LXL04_032681 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032681

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 27760349-27764219 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1647 bp · LXL04_032681|LXL04_032681|OH1004|cDNA

ATGATCAGTGCGTCCAACCCTAATTCAATGATGTCTTCGTCGTCAACAACAGGCAATAACAACGCTGCCGGCAGCGGCCAACAAGCGCCGGGTTTGAAGACGTATTTCAAAACTCCGGAAGGAAGGTATAAGCTTAAGTACGAGAAAAGTCATCCCGCCGGTCTCCTTCACTACGCCCATGGCAAATCTGTTACCCAGGTGACTCTGGCTCATCTTAAGGATAAACCTGCACATGCTctatcatcttcatcttcaagtat...

CDS

下载 CDS FASTA

1647 bp · LXL04_032681|LXL04_032681|OH1004|CDS

ATGATCAGTGCGTCCAACCCTAATTCAATGATGTCTTCGTCGTCAACAACAGGCAATAACAACGCTGCCGGCAGCGGCCAACAAGCGCCGGGTTTGAAGACGTATTTCAAAACTCCGGAAGGAAGGTATAAGCTTAAGTACGAGAAAAGTCATCCCGCCGGTCTCCTTCACTACGCCCATGGCAAATCTGTTACCCAGGTGACTCTGGCTCATCTTAAGGATAAACCTGCACATGCTCTATCATCTTCATCTTCAAGTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

548 aa · LXL04_032681|LXL04_032681|OH1004|PROTEIN

MISASNPNSMMSSSSTTGNNNAAGSGQQAPGLKTYFKTPEGRYKLKYEKSHPAGLLHYAHGKSVTQVTLAHLKDKPAHALSSSSSSIGISSGVKSAAAKLLGGGNGSRALSFVGGNGGSKSSSGTTKVGSLSSSYTNSYTPNSNFDGKGTYLIFNVGDAIFISDLNSQDKDPIKSINFSTSNPISHAFDPDAKDGHDLLIGLNCGDVSLRQQLQDGGKKLVGGQHYNKDGCVNNSRCTSIAWVPNGDGTFVVAHADGNMY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032681`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_032681`
位置	Chr07:27760349-27764219 (-)
描述	Similar to creC: Catabolite repression protein creC (Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_032681` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0045013 carbon catabolite repression of transcription 生物过程 GO:0090263 positive regulation of canonical Wnt signaling pathway 生物过程 GO:2000059 negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0032153 cell division site 细胞组分 GO:0051286 cell tip 细胞组分 GO:0035800 deubiquitinase activator activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	act:ACLA_082740 ang:An11g02750 hsa:91833 nfi:NFIA_053550 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.540

排名 1 · LXL04_032681 · OH-1004

细胞核0.358

排名 2 · LXL04_032681 · OH-1004

溶酶体／液泡0.146

排名 3 · LXL04_032681 · OH-1004

细胞膜0.121

排名 4 · LXL04_032681 · OH-1004

高尔基体0.088

排名 5 · LXL04_032681 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st234-391 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st289-428 aa

PF24796.2WDR55290-391 aa

PF24814.2WD40_Prp19294-391 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_2295-391 aa

PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd295-377 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd296-389 aa

PF00400.39WD40298-326 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032681	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	234	391	5e-23	82.5
LXL04_032681	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	289	428	2.1e-12	47.8
LXL04_032681	`PF24796.2`	WDR55	290	391	2.1e-08	34.3
LXL04_032681	`PF24814.2`	WD40_Prp19	294	391	7.7e-11	42.3
LXL04_032681	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	295	391	2.5e-10	40.9
LXL04_032681	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	295	377	5.9e-06	26.5
LXL04_032681	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	296	389	1.4e-10	41.5
LXL04_032681	`PF00400.39`	WD40	298	326	2.6e-10	41.1
LXL04_032681	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	299	391	5e-23	82.5
LXL04_032681	`PF24780.2`	WD40_MABP1-WDR62_1st	299	391	6.2e-06	26.4
LXL04_032681	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	300	391	1.1e-14	55.2
LXL04_032681	`PF00400.39`	WD40	343	368	2.6e-10	41.1
LXL04_032681	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	345	425	2.3e-13	50.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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