`	可能参与细胞壁中果胶和/或木聚糖的生物合成。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032762 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0045489 pectin biosynthetic process 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0047262 polygalacturonate 4-alpha-galacturonosyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G24170

ath:AT1G70090

ath:AT3G28340

ath:AT3G62660

ath:AT4G02130

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.239

排名 1 · LXL04_032762 · OH-1004

细胞膜0.217

排名 2 · LXL04_032762 · OH-1004

细胞核0.207

排名 3 · LXL04_032762 · OH-1004

高尔基体0.190

排名 4 · LXL04_032762 · OH-1004

细胞质0.143

排名 5 · LXL04_032762 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04570.21zf-FLZ41-85 aa

PF01501.27Glyco_transf_8174-397 aa

PF18404.8Glyco_transf_24262-358 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032762	`PF04570.21`	zf-FLZ	41	85	1.1e-06	28.7
LXL04_032762	`PF01501.27`	Glyco_transf_8	174	397	7.4e-40	137.8
LXL04_032762	`PF18404.8`	Glyco_transf_24	262	358	3.8e-06	27.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LHD2`	拟南芥	Probable galacturonosyltransferase-like 10	64.876%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O04536`	拟南芥	Probable galacturonosyltransferase-like 9	67.556%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O48684`	拟南芥	Probable galacturonosyltransferase-like 8	65.351%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8VYF4`	拟南芥	Probable galacturonosyltransferase-like 7	66.079%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O04253`	拟南芥	Probable galacturonosyltransferase-like 6	58.203%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情