LXL04_031330 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031330

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 4633297-4638518 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2052 bp · LXL04_031330|LXL04_031330|OH1004|cDNA

ATGGCATCTTCTCTTCAATCTCAATATTTTTTTCCACATATTCTTCCACCACCATTTCCCGCCGGGACACCACCTTTTCCTCCTCATTTTGTGTCGCCGCCACCTCCTGTGACGCCTAGACCTTCGTCAGCACCTCCACATATCATCCCACCACCGTCACATACCATCTTACCACCACCACCACATGGTGTCCCACCACCGCCACATCATGCAGCACCGCCACCACCGTCACATGCTGTCCCACCTTCATCACATGTTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2052 bp · LXL04_031330|LXL04_031330|OH1004|CDS

ATGGCATCTTCTCTTCAATCTCAATATTTTTTTCCACATATTCTTCCACCACCATTTCCCGCCGGGACACCACCTTTTCCTCCTCATTTTGTGTCGCCGCCACCTCCTGTGACGCCTAGACCTTCGTCAGCACCTCCACATATCATCCCACCACCGTCACATACCATCTTACCACCACCACCACATGGTGTCCCACCACCGCCACATCATGCAGCACCGCCACCACCGTCACATGCTGTCCCACCTTCATCACATGTTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

683 aa · LXL04_031330|LXL04_031330|OH1004|PROTEIN

MASSLQSQYFFPHILPPPFPAGTPPFPPHFVSPPPPVTPRPSSAPPHIIPPPSHTILPPPPHGVPPPPHHAAPPPPSHAVPPSSHVVPPPSPHVVPPSPHVVPPPSPHVVPPPPPHVVPPPPHIVPPPHVVPRPPPPHMIPPPPPHIVPPPPAPGNHTTIIVVVFVSCGGVFFLAFVMAALWCFLKKKKKMVRKAENVHIDEHRKVSERIVQGPHGTESVVLSVEDDIHIEEDMRKSEVENFRNGLHNLNGADLHINPIS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031330`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_031330`
位置	Chr07:4633297-4638518 (+)
描述	Similar to KRR1: KRR1 small subunit processome component (Saccharomyces cerevisiae (strain Zymaflore VL3)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_031330` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000447 endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程 GO:0006364 rRNA processing 生物过程 GO:0030490 maturation of SSU-rRNA 生物过程 GO:0042274 ribosomal small subunit biogenesis 生物过程 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0030686 90S preribosome 细胞组分 GO:0030688 preribosome, small subunit precursor 细胞组分 GO:0032040 small-subunit processome 细胞组分 GO:0003723 RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	sce:YCL059C 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.407

排名 1 · LXL04_031330 · OH-1004

细胞核0.217

排名 2 · LXL04_031330 · OH-1004

细胞质0.185

排名 3 · LXL04_031330 · OH-1004

内质网0.180

排名 4 · LXL04_031330 · OH-1004

高尔基体0.080

排名 5 · LXL04_031330 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29364.1TED6159-199 aa

PF17903.8KH_KRR1_1st357-437 aa

PF21800.5KH_KRR1_2nd439-529 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031330	`PF29364.1`	TED6	159	199	6.4e-15	55.5
LXL04_031330	`PF17903.8`	KH_KRR1_1st	357	437	7.2e-31	106.9
LXL04_031330	`PF21800.5`	KH_KRR1_2nd	439	529	2.6e-41	140.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情