LXL04_032602 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032602

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 26139616-26144324 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2922 bp · LXL04_032602|LXL04_032602|OH1004|cDNA

ATGAAGAGAGAACTAGCTTTCGCCTTGGAAGCTCGATCTCAGTTCTCTTGCTTCATAGGTCGGACTAGATCTTCGAAAAGTCCACCCCCTCAGTTCGATAAAAGGAAGAGCAAAGAGCGATCGTCCAGTGATCGTTCGAAGATTTCGATTGATGAAGTGAATATGAGTAGACGGAGCAAACGGGTTAAAACTGAGATTCCAGATGCCGATTTGATGAATGTCGATAGATCCAAGTCGCCCAAAACGGAAGTAGCCAAGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2922 bp · LXL04_032602|LXL04_032602|OH1004|CDS

ATGAAGAGAGAACTAGCTTTCGCCTTGGAAGCTCGATCTCAGTTCTCTTGCTTCATAGGTCGGACTAGATCTTCGAAAAGTCCACCCCCTCAGTTCGATAAAAGGAAGAGCAAAGAGCGATCGTCCAGTGATCGTTCGAAGATTTCGATTGATGAAGTGAATATGAGTAGACGGAGCAAACGGGTTAAAACTGAGATTCCAGATGCCGATTTGATGAATGTCGATAGATCCAAGTCGCCCAAAACGGAAGTAGCCAAGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

973 aa · LXL04_032602|LXL04_032602|OH1004|PROTEIN

MKRELAFALEARSQFSCFIGRTRSSKSPPPQFDKRKSKERSSSDRSKISIDEVNMSRRSKRVKTEIPDADLMNVDRSKSPKTEVAKGEEESTAADVAMVAEESAAPEVVMGEGESTAPEVAKGEEEPAAVPVKSDEKVTRTVEKVYVKRKSRKDSSTPKRFTRSALKSEHVEELGTPSRKNLELKMSKKIGLGRMPTKMRELLETGLLEGFRVFYNLEGRNLKGVIKGAGILCSCNSCMGTKVISPSQFEMHACESYRNA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032602`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032602

位置 Chr07:26139616-26144324 (+)

描述 Similar to IDM1: Increased DNA methylation 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g14980`	组蛋白 H3 乙酰转移酶，在缺乏组蛋白 H3K4 二甲基化或三甲基化的染色质位点结合甲基化 DNA，并催化 H3K18 和 H3K23 乙酰化。	A histone acetyltransferase regulates active DNA demethylation in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1126/science.1219416 Antisilencing role of the RNA-directed DNA methylation pathway and a histone acetyltransferase in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1208557109 Regulation of active DNA demethylation by an α-crystallin domain protein in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1016/j.molcel.2014.06.008

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032602 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0015671 oxygen transport 生物过程

GO:0035092 sperm DNA condensation 生物过程

GO:0042659 regulation of cell fate specification 生物过程

GO:0045595 regulation of cell differentiation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G14980

hsa:1108

mmu:107932

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.926

排名 1 · LXL04_032602 · OH-1004

细胞质0.123

排名 2 · LXL04_032602 · OH-1004

细胞膜0.033

排名 3 · LXL04_032602 · OH-1004

内质网0.016

排名 4 · LXL04_032602 · OH-1004

线粒体0.013

排名 5 · LXL04_032602 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16135.11TDBD224-278 aa

PF16135.11TDBD474-518 aa

PF23011.3PHD-1st_NSD536-579 aa

PF00628.36PHD539-578 aa

PF00628.36PHD625-677 aa

PF23209.2IDM1_C790-927 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032602	`PF16135.11`	TDBD	224	278	2.5e-25	88.9
LXL04_032602	`PF16135.11`	TDBD	474	518	2.5e-25	88.9
LXL04_032602	`PF23011.3`	PHD-1st_NSD	536	579	1.2e-07	32.5
LXL04_032602	`PF00628.36`	PHD	539	578	2.2e-09	37.9
LXL04_032602	`PF00628.36`	PHD	625	677	2.2e-09	37.9
LXL04_032602	`PF23209.2`	IDM1_C	790	927	2e-47	161.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IXE7`	拟南芥	Increased DNA methylation 1	25.806%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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