LXL04_032209 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032209

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 18667252-18670884 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1356 bp · LXL04_032209|LXL04_032209|OH1004|cDNA

ATGATGACCATGGCGGTCTTTTCTCCCGCCATTTCAGTCTCGCCGTCGTACACCTATTATCCCATAACGCCACTCCTACTCCCACCATCTCCGTCCGTCGAATACCATCCACGATCCACCTCTGTTCAATTAAAATGTTTAGGGTTTCACAATGGTTTTGATGTCGACCAATGTAACCACAACTCCAAAATGCGCTGGGACGAGTTCTACGAGCGCCATCAAAACAAGTTTACAGCTTCTATATTGGGGGAATTTCATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1356 bp · LXL04_032209|LXL04_032209|OH1004|CDS

ATGATGACCATGGCGGTCTTTTCTCCCGCCATTTCAGTCTCGCCGTCGTACACCTATTATCCCATAACGCCACTCCTACTCCCACCATCTCCGTCCGTCGAATACCATCCACGATCCACCTCTGTTCAATTAAAATGTTTAGGGTTTCACAATGGTTTTGATGTCGACCAATGTAACCACAACTCCAAAATGCGCTGGGACGAGTTCTACGAGCGCCATCAAAACAAGTTTACAGCTTCTATATTGGGGGAATTTCATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

451 aa · LXL04_032209|LXL04_032209|OH1004|PROTEIN

MMTMAVFSPAISVSPSYTYYPITPLLLPPSPSVEYHPRSTSVQLKCLGFHNGFDVDQCNHNSKMRWDEFYERHQNKFTASILGEFHSIIQQTNLMNFSRIGIYLEKDWGQYFCNDDTIILEVDSSFPVKVYIQILKSIPDRLTSVHPVGTDVPVSLTCHKPKVSYRRTRAMAVFPPAISVSPSYTYYPITPLLPSTISVRQIHSSSFQLKCFGLHGGFDVDRYNQNSKMHWDEFYERHQNKFFKDRHYLEKDWGQYFCND...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032209`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_032209`
位置	Chr07:18667252-18670884 (+)
描述	Similar to METTL6: tRNA N(3)-methylcytidine methyltransferase METTL6
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_032209` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006400 tRNA modification 生物过程 GO:0030488 tRNA methylation 生物过程 GO:0106217 tRNA C3-cytosine methylation 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0043527 tRNA methyltransferase complex 细胞组分 GO:0019899 enzyme binding 分子功能 GO:0052735 tRNA (cytidine-3-)-methyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	hsa:131965 mmu:67011 pon:100171853 rno:290564 spo:2541032 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.587

排名 1 · LXL04_032209 · OH-1004

细胞核0.344

排名 2 · LXL04_032209 · OH-1004

线粒体0.110

排名 3 · LXL04_032209 · OH-1004

细胞膜0.067

排名 4 · LXL04_032209 · OH-1004

内质网0.066

排名 5 · LXL04_032209 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13489.13Methyltransf_23258-422 aa

PF13847.13Methyltransf_31260-381 aa

PF13649.13Methyltransf_25264-364 aa

PF08242.19Methyltransf_12265-366 aa

PF08241.19Methyltransf_11265-367 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032209	`PF13489.13`	Methyltransf_23	258	422	8.7e-12	45.8
LXL04_032209	`PF13847.13`	Methyltransf_31	260	381	2.5e-10	41.0
LXL04_032209	`PF13649.13`	Methyltransf_25	264	364	1.1e-12	49.2
LXL04_032209	`PF08242.19`	Methyltransf_12	265	366	2e-14	54.8
LXL04_032209	`PF08241.19`	Methyltransf_11	265	367	1.7e-10	42.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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