LXL04_031319 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031319

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 4485266-4486757 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

816 bp · LXL04_031319|LXL04_031319|OH1004|cDNA

ATGCGACTAGGGTTTGTAGAGGTTTTCACTTTCGATTTTGGCACAGAAATGAAAAACCGGGAGAGGCAGGAGGAATACGATGCACCTTCCTTTAATATCACCGATTTCGATTCTCCTTCTGAAATGAAAAACCTGGAGCTGCAGGAGGAATACGATGATCCTTCATTTAATATCACCGATTTCGTCTTGCGATTATCTCAAATTCTAGGCACCCGCACTAAGGTCGTCAGTGATGGTAAAATCGTGTCTGTGGAGGCCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

816 bp · LXL04_031319|LXL04_031319|OH1004|CDS

ATGCGACTAGGGTTTGTAGAGGTTTTCACTTTCGATTTTGGCACAGAAATGAAAAACCGGGAGAGGCAGGAGGAATACGATGCACCTTCCTTTAATATCACCGATTTCGATTCTCCTTCTGAAATGAAAAACCTGGAGCTGCAGGAGGAATACGATGATCCTTCATTTAATATCACCGATTTCGTCTTGCGATTATCTCAAATTCTAGGCACCCGCACTAAGGTCGTCAGTGATGGTAAAATCGTGTCTGTGGAGGCCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

271 aa · LXL04_031319|LXL04_031319|OH1004|PROTEIN

MRLGFVEVFTFDFGTEMKNRERQEEYDAPSFNITDFDSPSEMKNLELQEEYDDPSFNITDFVLRLSQILGTRTKVVSDGKIVSVEALVQADDIENSASHGEAGSTRSRSSFPEKITSSEDELPAADQRESSASIGGPVTSHMDNLTSEHVSVKRQKVKIQGRRRLCKVAVKDEEEEKEDAIFQDVESDFTAAVSDFDSRVPEKYKSAILHGNDKNASDRDKRIGSAVAQDLRNCIQPYFLRRLKNEVFRGDGGTNTAKLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031319`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031319

位置 Chr07:4485266-4486757 (+)

描述 Similar to CHR24: Protein CHROMATIN REMODELING 24

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g63950`	DNA解旋酶，作为纺锤体组装检查点的必需组分（基于相似性）。	A transient assay for recombination demonstrates that Arabidopsis SNM1 and XRCC3 enhance non-homologous recombination.2011 · DOI: 10.4238/vol10-3gmr1347

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0692750`	DNA解旋酶，作为纺锤体组装检查点的必需组分（基于相似性）。	Rice SNF2 family helicase ENL1 is essential for syncytial endosperm development.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12705

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031319 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0010965 regulation of mitotic sister chromatid separation 生物过程

GO:0045951 positive regulation of mitotic recombination 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:2000014 regulation of endosperm development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005694 chromosome 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0004386 helicase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G63950

dosa:Os04g0692750

osa:9266414

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.684

排名 1 · LXL04_031319 · OH-1004

细胞质0.312

排名 2 · LXL04_031319 · OH-1004

细胞膜0.054

排名 3 · LXL04_031319 · OH-1004

线粒体0.050

排名 4 · LXL04_031319 · OH-1004

内质网0.031

排名 5 · LXL04_031319 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W103`	拟南芥	Protein CHROMATIN REMODELING 24	61.429%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A0A0P0WGX7`	水稻	SNF2 domain-containing protein ENL1	57.971%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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