LXL04_031237 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031237

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 2981431-2982030 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

600 bp · LXL04_031237|LXL04_031237|OH1004|cDNA

ATGTCAGGATTACCAAAAACAGGTGGTCGCAAGAAAATACAAATGAAAAAGATTGAAAGTGGAAGGGAGCGTGCAGTTACCCTGACAAAGAGACACAATGGCTTATTCAAGAAGGCGCATGAGCTCGCCACATTATGTGGCGTACAAATTGCAGTTATTTGCTTCTCCTTAAGTGGAAAGCCTTTGTCTTTTGGAAGCCCAAATGTGCCTTTCATCATTAACAAATTTCTAAACACAAATCAAGTTGAACAACAACCGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

600 bp · LXL04_031237|LXL04_031237|OH1004|CDS

ATGTCAGGATTACCAAAAACAGGTGGTCGCAAGAAAATACAAATGAAAAAGATTGAAAGTGGAAGGGAGCGTGCAGTTACCCTGACAAAGAGACACAATGGCTTATTCAAGAAGGCGCATGAGCTCGCCACATTATGTGGCGTACAAATTGCAGTTATTTGCTTCTCCTTAAGTGGAAAGCCTTTGTCTTTTGGAAGCCCAAATGTGCCTTTCATCATTAACAAATTTCTAAACACAAATCAAGTTGAACAACAACCGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

199 aa · LXL04_031237|LXL04_031237|OH1004|PROTEIN

MSGLPKTGGRKKIQMKKIESGRERAVTLTKRHNGLFKKAHELATLCGVQIAVICFSLSGKPLSFGSPNVPFIINKFLNTNQVEQQPNDSITRFINSYHESELQVLNRKLDELKEELAKETKKGQILQERLRDSLGCNNYEEYIKSLGVEELKELKYKLEELKRNAECELDDISGGSTSANGDHEADLSKIGAPKDYLKM

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031237`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031237

位置 Chr07:2981431-2982030 (-)

描述 Similar to AGL29: Agamous-like MADS-box protein AGL29

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g24840`	可能的转录因子。	AGL61 interacts with AGL80 and is required for central cell development in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.119404 The MADS domain protein DIANA acts together with AGAMOUS-LIKE80 to specify the central cell in Arabidopsis ovules.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058958
`At2g34440`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At5g60440`	可能的转录因子。	The AGL62 MADS domain protein regulates cellularization during endosperm development in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.055137
`At5g51870`	MADS-box 转录因子，与 AGL42 和 AGL72 一起调控开花时间。	The Arabidopsis SOC1-like genes AGL42, AGL71 and AGL72 promote flowering in the shoot apical and axillary meristems.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04653.x
`At1g65360`	可能的转录因子，控制雌性配子体（大配子发生）发育及胚胎发育期间的叶绿体生物合成。	AGL23, a type I MADS-box gene that controls female gametophyte and embryo development in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03485.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031237 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009559 embryo sac central cell differentiation 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0009960 endosperm development 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:2000012 regulation of auxin polar transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G65360

ath:AT2G24840

ath:AT2G34440

ath:AT5G51870

ath:AT5G60440

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.970

排名 1 · LXL04_031237 · OH-1004

细胞质0.098

排名 2 · LXL04_031237 · OH-1004

细胞膜0.017

排名 3 · LXL04_031237 · OH-1004

内质网0.011

排名 4 · LXL04_031237 · OH-1004

质体0.008

排名 5 · LXL04_031237 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00319.24SRF-TF17-64 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031237	`PF00319.24`	SRF-TF	17	64	2.4e-20	72.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q4PSU4`	拟南芥	Agamous-like MADS-box protein AGL61	34.659%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O64703`	拟南芥	Agamous-like MADS-box protein AGL29	34.524%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FKK2`	拟南芥	Agamous-like MADS-box protein AGL62	34.225%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LT93`	拟南芥	MADS-box protein AGL71	36.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O80807`	拟南芥	Agamous-like MADS-box protein AGL23	41.176%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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