RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_032302
当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 20079083-20083800 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2655 bp · LXL04_032302|LXL04_032302|OH1004|cDNA

ATGGCTGGCACAAAATGTTACATTCCCAATCAATTGTTAGATTTGGATCAAATACAGCAAGAAGCAAAGCACCGATGGTTACGACCTGCTGAAATTTGTGAAATTCTAATAAACCATCAGAAGTTTAAACTGAGACCTAGTCCACCTGTCACGCCACCAGCTGGTTCTTTATTTCTCTTTGATCGAAAGTCGACTCGATATTTTCGTAAAGATGGACACCGTTGgaggaagaagaaagatggGAAGATTGTTAAAGAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2655 bp · LXL04_032302|LXL04_032302|OH1004|CDS

ATGGCTGGCACAAAATGTTACATTCCCAATCAATTGTTAGATTTGGATCAAATACAGCAAGAAGCAAAGCACCGATGGTTACGACCTGCTGAAATTTGTGAAATTCTAATAAACCATCAGAAGTTTAAACTGAGACCTAGTCCACCTGTCACGCCACCAGCTGGTTCTTTATTTCTCTTTGATCGAAAGTCGACTCGATATTTTCGTAAAGATGGACACCGTTGGAGGAAGAAGAAAGATGGGAAGATTGTTAAAGAAGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

884 aa · LXL04_032302|LXL04_032302|OH1004|PROTEIN

MAGTKCYIPNQLLDLDQIQQEAKHRWLRPAEICEILINHQKFKLRPSPPVTPPAGSLFLFDRKSTRYFRKDGHRWRKKKDGKIVKEAHEKLKAGSVDVLHCYYAHGEDNENFQRRSYWMLDKQFENIVLVHYRDVKEGYKSGVLNEDSRRLIQNSESSEQTPHTTSYASDMNSIDINEQSVSSRFNNGHSSQDFRTHTPSFTTDFLSYKLTDATLDSDTSHDFFDAGLFPDSEVKVHVNEKSEALNLQDNDTKGLKKMDS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_032302
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_032302
位置Chr07:20079083-20083800 (+)
描述Similar to CAMTA2: Calmodulin-binding transcription activator 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g64220 结合 DNA 共识序列 5'-[ACG]CGCG[GTC]-3' 的转录激活因子（通过相似性）。
Roles of CAMTA transcription factors and salicylic acid in configuring the low-temperature transcriptome and freezing tolerance of Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12205
At2g22300 转录激活因子，可结合 DNA 共识序列 5'-[ACG]CGCG[GTC]-3'。
Calmodulin-binding transcription activator (CAMTA) 3 mediates biotic defense responses in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1016/j.febslet.2008.02.037
Ca(2+)/calmodulin regulates salicylic-acid-mediated plant immunity.2009 · DOI: 10.1038/nature07612
Roles for Arabidopsis CAMTA transcription factors in cold-regulated gene expression and freezing tolerance.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.063958
Brush and spray: a high-throughput systemic acquired resistance assay suitable for large-scale genetic screening.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.182089
The calmodulin-binding transcription factor SIGNAL RESPONSIVE1 is a novel regulator of glucosinolate metabolism and herbivory tolerance in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1093/pcp/pcs143
Roles of CAMTA transcription factors and salicylic acid in configuring the low-temperature transcriptome and freezing tolerance of Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12205
A key general stress response motif is regulated non-uniformly by CAMTA transcription factors.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12620
Distinct roles for mitogen-activated protein kinase signaling and CALMODULIN-BINDING TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR3 in regulating the peak time and amplitude of the plant general stress response.2014 · DOI: 10.1104/pp.114.245944
Different Cold-Signaling Pathways Function in the Responses to Rapid and Gradual Decreases in Temperature.2017 · DOI: 10.1105/tpc.16.00669
Matching NLR Immune Receptors to Autoimmunity in camta3 Mutants Using Antimorphic NLR Alleles.2017 · DOI: 10.1016/j.chom.2017.03.005
At5g09410 转录激活因子，可在体外钙依赖性结合钙调蛋白。
A novel family of calmodulin-binding transcription activators in multicellular organisms.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m200268200
Arabidopsis CAMTA family proteins enhance V-PPase expression in pollen.2003 · DOI: 10.1093/pcp/pcg137
Roles for Arabidopsis CAMTA transcription factors in cold-regulated gene expression and freezing tolerance.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.063958
Calmodulin-binding transcription activator 1 mediates auxin signaling and responds to stresses in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1007/s00425-010-1153-6
CAMTA 1 regulates drought responses in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1186/1471-2164-14-216
Roles of CAMTA transcription factors and salicylic acid in configuring the low-temperature transcriptome and freezing tolerance of Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12205
At3g16940 转录激活因子，可在体外钙依赖性结合钙调蛋白。
A novel family of calmodulin-binding transcription activators in multicellular organisms.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m200268200
At4g16150 转录激活因子。
Arabidopsis CAMTA family proteins enhance V-PPase expression in pollen.2003 · DOI: 10.1093/pcp/pcg137
Different Cold-Signaling Pathways Function in the Responses to Rapid and Gradual Decreases in Temperature.2017 · DOI: 10.1105/tpc.16.00669

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032302 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0010150 leaf senescence 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0050826 response to freezing 生物过程
GO:0050832 defense response to fungus 生物过程
GO:0070417 cellular response to cold 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G22300
ath:AT5G09410
ath:AT5G64220
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.478
排名 1 · LXL04_032302 · OH-1004
细胞核0.431
排名 2 · LXL04_032302 · OH-1004
细胞膜0.128
排名 3 · LXL04_032302 · OH-1004
线粒体0.059
排名 4 · LXL04_032302 · OH-1004
内质网0.051
排名 5 · LXL04_032302 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03859.22CG-121-134 aa
PF01833.31TIG323-397 aa
PF12796.14Ank_2525-615 aa
PF00612.34IQ734-753 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_032302PF03859.22CG-1211345.5e-48162.2
LXL04_032302PF01833.31TIG3233971.2e-0629.2
LXL04_032302PF12796.14Ank_25256158.1e-1039.9
LXL04_032302PF00612.34IQ7347539.5e-0728.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q6NPP4拟南芥Calmodulin-binding transcription activator 240.770%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q8GSA7拟南芥Calmodulin-binding transcription activator 340.563%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9FY74拟南芥Calmodulin-binding transcription activator 139.219%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LSP8拟南芥Calmodulin-binding transcription activator 633.524%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O23463拟南芥Calmodulin-binding transcription activator 532.717%Swiss-Prot中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看