LXL04_032237 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032237

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 19069240-19070560 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1008 bp · LXL04_032237|LXL04_032237|OH1004|cDNA

ATGTCTCCCACAAAATCGGTAGCTTGTTTAGTACTACTCTTCTTCTCATCTACTTTGCTTTCACACACTGCATCCCGCTTGCTCCCCGAAAGCCACGAGCAATGGATGGCCCGTTATGGACGTGTGTACAAGGATGCTCATGAGAAAGAACAACGTTCAAATATCTTTCATGAGAACGTTCAATACATAGAGTCATCCAACAATGCCATGAACAAAGGATACAAACTAGCGGTCAATGAGTTTGCAGACCTCACAAACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1008 bp · LXL04_032237|LXL04_032237|OH1004|CDS

ATGTCTCCCACAAAATCGGTAGCTTGTTTAGTACTACTCTTCTTCTCATCTACTTTGCTTTCACACACTGCATCCCGCTTGCTCCCCGAAAGCCACGAGCAATGGATGGCCCGTTATGGACGTGTGTACAAGGATGCTCATGAGAAAGAACAACGTTCAAATATCTTTCATGAGAACGTTCAATACATAGAGTCATCCAACAATGCCATGAACAAAGGATACAAACTAGCGGTCAATGAGTTTGCAGACCTCACAAACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

335 aa · LXL04_032237|LXL04_032237|OH1004|PROTEIN

MSPTKSVACLVLLFFSSTLLSHTASRLLPESHEQWMARYGRVYKDAHEKEQRSNIFHENVQYIESSNNAMNKGYKLAVNEFADLTNEEFTTTRNRFKAHECSPSPSTFAFRYENVTVPTSMDWRKKGAVTPIKDQGQCGSCWAFSAVGAMEGVTQLKTGKLISLSEQELVDCDTSGVDQGCEGGLMDDAFDFILKNKGLTTETNYPYKASDGTCNNKEASNHAATITGHEDVPANSETSLLKAVSSQPISVAIDASGSDF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032237`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032237

位置 Chr07:19069240-19070560 (+)

描述 Similar to OsI_14861: Senescence-specific cysteine protease SAG39

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g45890`	半胱氨酸蛋白酶，可能在细胞凋亡、重金属解毒及超敏反应期间参与发育性衰老相关的细胞死亡。	Identification of a promoter region responsible for the senescence-specific expression of SAG12.1999 · DOI: 10.1023/a:1006342412688 HDA6 is required for jasmonate response, senescence and flowering in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1093/jxb/erm300 Natural developmental variations in leaf and plant senescence in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1438-8677.2008.00108.x Epigenetic programming via histone methylation at WRKY53 controls leaf senescence in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03782.x Nitric oxide is involved in cadmium-induced programmed cell death in Arabidopsis suspension cultures.2009 · DOI: 10.1104/pp.108.133397

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2XQE8`	半胱氨酸蛋白酶，可能在细胞凋亡、重金属解毒及超敏反应期间参与发育性衰老相关的细胞死亡。	暂无已核实直接文献
`Os04g0206300`	半胱氨酸蛋白酶，可能在细胞凋亡、重金属解毒及超敏反应期间参与发育性衰老相关的细胞死亡。	暂无已核实直接文献
`Os11g0255300`	半胱氨酸内肽酶，体外可消化米主要种子贮藏蛋白谷蛋白的酸性和碱性亚基。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032237 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009735 response to cytokinin 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0009749 response to glucose 生物过程

GO:0009750 response to fructose 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G45890

dosa:Os11g0255300

osa:107276017

osa:4350216

rcu:8278243

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.615

排名 1 · LXL04_032237 · OH-1004

细胞外0.210

排名 2 · LXL04_032237 · OH-1004

细胞质0.201

排名 3 · LXL04_032237 · OH-1004

内质网0.118

排名 4 · LXL04_032237 · OH-1004

细胞膜0.104

排名 5 · LXL04_032237 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08246.18Inhibitor_I2932-89 aa

PF00112.30Peptidase_C1117-334 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032237	`PF08246.18`	Inhibitor_I29	32	89	3e-18	66.6
LXL04_032237	`PF00112.30`	Peptidase_C1	117	334	2.5e-85	286.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJ47`	拟南芥	Senescence-specific cysteine protease SAG12	57.101%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2XQE8`	水稻	Senescence-specific cysteine protease SAG39	59.091%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XWK5`	水稻	Senescence-specific cysteine protease SAG39	58.788%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7GDU7`	水稻	Cysteine endopeptidase RepA	54.412%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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