LXL04_032031 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032031

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 15255504-15258231 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1652 bp · LXL04_032031|LXL04_032031|OH1004|cDNA

TTTTATTCATACAAATTGCTGTATCATAacatttttatattttcatCCGAgttttttttgattttatactTTCACATATATgtaggagagagagagagagagagagaaagagagagggATTCAAAATTCAAAGCATGAAACCATGACAGACAAAACACAGGAAATTTGGGAAGATCCTCCAATCTTAGCTTTCCTTCGCTTCTTTTGTCTCCCCCTTCCTCTTCTAAGCAACTATTTCGGCATCAAAATGGCGTTGAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1446 bp · LXL04_032031|LXL04_032031|OH1004|CDS

ATGACAGACAAAACACAGGAAATTTGGGAAGATCCTCCAATCTTAGCTTTCCTTCGCTTCTTTTGTCTCCCCCTTCCTCTTCTAAGCAACTATTTCGGCATCAAAATGGCGTTGAATCTTCTTTTCATTATACCCATTTTAGTGTTATGCTCTTTTACACTCCCAGTTGATGCTTTTACCGCCTCTCCTCCTCTCTCCTCCATGGCTGACCCTGTTCTTCCCAATGAGAAAAAACCTCCATTTTCTCATATTCCCACCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

481 aa · LXL04_032031|LXL04_032031|OH1004|PROTEIN

MTDKTQEIWEDPPILAFLRFFCLPLPLLSNYFGIKMALNLLFIIPILVLCSFTLPVDAFTASPPLSSMADPVLPNEKKPPFSHIPTDNEARSPGVSEIRVVHHEDLNKKILIALIVASSLLAAILLFLSCFWIYRLKISKTSKTQKAQQSQDASKGLSLGPILDKFNPLRMAGKKGSVTVIEYEWLVSATNNFHEDNIIGHGAFGSVYKACFNDHFLAAVKRIHGGGPDAQRGFENEINCLSKIQHQNIVNLLGYCIHGE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032031`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032031

位置 Chr07:15255504-15258231 (-)

描述 Similar to At1g80640: Probable receptor-like protein kinase At1g80640

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g80640`	可能的受体样蛋白激酶At1g80640。	暂无已核实直接文献
`At1g07870`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献
`At3g20530`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献
`At3g24790`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0372100`	在介导先天免疫的微生物肽聚糖和真菌几丁质信号通路中充当 CERK1 的直接下游信号传导伴侣。	A receptor-like cytoplasmic kinase targeted by a plant pathogen effector is directly phosphorylated by the chitin receptor and mediates rice immunity.2013 · DOI: 10.1016/j.chom.2013.02.007

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032031 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002758 innate immune response-activating signaling pathway 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0010483 pollen tube reception 生物过程

GO:0031349 positive regulation of defense response 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0045088 regulation of innate immune response 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07870

ath:AT1G80640

ath:AT3G20530

ath:AT3G24790

dosa:Os05g0372100

osa:4338592

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.821

排名 1 · LXL04_032031 · OH-1004

内质网0.099

排名 2 · LXL04_032031 · OH-1004

细胞质0.098

排名 3 · LXL04_032031 · OH-1004

细胞核0.073

排名 4 · LXL04_032031 · OH-1004

溶酶体／液泡0.030

排名 5 · LXL04_032031 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase193-410 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr196-429 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032031	`PF00069.32`	Pkinase	193	410	5.1e-44	151.4
LXL04_032031	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	196	429	4.7e-47	161.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0V7T5`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At1g80640	54.072%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LQQ8`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL5	45.763%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4JEQ2`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL23	45.946%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LRY1`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL25	43.695%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6I5Q6`	水稻	Receptor-like cytoplasmic kinase 185	44.410%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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