LXL04_032620 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032620

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 26330745-26332271 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

627 bp · LXL04_032620|LXL04_032620|OH1004|cDNA

ATGGGGTCATCGTCGGGTCAGTACGATCTCTCATTTAAGATCTTATTGATCGGAGATTCTGGTGTCGGCAAAAGCAGTCTTCTCGTCAGTTTCATCTCCGACTCCGTCGAAGATCTCGCACCTACCATTGGTGTTGACTTCAAAATCAAACAGTTTACAGTAGGAGGAAAAAGATTAAAACTTACAATTTGGGACACTGCTGGACAAGAAAGATTCAGGACACTAACAAGTTCCTACTACAGAGGAGCCCAAGGGATTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

627 bp · LXL04_032620|LXL04_032620|OH1004|CDS

ATGGGGTCATCGTCGGGTCAGTACGATCTCTCATTTAAGATCTTATTGATCGGAGATTCTGGTGTCGGCAAAAGCAGTCTTCTCGTCAGTTTCATCTCCGACTCCGTCGAAGATCTCGCACCTACCATTGGTGTTGACTTCAAAATCAAACAGTTTACAGTAGGAGGAAAAAGATTAAAACTTACAATTTGGGACACTGCTGGACAAGAAAGATTCAGGACACTAACAAGTTCCTACTACAGAGGAGCCCAAGGGATTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

208 aa · LXL04_032620|LXL04_032620|OH1004|PROTEIN

MGSSSGQYDLSFKILLIGDSGVGKSSLLVSFISDSVEDLAPTIGVDFKIKQFTVGGKRLKLTIWDTAGQERFRTLTSSYYRGAQGIILVYDVTRRETFTNLLEIWAKEIDLYSTNQDCVKMLVGNKVDKDTERFVSREEGIDLAKELKCLFLECSARTRENVHQCFEELALKIMEVPSLLEEGSTVVKRNILKQKPEKQVGPTQGCCS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032620`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032620

位置 Chr07:26330745-26332271 (+)

描述 Similar to RABC2A: Ras-related protein RABC2a

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g03530`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At1g43890`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At3g09910`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032620 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0034389 lipid droplet organization 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005811 lipid droplet 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分

GO:0012505 endomembrane system 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G43890

ath:AT3G09910

ath:AT5G03530

dre:445055

vcn:VOLCADRAFT_108490

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.504

排名 1 · LXL04_032620 · OH-1004

高尔基体0.458

排名 2 · LXL04_032620 · OH-1004

内质网0.163

排名 3 · LXL04_032620 · OH-1004

细胞膜0.147

排名 4 · LXL04_032620 · OH-1004

溶酶体／液泡0.133

排名 5 · LXL04_032620 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00025.28Arf8-170 aa

PF00071.29Ras13-174 aa

PF08477.20Roc13-128 aa

PF01926.30MMR_HSR113-101 aa

PF04670.19Gtr1_RagA13-132 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032620	`PF00025.28`	Arf	8	170	4e-18	66.2
LXL04_032620	`PF00071.29`	Ras	13	174	6.7e-56	189.1
LXL04_032620	`PF08477.20`	Roc	13	128	2.9e-31	108.9
LXL04_032620	`PF01926.30`	MMR_HSR1	13	101	2.5e-06	28.3
LXL04_032620	`PF04670.19`	Gtr1_RagA	13	132	3.5e-06	27.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O49841`	拟南芥	Ras-related protein RABC2a	86.667%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O23657`	拟南芥	Ras-related protein RABC1	75.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SF92`	拟南芥	Ras-related protein RABC2b	79.621%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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