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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_032266
当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 19487622-19493159 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4902 bp · LXL04_032266|LXL04_032266|OH1004|cDNA

ATGGAAGCATCGGAGCCGGACAATCGATTATCTGATCTGGTAGGCACATTGAAGTCATGGGTCCCTCGGCGGCCCGAGCCAGCTAATGTGTCGAGGGACTTTTGGATGCCCGATCAGAGTTGCAGGGTATGCTACGAGTGTGATTCCCCCTTTACCTTCATCAATCGCAAACATCACTGCAGATTTTGTGGCCGTGTATTCTGTGCCAAGTGCACTGACAATTGGGTGACTCCACAATCTACTGATTCAAACACCAACAG...

CDS

下载 CDS FASTA

4902 bp · LXL04_032266|LXL04_032266|OH1004|CDS

ATGGAAGCATCGGAGCCGGACAATCGATTATCTGATCTGGTAGGCACATTGAAGTCATGGGTCCCTCGGCGGCCCGAGCCAGCTAATGTGTCGAGGGACTTTTGGATGCCCGATCAGAGTTGCAGGGTATGCTACGAGTGTGATTCCCCCTTTACCTTCATCAATCGCAAACATCACTGCAGATTTTGTGGCCGTGTATTCTGTGCCAAGTGCACTGACAATTGGGTGACTCCACAATCTACTGATTCAAACACCAACAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1633 aa · LXL04_032266|LXL04_032266|OH1004|PROTEIN

MEASEPDNRLSDLVGTLKSWVPRRPEPANVSRDFWMPDQSCRVCYECDSPFTFINRKHHCRFCGRVFCAKCTDNWVTPQSTDSNTNREDSGKIRVCNYCYKQWQQGGLDTSVDPGIQVTSLDLSTSPSSASFISTKSSGTADSSFVTCTSVPLSVNSNQQNPNHSGISPSQSLVMESNLNDEFTVDNSYYDELQLEEDVTSDYGSRKVHPDGEEEEAADTKSESSSSVHNSYDSLCSEVIQKKEDEHDVNDECEASSSSS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_032266
TK1151 IDTkA08G162110
OH-1004 IDLXL04_032266
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)98.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 49.479
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_032266
位置Chr07:19487622-19493159 (-)
描述Similar to FAB1B: 1-phosphatidylinositol-3-phosphate 5-kinase FAB1B
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g14270 PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。
Arabidopsis FAB1/PIKfyve proteins are essential for development of viable pollen.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.146159
Loss-of-function and gain-of-function mutations in FAB1A/B impair endomembrane homeostasis, conferring pleiotropic developmental abnormalities in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.110.167981
At1g71010 PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。 暂无已核实直接文献
At4g33240 PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。
Arabidopsis FAB1/PIKfyve proteins are essential for development of viable pollen.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.146159
Loss-of-function and gain-of-function mutations in FAB1A/B impair endomembrane homeostasis, conferring pleiotropic developmental abnormalities in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.110.167981
Arabidopsis FAB1A/B is possibly involved in the recycling of auxin transporters.2011 · DOI: 10.4161/psb.6.4.15023
At1g34260 PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032266 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007033 vacuole organization 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0010256 endomembrane system organization 生物过程
GO:0046854 phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process 生物过程
GO:0090332 stomatal closure 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005768 endosome 细胞组分
GO:0010008 endosome membrane 细胞组分
GO:0000285 1-phosphatidylinositol-3-phosphate 5-kinase activity 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G34260
ath:AT1G71010
ath:AT3G14270
ath:AT4G33240
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.316
排名 1 · LXL04_032266 · OH-1004
细胞质0.301
排名 2 · LXL04_032266 · OH-1004
细胞核0.278
排名 3 · LXL04_032266 · OH-1004
高尔基体0.097
排名 4 · LXL04_032266 · OH-1004
质体0.093
排名 5 · LXL04_032266 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01363.28FYVE35-104 aa
PF00118.30Cpn60_TCP1370-617 aa
PF01504.25PIP5K1387-1552 aa
PF01504.25PIP5K1551-1608 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_032266PF01363.28FYVE351042.1e-1866.9
LXL04_032266PF00118.30Cpn60_TCP13706174e-33115.6
LXL04_032266PF01504.25PIP5K138715525.5e-44151.3
LXL04_032266PF01504.25PIP5K155116085.5e-44151.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LUM0拟南芥1-phosphatidylinositol-3-phosphate 5-kinase FAB1B58.361%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SSJ8拟南芥Putative 1-phosphatidylinositol-3-phosphate 5-kinase FAB1C46.871%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q0WUR5拟南芥1-phosphatidylinositol-3-phosphate 5-kinase FAB1A54.922%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9XID0拟南芥Putative 1-phosphatidylinositol-3-phosphate 5-kinase FAB1D36.482%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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