LXL04_031363 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031363

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 5000153-5005586 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2892 bp · LXL04_031363|LXL04_031363|OH1004|cDNA

ATGGAATTGCAGAAGGGATTCATGCTATTGCAACAACAATACAGAGCTTTGTTCAGGAAGAACTTGTTGCTCGCATGGCGGAACAAGAGAGCTACATTCCTTCAATTATTTTCATCGATATTCTTCATATTTTTACTTTTCATTATACAAAAAGCCATTGAAGCTCGGTTCGGTTCTTCGACTGCCTTCCAGACTTTACGAGATCCAGAGCCTCTAATCGATCCTCCGATTCCTCCGTGTGAGGATAAGTACTACGCTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2892 bp · LXL04_031363|LXL04_031363|OH1004|CDS

ATGGAATTGCAGAAGGGATTCATGCTATTGCAACAACAATACAGAGCTTTGTTCAGGAAGAACTTGTTGCTCGCATGGCGGAACAAGAGAGCTACATTCCTTCAATTATTTTCATCGATATTCTTCATATTTTTACTTTTCATTATACAAAAAGCCATTGAAGCTCGGTTCGGTTCTTCGACTGCCTTCCAGACTTTACGAGATCCAGAGCCTCTAATCGATCCTCCGATTCCTCCGTGTGAGGATAAGTACTACGCTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

963 aa · LXL04_031363|LXL04_031363|OH1004|PROTEIN

MELQKGFMLLQQQYRALFRKNLLLAWRNKRATFLQLFSSIFFIFLLFIIQKAIEARFGSSTAFQTLRDPEPLIDPPIPPCEDKYYAKLPCFDFVWSGSDSARIGSIVDQIRANNPGRPIPSTKVKSFRAKGDVDAWLFVNPMSCPGALHFLERNATVISYGIQTNSTPIAKRGDTEDPTFKFQIPLQIAAEREIARSLIGDSGFSWVVNLKEFAHPVVETFSSVGTVGPSFFLAIAMFGFVLQISSLIVEKELKLRQAMA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031363`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031363

位置 Chr07:5000153-5005586 (+)

描述 Similar to ABCA2: ABC transporter A family member 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g47730`	ABC转运蛋白A家族成员2。	暂无已核实直接文献
`At5g61690`	ABC 转运蛋白 A 家族成员 11。	暂无已核实直接文献
`At5g61730`	介导酰基辅酶A和/或游离脂肪酸向内质网的转运。	AtABCA9 transporter supplies fatty acids for lipid synthesis to the endoplasmic reticulum.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1214159110
`At3g47780`	ABC 转运蛋白 A 家族成员 7。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031363 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006641 triglyceride metabolic process 生物过程

GO:0006869 lipid transport 生物过程

GO:0010867 positive regulation of triglyceride biosynthetic process 生物过程

GO:0034197 triglyceride transport 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0048317 seed morphogenesis 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005319 lipid transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G47730

ath:AT3G47780

ath:AT5G61690

ath:AT5G61730

ddi:DDB_G0291994

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.471

排名 1 · LXL04_031363 · OH-1004

溶酶体／液泡0.265

排名 2 · LXL04_031363 · OH-1004

细胞质0.195

排名 3 · LXL04_031363 · OH-1004

内质网0.146

排名 4 · LXL04_031363 · OH-1004

高尔基体0.134

排名 5 · LXL04_031363 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12698.14ABC2_membrane_3223-438 aa

PF00005.34ABC_tran546-699 aa

PF13304.13AAA_21625-731 aa

PF25158.1ABCA11_C844-898 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031363	`PF12698.14`	ABC2_membrane_3	223	438	4.7e-18	66.1
LXL04_031363	`PF00005.34`	ABC_tran	546	699	1.5e-24	87.9
LXL04_031363	`PF13304.13`	AAA_21	625	731	1.1e-14	55.8
LXL04_031363	`PF25158.1`	ABCA11_C	844	898	8.9e-29	99.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84K47`	拟南芥	ABC transporter A family member 2	69.263%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FKF2`	拟南芥	ABC transporter A family member 11	65.417%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FLT5`	拟南芥	ABC transporter A family member 9	64.890%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9STT5`	拟南芥	ABC transporter A family member 7	33.281%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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