LXL04_032748 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032748

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 28967805-28970875 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2439 bp · LXL04_032748|LXL04_032748|OH1004|cDNA

ATGAGTATTCTTAATCAAGAAAAAAAGAATACCAAAAAGGCAAACCACCTTCAAACCACAATTAACACATCCCTTCTATATATACGCACACATTTTGCAATCTTCCTTCCCACAAACGATCACACACATAGAAACATGGTATTTAACATAACCTCGGTTAAGACATCATCATATGGAGTGTGGCAAGGCAATAACCCTCTTCACTATGCATTTCCATTGTTGATACTTCAAACTACAATGGTTATCTTTATCAGTAGATT...

CDS

下载 CDS FASTA

2439 bp · LXL04_032748|LXL04_032748|OH1004|CDS

ATGAGTATTCTTAATCAAGAAAAAAAGAATACCAAAAAGGCAAACCACCTTCAAACCACAATTAACACATCCCTTCTATATATACGCACACATTTTGCAATCTTCCTTCCCACAAACGATCACACACATAGAAACATGGTATTTAACATAACCTCGGTTAAGACATCATCATATGGAGTGTGGCAAGGCAATAACCCTCTTCACTATGCATTTCCATTGTTGATACTTCAAACTACAATGGTTATCTTTATCAGTAGATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

812 aa · LXL04_032748|LXL04_032748|OH1004|PROTEIN

MSILNQEKKNTKKANHLQTTINTSLLYIRTHFAIFLPTNDHTHRNMVFNITSVKTSSYGVWQGNNPLHYAFPLLILQTTMVIFISRLLAFFLKPLRQPKVIAEILGGILLGPSGLGRNKEFMLWVFPSWSTPILETVASIGLLFFLFLVGLELDLISIRRSGKKALAIASAGILLPFVFGVGITVLLLKAVSGADKVGYIQCFLFMGVSLSITAFPVLARILAELKLLTTSVGETAMAAAAFNDIAAWVLLALAVALAGG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032748`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032748

位置 Chr07:28967805-28970875 (-)

描述 Similar to CHX20: Cation/H(+) antiporter 20

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g53720`	可能作为 K⁺/H⁺ 反向转运蛋白，维持保卫细胞的 K⁺ 稳态并调节 pH。	Participation of endomembrane cation/H+ exchanger AtCHX20 in osmoregulation of guard cells.2007 · DOI: 10.1104/pp.106.092155
`At4g23700`	作为K(+)/H⁺反向转运蛋白，控制K(+)的获取和稳态。	Characterization of AtCHX17, a member of the cation/H+ exchangers, CHX family, from Arabidopsis thaliana suggests a role in K+ homeostasis.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02177.x Arabidopsis thaliana CHX17 gene complements the kha1 deletion phenotypes in Saccharomyces cerevisiae.2006 · DOI: 10.1002/yea.1424
`At5g41610`	可能作为阳离子／H⁺反向转运蛋白发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At3g17630`	可能作为阳离子／H⁺反向转运蛋白发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At1g64170`	可能作为阳离子／H⁺反向转运蛋白发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032748 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程

GO:0006813 potassium ion transport 生物过程

GO:0006885 regulation of pH 生物过程

GO:0030007 intracellular potassium ion homeostasis 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:1902600 proton transmembrane transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005770 late endosome 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0012505 endomembrane system 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G64170

ath:AT3G17630

ath:AT3G53720

ath:AT4G23700

ath:AT5G41610

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.709

排名 1 · LXL04_032748 · OH-1004

内质网0.134

排名 2 · LXL04_032748 · OH-1004

溶酶体／液泡0.095

排名 3 · LXL04_032748 · OH-1004

细胞质0.067

排名 4 · LXL04_032748 · OH-1004

高尔基体0.049

排名 5 · LXL04_032748 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00999.27Na_H_Exchanger82-467 aa

PF23256.2CHX17_2nd535-643 aa

PF23259.2CHX17_C652-793 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032748	`PF00999.27`	Na_H_Exchanger	82	467	7.3e-61	206.8
LXL04_032748	`PF23256.2`	CHX17_2nd	535	643	4.8e-23	82.4
LXL04_032748	`PF23259.2`	CHX17_C	652	793	3.9e-23	82.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M353`	拟南芥	Cation/H(+) antiporter 20	56.851%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SUQ7`	拟南芥	Cation/H(+) antiporter 17	45.761%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FFR9`	拟南芥	Cation/H(+) antiporter 18	47.044%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LUN4`	拟南芥	Cation/H(+) antiporter 19	48.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q1HDT3`	拟南芥	Cation/H(+) antiporter 16	45.223%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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