LXL04_032611 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032611

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 26286806-26289244 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1095 bp · LXL04_032611|LXL04_032611|OH1004|cDNA

ATGGCTTCAAGAGAATCTTACAGATACAATGTTGCAATTAAATGTGCCACTATTACCCCAGGCACGGTTTTTAGAGAACCAATTCTTTGCAAAAACATCCCCAGACTAATTCCAGGGTGGACAAAGCCTATATGCATTGGAAGACATGCATTTGGTGATCAATATAAAGCTACTGATGCAGTTATTAAAGGACCTGGGAAACTGAAGTTGGTTTTTGTTCCTGAAGGAGAAGGTGAAAAGCTAGACTTAGAGGTTTACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1095 bp · LXL04_032611|LXL04_032611|OH1004|CDS

ATGGCTTCAAGAGAATCTTACAGATACAATGTTGCAATTAAATGTGCCACTATTACCCCAGGCACGGTTTTTAGAGAACCAATTCTTTGCAAAAACATCCCCAGACTAATTCCAGGGTGGACAAAGCCTATATGCATTGGAAGACATGCATTTGGTGATCAATATAAAGCTACTGATGCAGTTATTAAAGGACCTGGGAAACTGAAGTTGGTTTTTGTTCCTGAAGGAGAAGGTGAAAAGCTAGACTTAGAGGTTTACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

364 aa · LXL04_032611|LXL04_032611|OH1004|PROTEIN

MASRESYRYNVAIKCATITPGTVFREPILCKNIPRLIPGWTKPICIGRHAFGDQYKATDAVIKGPGKLKLVFVPEGEGEKLDLEVYNFTGAGGVAQSMYNTDESITAFAEASMNTAYEKKWPLYLSTKNTILKKYDGRFKDIFQQVYESNWKSKFDDMDTKVKSMIKLIEDADSFARRAEMYYKKRPELMKLVEEFYRAYRALAERYDYATGELRHAQKTLQAAFSYQVHFTLPEDSSSLIPGKPKSYFARECTHIVAVK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032611`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032611

位置 Chr07:26286806-26289244 (-)

描述 Similar to ICDH-1: Isocitrate dehydrogenase [NADP]

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g65930`	可能通过谷氨酰胺合成酶/谷氨酸合成酶途径为氨基酸生物合成和氨同化提供 2-酮戊二酸。	Cytosolic NADP-dependent isocitrate dehydrogenase contributes to redox homeostasis and the regulation of pathogen responses in Arabidopsis leaves.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-3040.2010.02133.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032611 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006097 glyoxylate cycle 生物过程

GO:0006099 tricarboxylic acid cycle 生物过程

GO:0006102 isocitrate metabolic process 生物过程

GO:0006739 NADP+ metabolic process 生物过程

GO:0010043 response to zinc ion 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G65930

nta:107815853

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.396

排名 1 · LXL04_032611 · OH-1004

细胞外0.216

排名 2 · LXL04_032611 · OH-1004

细胞质0.212

排名 3 · LXL04_032611 · OH-1004

内质网0.105

排名 4 · LXL04_032611 · OH-1004

细胞核0.095

排名 5 · LXL04_032611 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00180.26Iso_dh16-151 aa

PF07765.18KIP1148-208 aa

PF10260.15SAYSvFN323-363 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032611	`PF00180.26`	Iso_dh	16	151	8.6e-15	55.6
LXL04_032611	`PF07765.18`	KIP1	148	208	2.4e-24	86.0
LXL04_032611	`PF10260.15`	SAYSvFN	323	363	4.9e-09	36.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SRZ6`	拟南芥	Cytosolic isocitrate dehydrogenase [NADP]	61.058%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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