LXL04_030727 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030727

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 121498536-121507634 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

933 bp · LXL04_030727|LXL04_030727|OH1004|cDNA

ATGGAGGAAATGTATGGTTTAATGAATTACCACGAGCAAGTTCCGCCGGCAGATGCGGCGGCGAGAGAGAATTACCATCACGATTTTCATGATCAACGCACAATTCCGGCGGTGTTTGGATCAGGATCCAATGTTAATCAAAGTAGTAGTAGCAATAAGAATAATAACAACGGATTAGCTGAAGAATTAGAAGATGATTTGTCAAGTGCTAATCGAGCTAAGATTATGTCGCATCCGCTATATCCGAAGCTGCTCCAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

933 bp · LXL04_030727|LXL04_030727|OH1004|CDS

ATGGAGGAAATGTATGGTTTAATGAATTACCACGAGCAAGTTCCGCCGGCAGATGCGGCGGCGAGAGAGAATTACCATCACGATTTTCATGATCAACGCACAATTCCGGCGGTGTTTGGATCAGGATCCAATGTTAATCAAAGTAGTAGTAGCAATAAGAATAATAACAACGGATTAGCTGAAGAATTAGAAGATGATTTGTCAAGTGCTAATCGAGCTAAGATTATGTCGCATCCGCTATATCCGAAGCTGCTCCAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

310 aa · LXL04_030727|LXL04_030727|OH1004|PROTEIN

MEEMYGLMNYHEQVPPADAAARENYHHDFHDQRTIPAVFGSGSNVNQSSSSNKNNNNGLAEELEDDLSSANRAKIMSHPLYPKLLQAYIACQKVGAPADISNLFDEIFSDNDFCRRSSASSCLGDDPELDEFMETYCEMLDKYRSDLARPFDEATTFLNNMQTQLTNLCKGTSITYHTDESVERSEEDVSRGELEVHKSNWTNEDRALKEKLLRKYSKYISSLKHEFSNKKKKGKLPKEARQVLLDWWNVHYRWPYPTEA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030727`
TK1151 ID	TkA07G426290
OH-1004 ID	LXL04_030727
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.929 / OH-1004 89.355 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030727

位置 Chr06:121498536-121507634 (+)

描述 Similar to KNAT6: Homeobox protein knotted-1-like 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g23380`	在分生组织功能中发挥作用。	KNAT6: an Arabidopsis homeobox gene involved in meristem activity and organ separation.2006 · DOI: 10.1105/tpc.106.041988
`At1g70510`	可能在分生组织功能中发挥作用，并可能参与维持细胞处于未分化的分生组织状态。	暂无已核实直接文献
`At4g08150`	可能在分生组织功能中发挥作用，并可能参与维持细胞处于未分化的分生组织状态，其表达在茎尖经历营养发育向生殖发育转变的同时消失。	ASYMMETRIC LEAVES1 reveals knox gene redundancy in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1242/dev.129.8.1957 Developmental regulation and significance of KNOX protein trafficking in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1242/dev.00618 A knotted1-like homeobox gene in Arabidopsis is expressed in the vegetative meristem and dramatically alters leaf morphology when overexpressed in transgenic plants.1994 · DOI: 10.1105/tpc.6.12.1859

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0302500`	可能的转录因子，可能参与早期胚胎发生中的芽形成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030727 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001708 cell fate specification 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009888 tissue development 生物过程

GO:0010051 xylem and phloem pattern formation 生物过程

GO:0010073 meristem maintenance 生物过程

GO:0010089 xylem development 生物过程

GO:0010094 specification of carpel identity 生物过程

GO:0045165 cell fate commitment 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23380

ath:AT1G70510

ath:AT4G08150

dosa:Os01g0302500

gmx:547796

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.967

排名 1 · LXL04_030727 · OH-1004

细胞质0.091

排名 2 · LXL04_030727 · OH-1004

细胞膜0.029

排名 3 · LXL04_030727 · OH-1004

内质网0.018

排名 4 · LXL04_030727 · OH-1004

质体0.013

排名 5 · LXL04_030727 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03790.19KNOX172-111 aa

PF03791.19KNOX2122-169 aa

PF03789.19ELK208-228 aa

PF05920.18Homeobox_KN247-286 aa

PF00046.36Homeodomain255-287 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030727	`PF03790.19`	KNOX1	72	111	5.6e-19	68.3
LXL04_030727	`PF03791.19`	KNOX2	122	169	4.4e-24	84.5
LXL04_030727	`PF03789.19`	ELK	208	228	1.6e-07	31.8
LXL04_030727	`PF05920.18`	Homeobox_KN	247	286	6.7e-19	68.2
LXL04_030727	`PF00046.36`	Homeodomain	255	287	5.2e-07	30.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84JS6`	拟南芥	Homeobox protein knotted-1-like 6	58.273%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P46640`	拟南芥	Homeobox protein knotted-1-like 2	60.643%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P46639`	拟南芥	Homeobox protein knotted-1-like 1	54.959%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FP29`	水稻	Homeobox protein knotted-1-like 1	52.610%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情