LXL04_032350 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032350

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 21111454-21118985 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4636 bp · LXL04_032350|LXL04_032350|OH1004|cDNA

ATGGCCAGCAAAGATGCTACTCCATCCACCAATGAACCTTCAAAATCCGCTTTGCAAGTGCAACCAAAGTCGGCACCTTCCGAAACAGAGTAACCAGAACTTGATCCCATCAAGTATTCAAGGAAAAGGCAAAAGACTGAGAAATCAGCTTCACCGAAGGTTGGAAATGGGGTTAACCAACAGCAGAAATGGTGCCATCAATGCCGGACCAAAAGAGATCGCGTGGTACCCAAATATATCCGAAGAGGAGTTTACCAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

4623 bp · LXL04_032350|LXL04_032350|OH1004|CDS

ATGCTACTCCATCCACCAATGAACCTTCAAAATCCGCTTTGCAAGTGCAACCAAAGTCGGCACCTTCCGAAACAGAGTAACCAGAACTTGATCCCATCAAGTATTCAAGGAAAAGGCAAAAGACTGAGAAATCAGCTTCACCGAAGGTTGGAAATGGGGTTAACCAACAGCAGAAATGGTGCCATCAATGCCGGACCAAAAGAGATCGCGTGGTACCCAAATATATCCGAAGAGGAGTTTACCAAGGCTTGCCCTTTTTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1540 aa · LXL04_032350|LXL04_032350|OH1004|PROTEIN

MLLHPPMNLQNPLCKCNQSRHLPKQSNQNLIPSSIQGKGKRLRNQLHRRLEMGLTNSRNGAINAGPKEIAWYPNISEEEFTKACPFCLNKCNCKACLRAFSPKFIQGYSCSKSDKIRYSKLIIQKVLPFVRRLHEDQLMEKLIEASVKGLPRSELQLQDAECEVDDNIFCDKCGAYVYDFYRSCACGYDVCLVCTQDLHKGKKLCTNGGIHCPPIEIGGCNEGVLELKHIMPVDWVENMLEKAQRIYKINTRDDNDNDNN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032350`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032350

位置 Chr07:21111454-21118985 (+)

描述 Similar to CCR4-6: Carbon catabolite repressor protein 4 homolog 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g11950`	可能作为组蛋白H3赖氨酸去甲基化酶，参与基因表达调控。	暂无已核实直接文献
`At1g62310`	可能作为组蛋白H3赖氨酸去甲基化酶，参与基因表达调控。	暂无已核实直接文献
`At5g11350`	作为 CCR4-NOT 核心复合物的催化成分，该复合物在细胞核中似乎是一个通用转录因子，在细胞质中是参与 mRNA 周转的主要 mRNA 去腺苷酸化酶。	暂无已核实直接文献
`At3g07610`	组蛋白去甲基酶，去甲基化组蛋白 H3 的 'Lys-9' (H3K9me)，特别针对 H3K9me2 和 H3K9me1。	Control of genic DNA methylation by a jmjC domain-containing protein in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1126/science.1150987 An Arabidopsis jmjC domain protein protects transcribed genes from DNA methylation at CHG sites.2009 · DOI: 10.1038/emboj.2009.59 Autocatalytic differentiation of epigenetic modifications within the Arabidopsis genome.2010 · DOI: 10.1038/emboj.2010.227 DNA methylation in an intron of the IBM1 histone demethylase gene stabilizes chromatin modification patterns.2012 · DOI: 10.1038/emboj.2012.141 IBM1, a JmjC domain-containing histone demethylase, is involved in the regulation of RNA-directed DNA methylation through the epigenetic control of RDR2 and DCL3 expression in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1093/nar/gks647 SHOOT GROWTH1 maintains Arabidopsis epigenomes by regulating IBM1.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0084687 Demethylation of ERECTA receptor genes by IBM1 histone demethylase affects stomatal development.2016 · DOI: 10.1242/dev.129932 Contrasting epigenetic control of transgenes and endogenous genes promotes post-transcriptional transgene silencing in Arabidopsis.2021 · DOI: 10.1038/s41467-021-22995-3 The arabidopsis GyraseB3 contributes to transposon silencing by promoting histone deacetylation.2025 · DOI: 10.1093/nar/gkaf985
`At4g00990`	组蛋白去甲基酶，可去甲基化组蛋白H3的'Lys-9'(H3K9me)，对H3K9me1和H3K9me2具有特异性活性。	JMJ27, an Arabidopsis H3K9 histone demethylase, modulates defense against Pseudomonas syringae and flowering time.2017 · DOI: 10.1111/tpj.13623 JMJ27-mediated histone H3K9 demethylation positively regulates drought-stress responses in Arabidopsis.2021 · DOI: 10.1111/nph.17593

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032350 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010440 stomatal lineage progression 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程

GO:2000039 regulation of trichome morphogenesis 生物过程

GO:0000118 histone deacetylase complex 细胞组分

GO:0000785 chromatin 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G11950

ath:AT1G62310

ath:AT3G07610

ath:AT5G11350

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.527

排名 1 · LXL04_032350 · OH-1004

细胞质0.333

排名 2 · LXL04_032350 · OH-1004

细胞膜0.115

排名 3 · LXL04_032350 · OH-1004

内质网0.070

排名 4 · LXL04_032350 · OH-1004

质体0.069

排名 5 · LXL04_032350 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02373.29JmjC493-561 aa

PF03372.30Exo_endo_phos1070-1292 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032350	`PF02373.29`	JmjC	493	561	1.4e-10	42.4
LXL04_032350	`PF03372.30`	Exo_endo_phos	1070	1292	3.3e-16	60.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`C0SUU8`	拟南芥	Lysine-specific demethylase JMJ26	37.558%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`C0SV12`	拟南芥	Lysine-specific demethylase JMJ29	37.774%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8VYU4`	拟南芥	Carbon catabolite repressor protein 4 homolog 6	48.509%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SSE9`	拟南芥	Lysine-specific demethylase JMJ25	40.257%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8VYB9`	拟南芥	Lysine-specific demethylase JMJ27	35.622%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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