LXL04_031982 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031982

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 14354472-14364411 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6723 bp · LXL04_031982|LXL04_031982|OH1004|cDNA

ATGGATACAGATGATGTAATAACTGGATTGCCGGAGAATAAAACCCGCCATAACCATATCCACTTAGACACCGTATCTGCAGGCGTCGACAGGAAAGCTTTCAGCGTTCTGTTGCACAAAAGAGGTAACAGTGCCAGGGTTCATATCCTGGATGACTCTCCGGGGAGTTACAGCGGCAGTGTAAAGTCCGAAACCGATCAAGGCTTCGACGACGAAATCAATTTGGACGTCGGCGATTCCCTGGTGAAGACAGACGGCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

6723 bp · LXL04_031982|LXL04_031982|OH1004|CDS

ATGGATACAGATGATGTAATAACTGGATTGCCGGAGAATAAAACCCGCCATAACCATATCCACTTAGACACCGTATCTGCAGGCGTCGACAGGAAAGCTTTCAGCGTTCTGTTGCACAAAAGAGGTAACAGTGCCAGGGTTCATATCCTGGATGACTCTCCGGGGAGTTACAGCGGCAGTGTAAAGTCCGAAACCGATCAAGGCTTCGACGACGAAATCAATTTGGACGTCGGCGATTCCCTGGTGAAGACAGACGGCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2240 aa · LXL04_031982|LXL04_031982|OH1004|PROTEIN

MDTDDVITGLPENKTRHNHIHLDTVSAGVDRKAFSVLLHKRGNSARVHILDDSPGSYSGSVKSETDQGFDDEINLDVGDSLVKTDGEADVEDPELGVLAEGLDKRSLRIRQLSDELKRLTTFSKRQTTGRLDRTKTVAAYALKGLKFISKKEEGTTEIALEMRFEDLTKDTNGLLPRSLLWKCIGMNKESKEFAEELFVAVVQRRGWNIGDSINKVQMKEFWDEISDQSFDSRLRIFLDMVDKDADGRITEDEVRKIILI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031982`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031982

位置 Chr07:14354472-14364411 (+)

描述 Similar to Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g47910`	钙依赖性 NADPH 氧化酶，可产生超氧化物。	Arabidopsis gp91phox homologues AtrbohD and AtrbohF are required for accumulation of reactive oxygen intermediates in the plant defense response.2002 · DOI: 10.1073/pnas.012452499 NADPH oxidase AtrbohD and AtrbohF genes function in ROS-dependent ABA signaling in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1093/emboj/cdg277 Cytosolic ascorbate peroxidase 1 is a central component of the reactive oxygen gene network of Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.026971 Extracellular ATP induces the accumulation of superoxide via NADPH oxidases in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1104/pp.105.073072 The role of NADPH oxidase and MAP kinase phosphatase in UV-B-dependent gene expression in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-3040.2006.01555.x Arabidopsis thaliana expresses multiple lines of defense to counterattack Erwinia chrysanthemi.2007 · DOI: 10.1094/mpmi-20-7-0794 The MAP4 Kinase SIK1 Ensures Robust Extracellular ROS Burst and Antibacterial Immunity in Plants.2018 · DOI: 10.1016/j.chom.2018.08.007
`At5g51060`	钙依赖性 NADPH 氧化酶，可产生超氧化物。	Reactive oxygen species produced by NADPH oxidase regulate plant cell growth.2003 · DOI: 10.1038/nature01485 Hydrogen peroxide mediates plant root cell response to nutrient deprivation.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0401707101

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031982 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0015074 DNA integration 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能

GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能

GO:0004519 endonuclease activity 分子功能

GO:0004601 peroxidase activity 分子功能

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0016174 NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

sot:102586476

sot:102598898

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.294

排名 1 · LXL04_031982 · OH-1004

内质网0.279

排名 2 · LXL04_031982 · OH-1004

细胞核0.160

排名 3 · LXL04_031982 · OH-1004

细胞膜0.131

排名 4 · LXL04_031982 · OH-1004

线粒体0.107

排名 5 · LXL04_031982 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08414.17NADPH_Ox130-232 aa

PF14223.15Retrotran_gag_2402-566 aa

PF22936.2Pol_BBD675-755 aa

PF13976.12gag_pre-integrs782-846 aa

PF00665.33rve865-960 aa

PF29688.1TnsB_C921-978 aa

PF25597.2SH3_retrovirus1034-1096 aa

PF07727.20RVT_21211-1456 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031982	`PF08414.17`	NADPH_Ox	130	232	1.8e-28	99.5
LXL04_031982	`PF14223.15`	Retrotran_gag_2	402	566	1.7e-31	110.0
LXL04_031982	`PF22936.2`	Pol_BBD	675	755	6.1e-22	78.4
LXL04_031982	`PF13976.12`	gag_pre-integrs	782	846	4.1e-14	52.8
LXL04_031982	`PF00665.33`	rve	865	960	5.8e-11	43.3
LXL04_031982	`PF29688.1`	TnsB_C	921	978	4.4e-06	27.3
LXL04_031982	`PF25597.2`	SH3_retrovirus	1034	1096	3.8e-25	88.2
LXL04_031982	`PF07727.20`	RVT_2	1211	1456	1.7e-78	264.3
LXL04_031982	`PF08022.19`	FAD_binding_8	1936	2054	6.9e-33	113.7
LXL04_031982	`PF08030.18`	NAD_binding_6	2060	2221	2e-36	126.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FIJ0`	拟南芥	Respiratory burst oxidase homolog protein D	60.229%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O81210`	拟南芥	Respiratory burst oxidase homolog protein C	60.152%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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