LXL04_032582 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032582

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 25811422-25813555 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2052 bp · LXL04_032582|LXL04_032582|OH1004|cDNA

ATGCTCTATATCACACTTCTTTCCCGCGTAACCTTCTCTCCATCTTGTCTAATGGAGGTTTTCCACTCTCTTTgtctcctcctcctcctcctcctcccaCTTTCTCTCTCCATCTCCACCACCGACGACGCCGACGGTGACACCGCTGCCTTATCTCTATTCCGGTCTCAAACCGACACTCATGGCATCCTCCTCTTTAACTGGACCCTCTCTTCCACCACTCACTCCACCGCCTGCTCCGCCTCCTGGACAGGTGTCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2052 bp · LXL04_032582|LXL04_032582|OH1004|CDS

ATGCTCTATATCACACTTCTTTCCCGCGTAACCTTCTCTCCATCTTGTCTAATGGAGGTTTTCCACTCTCTTTGTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCCACTTTCTCTCTCCATCTCCACCACCGACGACGCCGACGGTGACACCGCTGCCTTATCTCTATTCCGGTCTCAAACCGACACTCATGGCATCCTCCTCTTTAACTGGACCCTCTCTTCCACCACTCACTCCACCGCCTGCTCCGCCTCCTGGACAGGTGTCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

683 aa · LXL04_032582|LXL04_032582|OH1004|PROTEIN

MLYITLLSRVTFSPSCLMEVFHSLCLLLLLLLPLSLSISTTDDADGDTAALSLFRSQTDTHGILLFNWTLSSTTHSTACSASWTGVQCTNNRVTAVSLPSLNLRGPLDSLSSLEQLRILDLRDNRLNGTVLPLANCTNLKLVYLSGNDLSGPIPTEIASLSRLLRVDLSDNNLVGPIPEGISKLNRLITLSLENNEISGEIPMSISSLSNIKQLNLSNNQLYGHLPENIAQKFGDSSFSGNKGLCGSSPLPACSATTPPP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032582`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032582

位置 Chr07:25811422-25813555 (+)

描述 Similar to PXC1: Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase PXC1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g36570`	富含亮氨酸重复受体样蛋白激酶，参与木质部纤维次生细胞壁的形成。	The Arabidopsis LRR-RLK, PXC1, is a regulator of secondary wall formation correlated with the TDIF-PXY/TDR-WOX4 signaling pathway.2013 · DOI: 10.1186/1471-2229-13-94
`At1g68400`	可能的富含亮氨酸重复的受体样蛋白激酶 At1g68400。	暂无已核实直接文献
`At5g58300`	可能是非活性受体激酶 At5g58300。	暂无已核实直接文献
`At2g26730`	可能失活的受体激酶 At2g26730。	暂无已核实直接文献
`At3g08680`	可能的非活性受体激酶 At3g08680。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032582 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009834 plant-type secondary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009898 cytoplasmic side of plasma membrane 细胞组分

GO:0016328 lateral plasma membrane 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G68400

ath:AT2G26730

ath:AT2G36570

ath:AT3G08680

ath:AT5G58300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.873

排名 1 · LXL04_032582 · OH-1004

内质网0.080

排名 2 · LXL04_032582 · OH-1004

细胞质0.073

排名 3 · LXL04_032582 · OH-1004

细胞核0.059

排名 4 · LXL04_032582 · OH-1004

溶酶体／液泡0.021

排名 5 · LXL04_032582 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23598.2LRR_14108-218 aa

PF12799.14LRR_4115-150 aa

PF13855.13LRR_8162-221 aa

PF12799.14LRR_4186-221 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr379-652 aa

PF00069.32Pkinase379-651 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032582	`PF23598.2`	LRR_14	108	218	1.2e-07	31.6
LXL04_032582	`PF12799.14`	LRR_4	115	150	2.3e-09	37.9
LXL04_032582	`PF13855.13`	LRR_8	162	221	1.7e-07	31.6
LXL04_032582	`PF12799.14`	LRR_4	186	221	2.3e-09	37.9
LXL04_032582	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	379	652	4.5e-36	125.2
LXL04_032582	`PF00069.32`	Pkinase	379	651	2.3e-34	119.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SJQ1`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase PXC1	63.705%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M9C5`	拟南芥	Probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At1g68400	47.270%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LVM0`	拟南芥	Probable inactive receptor kinase At5g58300	43.328%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O48788`	拟南芥	Probable inactive receptor kinase At2g26730	43.032%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C9Y8`	拟南芥	Probable inactive receptor kinase At3g08680	42.183%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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