LXL04_031362 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031362

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 4987236-4991991 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2841 bp · LXL04_031362|LXL04_031362|OH1004|cDNA

ATGGCGGATTCAACAAACGGTTCTTCCAGTTTCTCGACTCAGGCTAACGCTTTGTTCAGGAAGAATTTGACCTTTCAGAGAAGGAACATCAGGACAAATCTCAGGCTCATATTGTTCCCACTCGTCCTCTGTTTGTTACTCGTATTATTACAAACAATAGTCAACAATGAACTAGATAAACCTGAAAACAAATGTGGTTGCACTTGTATTGATCAAGATGGGGATGGTCGATGCGAGAGAGTGTGCGGGATTGAGTACTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2841 bp · LXL04_031362|LXL04_031362|OH1004|CDS

ATGGCGGATTCAACAAACGGTTCTTCCAGTTTCTCGACTCAGGCTAACGCTTTGTTCAGGAAGAATTTGACCTTTCAGAGAAGGAACATCAGGACAAATCTCAGGCTCATATTGTTCCCACTCGTCCTCTGTTTGTTACTCGTATTATTACAAACAATAGTCAACAATGAACTAGATAAACCTGAAAACAAATGTGGTTGCACTTGTATTGATCAAGATGGGGATGGTCGATGCGAGAGAGTGTGCGGGATTGAGTACTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

946 aa · LXL04_031362|LXL04_031362|OH1004|PROTEIN

MADSTNGSSSFSTQANALFRKNLTFQRRNIRTNLRLILFPLVLCLLLVLLQTIVNNELDKPENKCGCTCIDQDGDGRCERVCGIEYSDLDQVATCAIPTPPEWPPLLQVPAPQYRAVRTNSLSFGDLPNDSCRSTGSCPITVLMTGNNQSLGESLARNIFPISSNFNSSLGLASVVLGSASETQISNFLEPAFFSSRPFYYVQSQCQSNSTFSFPVSVASMEVQKEVRCVQGQHLWRNSSSDINNELYVGYRKGNSEEKI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031362`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031362

位置 Chr07:4987236-4991991 (-)

描述 Similar to ABCA7: ABC transporter A family member 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g47780`	ABC 转运蛋白 A 家族成员 7。	暂无已核实直接文献
`At3g47760`	ABC 转运蛋白 A 家族成员 5。	暂无已核实直接文献
`At3g47790`	ABC 转运蛋白 A 家族成员 8。	暂无已核实直接文献
`At3g47740`	ABC 转运蛋白 A 家族成员 3。	暂无已核实直接文献
`At3g47750`	ABC转运蛋白A家族成员4。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031362 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006869 lipid transport 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005319 lipid transporter activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0042626 ATPase-coupled transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0140359 ABC-type transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G47740

ath:AT3G47750

ath:AT3G47760

ath:AT3G47780

ath:AT3G47790

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.381

排名 1 · LXL04_031362 · OH-1004

溶酶体／液泡0.340

排名 2 · LXL04_031362 · OH-1004

细胞质0.175

排名 3 · LXL04_031362 · OH-1004

高尔基体0.151

排名 4 · LXL04_031362 · OH-1004

内质网0.148

排名 5 · LXL04_031362 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12698.14ABC2_membrane_3261-553 aa

PF00005.34ABC_tran646-790 aa

PF13304.13AAA_21762-822 aa

PF24526.2ABCA12_C856-906 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031362	`PF12698.14`	ABC2_membrane_3	261	553	1.8e-15	57.7
LXL04_031362	`PF00005.34`	ABC_tran	646	790	4.8e-25	89.5
LXL04_031362	`PF13304.13`	AAA_21	762	822	2.3e-11	44.9
LXL04_031362	`PF24526.2`	ABCA12_C	856	906	1.6e-27	96.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9STT5`	拟南芥	ABC transporter A family member 7	64.916%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9STT7`	拟南芥	ABC transporter A family member 5	62.131%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8LPK0`	拟南芥	ABC transporter A family member 8	62.194%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q1PEH6`	拟南芥	ABC transporter A family member 3	61.910%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9STT8`	拟南芥	ABC transporter A family member 4	61.839%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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